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- EMDB-19940: Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19940
タイトルCryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with inhibitor DBMIB bound at plastoquinol oxidation site
マップデータmain map
試料
  • 複合体: cytochrome b6f complex inhibited with DBMIB (2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE)
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 10種
キーワードb6f complex / photosynthesis / membrane protein / electron transport / proton transport / inhibitor / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


PSII associated light-harvesting complex II binding / chloroplast photosystem I binding / chloroplast photosystem II binding / cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / thylakoid membrane / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain ...PSII associated light-harvesting complex II binding / chloroplast photosystem I binding / chloroplast photosystem II binding / cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / thylakoid membrane / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / chloroplast thylakoid membrane / : / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / lipid binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thylakoid soluble phosphoprotein TSP9 / Thylakoid soluble phosphoprotein TSP9 superfamily / Thylakoid soluble phosphoprotein TSP9 / : / Cytochrome B6-F complex subunit VI (PetL) / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV ...Thylakoid soluble phosphoprotein TSP9 / Thylakoid soluble phosphoprotein TSP9 superfamily / Thylakoid soluble phosphoprotein TSP9 / : / Cytochrome B6-F complex subunit VI (PetL) / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN / PetM family of cytochrome b6f complex subunit 7 / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / : / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rudiment single hybrid motif / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein LOC110795548 / Cytochrome b6 / Cytochrome b6-f complex subunit 4 / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic / Cytochrome f / Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Thylakoid soluble phosphoprotein / Cytochrome b6-f complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Pietras R / Pintscher S / Mielecki B / Szwalec M / Wojcik-Augustyn A / Indyka P / Rawski M / Koziej L / Jaciuk M / Wazny G ...Pietras R / Pintscher S / Mielecki B / Szwalec M / Wojcik-Augustyn A / Indyka P / Rawski M / Koziej L / Jaciuk M / Wazny G / Glatt S / Osyczka A
資金援助 ポーランド, 3件
OrganizationGrant number国
Foundation for Polish SciencePOIR.04.04.00-00-5B54/17-00 ポーランド
Foundation for Polish ScienceTEAM TECH CORE FACILITY/2017-4/6 ポーランド
Polish National Science Centre2022/47/B/NZ1/03308 ポーランド
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of plastoquinone reduction in plant cytochrome bf.
著者: Sebastian Pintscher / Rafał Pietras / Bohun Mielecki / Mateusz Szwalec / Anna Wójcik-Augustyn / Paulina Indyka / Michał Rawski / Łukasz Koziej / Marcin Jaciuk / Grzegorz Ważny / ...著者: Sebastian Pintscher / Rafał Pietras / Bohun Mielecki / Mateusz Szwalec / Anna Wójcik-Augustyn / Paulina Indyka / Michał Rawski / Łukasz Koziej / Marcin Jaciuk / Grzegorz Ważny / Sebastian Glatt / Artur Osyczka /
要旨: A multi-subunit enzyme, cytochrome bf (cytbf), provides the crucial link between photosystems I and II in the photosynthetic membranes of higher plants, transferring electrons between plastoquinone ...A multi-subunit enzyme, cytochrome bf (cytbf), provides the crucial link between photosystems I and II in the photosynthetic membranes of higher plants, transferring electrons between plastoquinone (PQ) and plastocyanin. The atomic structure of cytbf is known, but its detailed catalytic mechanism remains elusive. Here we present cryogenic electron microscopy structures of spinach cytbf at 1.9 Å and 2.2 Å resolution, revealing an unexpected orientation of the substrate PQ in the haem ligand niche that forms the PQ reduction site (Q). PQ, unlike Q inhibitors, is not in direct contact with the haem. Instead, a water molecule is coordinated by one of the carbonyl groups of PQ and can act as the immediate proton donor for PQ. In addition, we identify water channels that connect Q with the aqueous exterior of the enzyme, suggesting that the binding of PQ in Q displaces water through these channels. The structures confirm large movements of the head domain of the iron-sulfur protein (ISP-HD) towards and away from the plastoquinol oxidation site (Q) and define the unique position of ISP-HD when a Q inhibitor (2,5-dibromo-3-methyl-6-isopropylbenzoquinone) is bound. This work identifies key conformational states of cytbf, highlights fundamental differences between substrates and inhibitors and proposes a quinone-water exchange mechanism.
履歴
登録2024年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19940.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19940.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.204
最小 - 最大-0.5719289 - 1.8377043
平均 (標準偏差)0.0011348991 (±0.034252275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 344.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19940_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_19940_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: sharpened main map

ファイルemd_19940_additional_1.map
注釈sharpened main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_19940_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_19940_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cytochrome b6f complex inhibited with DBMIB (2,5-DIBROMO-3-ISOPRO...

