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万見
- EMDB-19978: Outward-open structure of Drosophila dopamine transporter bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19978
タイトルOutward-open structure of Drosophila dopamine transporter bound to an atypical non-competitive inhibitor
マップデータ
試料
  • 複合体: Drosophila melanogaster dopamine transporter bound to atypical inhibitor AC-4-248 and in complex with Fab 9D5
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent dopamine transporter
    • タンパク質・ペプチド: 9D5 ANTIBODY, LIGHT CHAIN
    • タンパク質・ペプチド: 9D5 ANTIBODY, HEAVY CHAIN
  • リガンド: N-[3-(6-chloranyl-1,3,4,9-tetrahydropyrido[3,4-b]indol-2-yl)propyl]butanamide
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
キーワードSLC6A3 / Dopamine transporter / atypical inhibitors / neurotransmitter sodium symporters / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / response to odorant / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / dopamine transport / sleep ...Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / response to odorant / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / dopamine transport / sleep / amino acid transport / dopamine uptake involved in synaptic transmission / neuronal cell body membrane / sodium ion transmembrane transport / adult locomotory behavior / presynaptic membrane / axon / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium-dependent dopamine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pedersen CN / Yang F / Ita S / Xu Y / Akunuri R / Trampari S / Neumann CMT / Desdorf LM / Schioett B / Salvino JM ...Pedersen CN / Yang F / Ita S / Xu Y / Akunuri R / Trampari S / Neumann CMT / Desdorf LM / Schioett B / Salvino JM / Mortensen OV / Nissen P / Shahsavar A
資金援助 デンマーク, 米国, 11件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF19OC0054875 デンマーク
LundbeckfondenR310-2018-3713 デンマーク
Danish Ministry for Research and Higher Education5072-00025B デンマーク
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH121453 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH106912 米国
LundbeckfondenR368-2021-522 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0032608 デンマーク
Aarhus University Research FoundationAUFF-E-2022-9-24 デンマーク
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)R01 DA051205-03 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)S10OD030245-01 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)P30 CA010815-53 米国
引用ジャーナル: J Neurochem / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of the dopamine transporter with a novel atypical non-competitive inhibitor bound to the orthosteric site.
著者: Clara Nautrup Pedersen / Fuyu Yang / Samantha Ita / Yibin Xu / Ravikumar Akunuri / Sofia Trampari / Caroline Marie Teresa Neumann / Lasse Messell Desdorf / Birgit Schiøtt / Joseph M Salvino ...著者: Clara Nautrup Pedersen / Fuyu Yang / Samantha Ita / Yibin Xu / Ravikumar Akunuri / Sofia Trampari / Caroline Marie Teresa Neumann / Lasse Messell Desdorf / Birgit Schiøtt / Joseph M Salvino / Ole Valente Mortensen / Poul Nissen / Azadeh Shahsavar /
要旨: The regulation of dopamine (DA) removal from the synaptic cleft is a crucial process in neurotransmission and is facilitated by the sodium- and chloride-coupled dopamine transporter DAT. ...The regulation of dopamine (DA) removal from the synaptic cleft is a crucial process in neurotransmission and is facilitated by the sodium- and chloride-coupled dopamine transporter DAT. Psychostimulant drugs, cocaine, and amphetamine, both block the uptake of DA, while amphetamine also triggers the release of DA. As a result, they prolong or even amplify neurotransmitter signaling. Atypical inhibitors of DAT lack cocaine-like rewarding effects and offer a promising strategy for the treatment of drug use disorders. Here, we present the 3.2 Å resolution cryo-electron microscopy structure of the Drosophila melanogaster dopamine transporter (dDAT) in complex with the atypical non-competitive inhibitor AC-4-248. The inhibitor partially binds at the central binding site, extending into the extracellular vestibule, and locks the transporter in an outward open conformation. Our findings propose mechanisms for the non-competitive inhibition of DAT and attenuation of cocaine potency by AC-4-248 and provide a basis for the rational design of more efficacious atypical inhibitors.
履歴
登録2024年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月24日-
マップ公開2024年7月24日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19978.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19978.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.89 Å/pix.
x 256 pix.
= 227.744 Å		0.89 Å/pix.
x 256 pix.
= 227.744 Å		0.89 Å/pix.
x 256 pix.
= 227.744 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88963 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.7
最小 - 最大-27.135525000000001 - 39.53584
平均 (標準偏差)-0.000000000001047 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 227.744 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_19978_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_19978_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Drosophila melanogaster dopamine transporter bound to atypical in...

全体名称: Drosophila melanogaster dopamine transporter bound to atypical inhibitor AC-4-248 and in complex with Fab 9D5
要素
  • 複合体: Drosophila melanogaster dopamine transporter bound to atypical inhibitor AC-4-248 and in complex with Fab 9D5
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent dopamine transporter
    • タンパク質・ペプチド: 9D5 ANTIBODY, LIGHT CHAIN
    • タンパク質・ペプチド: 9D5 ANTIBODY, HEAVY CHAIN
  • リガンド: N-[3-(6-chloranyl-1,3,4,9-tetrahydropyrido[3,4-b]indol-2-yl)propyl]butanamide
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION

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超分子 #1: Drosophila melanogaster dopamine transporter bound to atypical in...

