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- EMDB-20160: The central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex e... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20160
タイトルThe central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas wild type axoneme
マップデータThe central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas wild type axonem
試料
  • 複合体: The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from Chlamydomonas wild type cilia
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Fu G / Nicastro D
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM083122 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR37GM030626 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM112050 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR35GM122574 米国
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2019
タイトル: Structural organization of the C1a-e-c supercomplex within the ciliary central apparatus.
著者: Gang Fu / Lei Zhao / Erin Dymek / Yuqing Hou / Kangkang Song / Nhan Phan / Zhiguo Shang / Elizabeth F Smith / George B Witman / Daniela Nicastro /
要旨: Nearly all motile cilia contain a central apparatus (CA) composed of two connected singlet microtubules with attached projections that play crucial roles in regulating ciliary motility. Defects in CA ...Nearly all motile cilia contain a central apparatus (CA) composed of two connected singlet microtubules with attached projections that play crucial roles in regulating ciliary motility. Defects in CA assembly usually result in motility-impaired or paralyzed cilia, which in humans causes disease. Despite their importance, the protein composition and functions of the CA projections are largely unknown. Here, we integrated biochemical and genetic approaches with cryo-electron tomography to compare the CA of wild-type with CA mutants. We identified a large (>2 MD) complex, the C1a-e-c supercomplex, that requires the PF16 protein for assembly and contains the CA components FAP76, FAP81, FAP92, and FAP216. We localized these subunits within the supercomplex using nanogold labeling and show that loss of any one of them results in impaired ciliary motility. These data provide insight into the subunit organization and 3D structure of the CA, which is a prerequisite for understanding the molecular mechanisms by which the CA regulates ciliary beating.
履歴
登録2019年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月22日-
マップ公開2019年11月13日-
更新2020年8月12日-
現状2020年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 129
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 129
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20160.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20160.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas wild type axonem
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.52 Å/pix.
x 120 pix.
= 662.76 Å		5.52 Å/pix.
x 90 pix.
= 497.07 Å		5.52 Å/pix.
x 90 pix.
= 497.07 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.523 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 129 / ムービー #1: 129
最小 - 最大115.73341 - 143.32816
平均 (標準偏差)126.551216 (±4.049805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-19-102-19
サイズ9090120
Spacing9090120
セルA: 497.06998 Å / B: 497.06998 Å / C: 662.75995 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.5235.5235.523
M x/y/z9090120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z497.070497.070662.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ254265109
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-102-19-19
NC/NR/NS9090120
D min/max/mean115.733143.328126.551

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from ...

全体名称: The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from Chlamydomonas wild type cilia
要素
  • 複合体: The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from Chlamydomonas wild type cilia

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超分子 #1: The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from ...

超分子名称: The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from Chlamydomonas wild type cilia
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
Organelle: cilia

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: back-side blotting with No.1 Whatman filter for 1.5-2.5 seconds before plunging.
詳細Freshly isolated and demembranated cilia from Chlamydomonas wild type cells

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-15 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 1.57 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.2 µm / 倍率（補正後）: 26000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 664
抽出トモグラム数: 14 / 使用した粒子像数: 664 / ソフトウェア - 名称: MATLAB
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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