+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2011 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the mitochondrial ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae in Brij-35 at 24 Angstroms resolution. | |||||||||
マップデータ | Map of the Saccharomyces cerevisiae mitochondrial ATP synthase in the detergent Brij-35 | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | ATP synthase / membrane protein / cryo-EM / detergent | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Lau WCY / Baker LA / Rubinstein JL | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008 タイトル: Cryo-EM structure of the yeast ATP synthase. 著者: Wilson C Y Lau / Lindsay A Baker / John L Rubinstein / 要旨: We have used electron cryomicroscopy of single particles to determine the structure of the ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae. The resulting map at 24 A resolution can accommodate atomic ...We have used electron cryomicroscopy of single particles to determine the structure of the ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae. The resulting map at 24 A resolution can accommodate atomic models of the F(1)-c(10) subcomplex, the peripheral stalk subcomplex, and the N-terminal domain of the oligomycin sensitivity conferral protein. The map is similar to an earlier electron cryomicroscopy structure of bovine mitochondrial ATP synthase but with important differences. It resolves the internal structure of the membrane region of the complex, especially the membrane embedded subunits b, c, and a. Comparison of the yeast ATP synthase map, which lacks density from the dimer-specific subunits e and g, with a map of the bovine enzyme that included e and g indicates where these subunits are located in the intact complex. This new map has allowed construction of a model of subunit arrangement in the F(O) motor of ATP synthase that dictates how dimerization of the complex via subunits e and g might occur. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2011.map.gz | 949.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-2011-v30.xml emd-2011.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 2011.png | 53.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2011 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2011 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2011_validation.pdf.gz | 197.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_2011_full_validation.pdf.gz | 196.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2011_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2011 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2011 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2011.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Map of the Saccharomyces cerevisiae mitochondrial ATP synthase in the detergent Brij-35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mitochondrial ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae
全体 | 名称: Mitochondrial ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Mitochondrial ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae
超分子 | 名称: Mitochondrial ATP synthase from Saccharomyces cerevisiae タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample contains Brij-35 to maintain solubility / 集合状態: One homo-oligomer / Number unique components: 14 |
---|---|
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-分子 #1: ATP synthase
分子 | 名称: ATP synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ATP synthase / 集合状態: hetero-oligomer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303 / 別称: Baker's yeast / 細胞: Saccharomyces cerevisiae / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Mitochondrial inner membrane |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 詳細: 10 mM Tris-HCl, 10 mM NaCl, 2mM MgSO4, 0.05% (v/v) Brij35 |
グリッド | 詳細: 400 mesh Cu/Rh grid with homemade holey carbon |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot Mark 3 / 手法: Blot from both sides |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
---|---|
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism corrected around 100,000x magnification |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 103 / 平均電子線量: 12 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | particle selected manually |
---|---|
CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Rotan, Spider, Frealign / 使用した粒子像数: 6904 |