超分子名称: Drosophila melanogaster dopamine transporter bound to atypical inhibitor AC-4-248 and in complex with Fab 9D5
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 85.622 KDa

+
分子 #1: Sodium-dependent dopamine transporter

分子名称: Sodium-dependent dopamine transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 60.93952 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNSISDERET WSGKVDFLLS VIGFAVDLAN VWRFPYLCYK NGGGAFLVPY GIMLAVGGIP LFYMELALGQ HNRKGAITCW GRLVPLFKG IGYAVVLIAF YVDFYYNVII AWSLRFFFAS FTNSLPWTSC NNIWNTPNCR PFESQGFQSA ASEYFNRYIL E LNRSEGIH ...文字列:
MNSISDERET WSGKVDFLLS VIGFAVDLAN VWRFPYLCYK NGGGAFLVPY GIMLAVGGIP LFYMELALGQ HNRKGAITCW GRLVPLFKG IGYAVVLIAF YVDFYYNVII AWSLRFFFAS FTNSLPWTSC NNIWNTPNCR PFESQGFQSA ASEYFNRYIL E LNRSEGIH DLGAIKWDMA LCLLIVYLIC YFSLWKGIST SGKVVWFTAL FPYAALLILL IRGLTLPGSF LGIQYYLTPN FS AIYKAEV WADAATQVFF SLGPGFGVLL AYASYNKYHN NVYKDALLTS FINSATSFIA GFVIFSVLGY MAHTLGVRIE DVA TEGPGL VFVVYPAAIA TMPASTFWAL IFFMMLATLG LDSSFGGSEA IITALSDEFP KIKRNRELFV AGLFSLYFVV GLAS CTQGG FYFFHLLDRY AAGYSILVAV FFEAIAVSWI YGTNRFSEDI RDMIGFPPGR YWQVCWRFVA PIFLLFITVY LLIGY EPLT YADYVYPSWA NALGWCIAGS SVVMIPAVAI FKLLSTPGSL RQRFTILTTP WRDQQLVPR

UniProtKB: Sodium-dependent dopamine transporter

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分子 #2: 9D5 ANTIBODY, LIGHT CHAIN

分子名称: 9D5 ANTIBODY, LIGHT CHAIN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.840607 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDFQVQIFSF LLISASVAMS RGENVLTQSP AIMSTSPGEK VTMTCRASSS VGSSYLHWYQ QKSGASPKLW IYSTSNLASG VPARFSGSG SGTSYSLTIS SVEAEDAATY YCQQFSGYPL TFGSGTKLEM KRADAAPTVS IFPPSSEQLT SGGASVVCFL N NFYPKDIN ...文字列:
MDFQVQIFSF LLISASVAMS RGENVLTQSP AIMSTSPGEK VTMTCRASSS VGSSYLHWYQ QKSGASPKLW IYSTSNLASG VPARFSGSG SGTSYSLTIS SVEAEDAATY YCQQFSGYPL TFGSGTKLEM KRADAAPTVS IFPPSSEQLT SGGASVVCFL N NFYPKDIN VKWKIDGSER QNGVLNSWTD QDSKDSTYSM SSTLTLTKDE YERHNSYTCE ATHKTSTSPI VKSFNRNEC

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分子 #3: 9D5 ANTIBODY, HEAVY CHAIN

分子名称: 9D5 ANTIBODY, HEAVY CHAIN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.921338 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNFGLRLVFL VLILKGVQCE VQLVESGGGL VKPGGSLKLS CAASGFTFSS YAMSWVRQSP EKRLEWVAEI SSGGRYIYYS DTVTGRFTI SRDNARNILH LEMSSLRSED TAMYYCARGE VRQRGFDYWG QGTTLTVSSA KTTAPSVYPL APVCGDTTGS S VTLGCLVK ...文字列:
MNFGLRLVFL VLILKGVQCE VQLVESGGGL VKPGGSLKLS CAASGFTFSS YAMSWVRQSP EKRLEWVAEI SSGGRYIYYS DTVTGRFTI SRDNARNILH LEMSSLRSED TAMYYCARGE VRQRGFDYWG QGTTLTVSSA KTTAPSVYPL APVCGDTTGS S VTLGCLVK GYFPEPVTLT WNSGSLSSGV HTFPAVLQSD LYTLSSSVTV TSSTWPSQSI TCNVAHPASS TKVDKKIEPR GP

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分子 #4: N-[3-(6-chloranyl-1,3,4,9-tetrahydropyrido[3,4-b]indol-2-yl)propy...

分子名称: N-[3-(6-chloranyl-1,3,4,9-tetrahydropyrido[3,4-b]indol-2-yl)propyl]butanamide
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1H8F
分子量理論値: 333.856 Da

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分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #6: TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM

分子名称: TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 144
分子量理論値: 122.143 Da
Chemical component information

ChemComp-144:
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム

+
分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

+
分子 #8: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #9: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTris-HCltris hydrochloride
0.01 (w/v) %LMNGLauryl Maltose Neopentyl Glycol
0.001 (w/v) %CHScholesterol-hemisuccinate
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14624 / 平均電子線量: 61.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4m48

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 147413
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4m48


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9euo:
Outward-open structure of Drosophila dopamine transporter bound to an atypical non-competitive inhibitor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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