全体名称: cytochrome b6f complex inhibited with DBMIB (2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE)
要素
  • 複合体: cytochrome b6f complex inhibited with DBMIB (2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE)
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome f
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome b6-f complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Thylakoid soluble phosphoprotein
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: UNDECYL-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: water

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超分子 #1: cytochrome b6f complex inhibited with DBMIB (2,5-DIBROMO-3-ISOPRO...

超分子名称: cytochrome b6f complex inhibited with DBMIB (2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: leaf
分子量理論値: 220 KDa

+
分子 #1: Cytochrome b6

分子名称: Cytochrome b6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: leaf
分子量理論値: 24.186504 KDa
配列文字列: MSKVYDWFEE RLEIQAIADD ITSKYVPPHV NIFYCLGGIT LTCFLVQVAT GFAMTFYYRP TVTDAFASVQ YIMTEVNFGW LIRSVHRWS ASMMVLMMIL HVFRVYLTGG FKKPRELTWV TGVVLGVLTA SFGVTGYSLP WDQIGYWAVK IVTGVPDAIP V IGSPLVEL ...文字列:
MSKVYDWFEE RLEIQAIADD ITSKYVPPHV NIFYCLGGIT LTCFLVQVAT GFAMTFYYRP TVTDAFASVQ YIMTEVNFGW LIRSVHRWS ASMMVLMMIL HVFRVYLTGG FKKPRELTWV TGVVLGVLTA SFGVTGYSLP WDQIGYWAVK IVTGVPDAIP V IGSPLVEL LRGSASVGQS TLTRFYSLHT FVLPLLTAVF MLMHFLMIRK QGISGPL

UniProtKB: Cytochrome b6

+
分子 #2: Cytochrome b6-f complex subunit 4

分子名称: Cytochrome b6-f complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: leaf
分子量理論値: 17.456662 KDa
配列文字列:
MGVTKKPDLN DPVLRAKLAK GMGHNYYGEP AWPNDLLYIF PVVILGTIAC NVGLAVLEPS MIGEPADPFA TPLEILPEWY FFPVFQILR TVPNKLLGVL LMASVPAGLL TVPFLENVNK FQNPFRRPVA TTVFLVGTVV ALWLGIGATL PIDKSLTLGL F

UniProtKB: Cytochrome b6-f complex subunit 4

+
分子 #3: Cytochrome f

分子名称: Cytochrome f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: leaf
分子量理論値: 35.355664 KDa
配列文字列: MQTINTFSWI KEQITRSISI SLILYIITRS SIANAYPIFA QQGYENPREA TGRIVCANCH LANKPVDIEV PQAVLPDTVF EAVVRIPYD MQLKQVLANG KKGGLNVGAV LILPEGFELA PPDRISPEMK EKMGNLSFQS YRPNKQNILV IGPVPGQKYS E ITFPILAP ...文字列:
MQTINTFSWI KEQITRSISI SLILYIITRS SIANAYPIFA QQGYENPREA TGRIVCANCH LANKPVDIEV PQAVLPDTVF EAVVRIPYD MQLKQVLANG KKGGLNVGAV LILPEGFELA PPDRISPEMK EKMGNLSFQS YRPNKQNILV IGPVPGQKYS E ITFPILAP DPATKKDVHF LKYPIYVGGN RGRGQIYPDG SKSNNTVYNS TATGIVKKIV RKEKGGYEIN IADASDGREV VD IIPRGPE LLVSEGESIK LDQPLTSNPN VGGFGQGDAE VVLQDPLRIQ GLLFFFASVI LAQIFLVLKK KQFEKVQLSE MNF

