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万見
- EMDB-2011: Structure of the mitochondrial ATP synthase from Saccharomyces ce... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2011
タイトルStructure of the mitochondrial ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae in Brij-35 at 24 Angstroms resolution.
マップデータMap of the Saccharomyces cerevisiae mitochondrial ATP synthase in the detergent Brij-35
試料
  • 試料: Mitochondrial ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae
  • タンパク質・ペプチド: ATP synthase
キーワードATP synthase / membrane protein / cryo-EM / detergent
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Lau WCY / Baker LA / Rubinstein JL
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008
タイトル: Cryo-EM structure of the yeast ATP synthase.
著者: Wilson C Y Lau / Lindsay A Baker / John L Rubinstein /
要旨: We have used electron cryomicroscopy of single particles to determine the structure of the ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae. The resulting map at 24 A resolution can accommodate atomic ...We have used electron cryomicroscopy of single particles to determine the structure of the ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae. The resulting map at 24 A resolution can accommodate atomic models of the F(1)-c(10) subcomplex, the peripheral stalk subcomplex, and the N-terminal domain of the oligomycin sensitivity conferral protein. The map is similar to an earlier electron cryomicroscopy structure of bovine mitochondrial ATP synthase but with important differences. It resolves the internal structure of the membrane region of the complex, especially the membrane embedded subunits b, c, and a. Comparison of the yeast ATP synthase map, which lacks density from the dimer-specific subunits e and g, with a map of the bovine enzyme that included e and g indicates where these subunits are located in the intact complex. This new map has allowed construction of a model of subunit arrangement in the F(O) motor of ATP synthase that dictates how dimerization of the complex via subunits e and g might occur.
履歴
登録2011年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年12月20日-
マップ公開2011年12月20日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2011.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2011.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the Saccharomyces cerevisiae mitochondrial ATP synthase in the detergent Brij-35
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.6 Å/pix.
x 64 pix.
= 358.4 Å		5.6 Å/pix.
x 64 pix.
= 358.4 Å		5.6 Å/pix.
x 64 pix.
= 358.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.18 / ムービー #1: 1.18
最小 - 最大-0.56652844 - 3.30214858
平均 (標準偏差)0.07925905 (±0.42508036)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.65.65.6
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.5673.3020.079

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae

全体名称: Mitochondrial ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • 試料: Mitochondrial ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae
  • タンパク質・ペプチド: ATP synthase

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超分子 #1000: Mitochondrial ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae

超分子名称: Mitochondrial ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample contains Brij-35 to maintain solubility / 集合状態: One homo-oligomer / Number unique components: 14
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: ATP synthase

分子名称: ATP synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ATP synthase / 集合状態: hetero-oligomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303 / 別称: Baker's yeast / 細胞: Saccharomyces cerevisiae / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Mitochondrial inner membrane
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 10 mM Tris-HCl, 10 mM NaCl, 2mM MgSO4, 0.05% (v/v) Brij35
グリッド詳細: 400 mesh Cu/Rh grid with homemade holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot Mark 3 / 手法: Blot from both sides

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism corrected around 100,000x magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 103 / 平均電子線量: 12 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細particle selected manually
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Rotan, Spider, Frealign / 使用した粒子像数: 6904

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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