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万見
- EMDB-20023: Reconstruction of a T4SS OMCC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20023
タイトルReconstruction of a T4SS OMCC
マップデータReconstruction of a T4SS OMCC using C1
試料
  • 複合体: Reconstruction of a proposed asymmetric unit from an H. pylori OMCC
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane / protein secretion / membrane => GO:0016020 / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cag pathogenicity island protein Cag12 / Cag pathogenicity island protein Cag12 / CagY type 1 repeat / CagY type 1 repeat / DC-EC / DC-EC Repeat / Type IV secretion system CagX conjugation protein / Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal domain superfamily ...Cag pathogenicity island protein Cag12 / Cag pathogenicity island protein Cag12 / CagY type 1 repeat / CagY type 1 repeat / DC-EC / DC-EC Repeat / Type IV secretion system CagX conjugation protein / Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal domain superfamily / Conjugal transfer protein / Type IV secretion system, VirB10/TrbI / Bacterial conjugation TrbI-like protein / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV secretion system apparatus protein CagY / Type IV secretion system apparatus protein CagX / Cag pathogenicity island protein (Cag7) / CAG pathogenicity island protein 12 / Cag pathogenicity island protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Chung JM / Sheedlo MJ / Campbell AM / Sawhney N / Frick-Cheng AE / Lacy DB / Cover TL / Ohi MD
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesNIH AI118932 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM103310 米国
National Institutes of Health/National Cancer InstituteCA116087 米国
Other government1I01BX004447 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structure of the Cag type IV secretion system.
著者: Jeong Min Chung / Michael J Sheedlo / Anne M Campbell / Neha Sawhney / Arwen E Frick-Cheng / Dana Borden Lacy / Timothy L Cover / Melanie D Ohi /
要旨: Bacterial type IV secretion systems (T4SSs) are molecular machines that can mediate interbacterial DNA transfer through conjugation and delivery of effector molecules into host cells. The Cag T4SS ...Bacterial type IV secretion systems (T4SSs) are molecular machines that can mediate interbacterial DNA transfer through conjugation and delivery of effector molecules into host cells. The Cag T4SS translocates CagA, a bacterial oncoprotein, into gastric cells, contributing to gastric cancer pathogenesis. We report the structure of a membrane-spanning Cag T4SS assembly, which we describe as three sub-assemblies: a 14-fold symmetric outer membrane core complex (OMCC), 17-fold symmetric periplasmic ring complex (PRC), and central stalk. Features that differ markedly from those of prototypical T4SSs include an expanded OMCC and unexpected symmetry mismatch between the OMCC and PRC. This structure is one of the largest bacterial secretion system assemblies ever reported and illustrates the remarkable structural diversity that exists among bacterial T4SSs.
履歴
登録2019年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月3日-
マップ公開2019年7月3日-
更新2020年10月7日-
現状2020年10月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.69
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.69
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20023.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20023.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 506 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of a T4SS OMCC using C1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.64 Å/pix.
x 510 pix.
= 836.4 Å		1.64 Å/pix.
x 510 pix.
= 836.4 Å		1.64 Å/pix.
x 510 pix.
= 836.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.69 / ムービー #1: 0.69
最小 - 最大-1.4341307 - 3.1059096
平均 (標準偏差)0.0033102506 (±0.108116955)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ510510510
Spacing510510510
セルA=B=C: 836.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.641.641.64
M x/y/z510510510
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z836.400836.400836.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ162182277
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS510510510
D min/max/mean-1.4343.1060.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Reconstruction of a proposed asymmetric unit from an H. pylori OMCC

全体名称: Reconstruction of a proposed asymmetric unit from an H. pylori OMCC
要素
  • 複合体: Reconstruction of a proposed asymmetric unit from an H. pylori OMCC

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超分子 #1: Reconstruction of a proposed asymmetric unit from an H. pylori OMCC

超分子名称: Reconstruction of a proposed asymmetric unit from an H. pylori OMCC
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 59.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 24662
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 17605
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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