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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20166 | |||||||||||||||
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タイトル | The central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas fap76-1,fap81 double mutant axoneme | |||||||||||||||
マップデータ | The central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas fap76-1,fap81 double mutant axoneme | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Fu G / Nicastro D | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2019 タイトル: Structural organization of the C1a-e-c supercomplex within the ciliary central apparatus. 著者: Gang Fu / Lei Zhao / Erin Dymek / Yuqing Hou / Kangkang Song / Nhan Phan / Zhiguo Shang / Elizabeth F Smith / George B Witman / Daniela Nicastro / 要旨: Nearly all motile cilia contain a central apparatus (CA) composed of two connected singlet microtubules with attached projections that play crucial roles in regulating ciliary motility. Defects in CA ...Nearly all motile cilia contain a central apparatus (CA) composed of two connected singlet microtubules with attached projections that play crucial roles in regulating ciliary motility. Defects in CA assembly usually result in motility-impaired or paralyzed cilia, which in humans causes disease. Despite their importance, the protein composition and functions of the CA projections are largely unknown. Here, we integrated biochemical and genetic approaches with cryo-electron tomography to compare the CA of wild-type with CA mutants. We identified a large (>2 MD) complex, the C1a-e-c supercomplex, that requires the PF16 protein for assembly and contains the CA components FAP76, FAP81, FAP92, and FAP216. We localized these subunits within the supercomplex using nanogold labeling and show that loss of any one of them results in impaired ciliary motility. These data provide insight into the subunit organization and 3D structure of the CA, which is a prerequisite for understanding the molecular mechanisms by which the CA regulates ciliary beating. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20166.map.gz | 2.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20166-v30.xml emd-20166.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20166.png | 82.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20166 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20166 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20166_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20166_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20166_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20166 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20166 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20166.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas fap76-1,fap81 double mutant axoneme | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.523 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from ...
全体 | 名称: The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from Chlamydomonas fap76-1,fap81 double mutant cilia |
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要素 |
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-超分子 #1: The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from ...
超分子 | 名称: The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from Chlamydomonas fap76-1,fap81 double mutant cilia タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) Organelle: cilia |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: back-side blotting with No.1 Whatman filter for 1.5-2.5 seconds before plunging. |
詳細 | Freshly isolated and demembranated cilia from Chlamydomonas fap76-1,fap81 double mutant cells |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-15 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 1.57 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.2 µm / 倍率(補正後): 26000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 1018 |
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抽出 | トモグラム数: 21 / 使用した粒子像数: 1018 / ソフトウェア - 名称: MATLAB |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |