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万見
- EMDB-19958: Human mitochondrial RNase Z with tRNA-His-CCA, consensus map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19958
タイトルHuman mitochondrial RNase Z with tRNA-His-CCA, consensus map
マップデータHuman mitochondrial RNAseZ with tRNA-His-CCA, consensus map
試料
  • 複合体: RNAseZ with mt-tRNA-His
キーワードRNAseZ / ELAC2 / mitochondria / tRNA / RNA BINDING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Valentin Gese G / Hallberg BM
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: Structural basis of 3'-tRNA maturation by the human mitochondrial RNase Z complex.
著者: Genís Valentín Gesé / B Martin Hällberg /
要旨: Maturation of human mitochondrial tRNA is essential for cellular energy production, yet the underlying mechanisms remain only partially understood. Here, we present several cryo-EM structures of the ...Maturation of human mitochondrial tRNA is essential for cellular energy production, yet the underlying mechanisms remain only partially understood. Here, we present several cryo-EM structures of the mitochondrial RNase Z complex (ELAC2/SDR5C1/TRMT10C) bound to different maturation states of mitochondrial tRNA, showing the molecular basis for tRNA-substrate selection and catalysis. Our structural insights provide a molecular rationale for the 5'-to-3' tRNA processing order in mitochondria, the 3'-CCA antideterminant effect, and the basis for sequence-independent recognition of mitochondrial tRNA substrates. Furthermore, our study links mutations in ELAC2 to clinically relevant mitochondrial diseases, offering a deeper understanding of the molecular defects contributing to these conditions.
履歴
登録2024年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19958.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19958.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human mitochondrial RNAseZ with tRNA-His-CCA, consensus map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.7 Å/pix.
x 600 pix.
= 420.16 Å		0.7 Å/pix.
x 600 pix.
= 420.16 Å		0.7 Å/pix.
x 600 pix.
= 420.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.70027 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.013580796 - 0.033240188
平均 (標準偏差)-0.0000019906647 (±0.0017463509)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 420.16022 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19958_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human mitochondrial RNAseZ with tRNA-His-CCA, consensus half map...

ファイルemd_19958_half_map_1.map
注釈Human mitochondrial RNAseZ with tRNA-His-CCA, consensus half map 1 unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human mitochondrial RNAseZ with tRNA-His-CCA, consensus half map...

ファイルemd_19958_half_map_2.map
注釈Human mitochondrial RNAseZ with tRNA-His-CCA, consensus half map 2 unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNAseZ with mt-tRNA-His

全体名称: RNAseZ with mt-tRNA-His
要素
  • 複合体: RNAseZ with mt-tRNA-His

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超分子 #1: RNAseZ with mt-tRNA-His

超分子名称: RNAseZ with mt-tRNA-His / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 250 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4773315
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4436
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta-1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7onu

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

bq52

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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