UniProtKB: Cytochrome f

+
分子 #4: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic

分子名称: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: plastoquinol-plastocyanin reductase
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: leaf
分子量理論値: 24.347898 KDa
配列文字列: MASFTLSSAT PSQLCSSKNG MFAPSLALAK AGRVNVLISK ERIRGMKLTC QATSIPADNV PDMQKRETLN LLLLGALSLP TGYMLLPYA SFFVPPGGGA GTGGTIAKDA LGNDVIAAEW LKTHAPGDRT LTQGLKGDPT YLVVESDKTL ATFGINAVCT H LGCVVPFN ...文字列:
MASFTLSSAT PSQLCSSKNG MFAPSLALAK AGRVNVLISK ERIRGMKLTC QATSIPADNV PDMQKRETLN LLLLGALSLP TGYMLLPYA SFFVPPGGGA GTGGTIAKDA LGNDVIAAEW LKTHAPGDRT LTQGLKGDPT YLVVESDKTL ATFGINAVCT H LGCVVPFN AAENKFICPC HGSQYNNQGR VVRGPAPLSL ALAHCDVDDG KVVFVPWTET DFRTGEAPWW SA

UniProtKB: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic

+
分子 #5: Cytochrome b6-f complex subunit 6

分子名称: Cytochrome b6-f complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: leaf
分子量理論値: 3.4522 KDa
配列文字列:
MFTLTSYFGF LLAALTITSA LFIGLNKIRL I

UniProtKB: Cytochrome b6-f complex subunit 6

+
分子 #6: cytochrome b6-f complex subunit 7

分子名称: cytochrome b6-f complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: leaf
分子量理論値: 12.9538 KDa
配列文字列:
MATAAASTTL SSAAVPAISG SRGQRKMNKV VYMSGVNSYG GLKANNAVLG LGQAVCTEQC FANVVSSLRS TATKKGRSGG GGGAGGGAL TSTCNAAAEI FRIAAVMNGL TLVGVAIGFV LLRIEATVEE AE

UniProtKB: Uncharacterized protein LOC110795548

+
分子 #7: Cytochrome b6-f complex subunit 5

分子名称: Cytochrome b6-f complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: leaf
分子量理論値: 4.171985 KDa
配列文字列:
MIEVFLFGIV LGLIPITLAG LFVTAYLQYR RGDQLDL

UniProtKB: Cytochrome b6-f complex subunit 5

+
分子 #8: Cytochrome b6-f complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b6-f complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: leaf
分子量理論値: 3.170809 KDa
配列文字列:
MDIVSLAWAA LMVVFTFSLS LVVWGRSGL

UniProtKB: Cytochrome b6-f complex subunit 8

+
分子 #9: Thylakoid soluble phosphoprotein

分子名称: Thylakoid soluble phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: leaf
分子量理論値: 10.608004 KDa
配列文字列:
MSSLPFVFGA AASSRVVTAA AAKGTAETKQ EKSFVDWLLG KITKEDQFYE TDPILRGGDV KSSGSTSGKK GGTTSGKKGT VSIPSKKKN GNGGVFGGLF AKKD

UniProtKB: Thylakoid soluble phosphoprotein

+
分子 #10: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #11: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #12: UNDECYL-MALTOSIDE

分子名称: UNDECYL-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: UMQ
分子量理論値: 496.589 Da
Chemical component information

ChemComp-UMQ:
UNDECYL-MALTOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #13: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #14: 2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE

分子名称: 2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: BNT
分子量理論値: 321.993 Da
Chemical component information

ChemComp-BNT:
2,5-DIBROMO-3-ISOPROPYL-6-METHYLBENZO-1,4-QUINONE / DBMIB

+
分子 #15: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #16: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #17: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #18: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #19: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 206 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度6.7 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
50.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMC23H44O11n-undecyl beta-maltoside
47.0 mMC2H6OSdimethyl sulfoxide
1.7 mMC10H10Br2O2Dibromothymoquinone
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細final concentration of cytochrome b6f dimers 30.6 uM

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3027 / 平均電子線量: 41.34 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4120000 / 詳細: template picker, TOPAZ
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / 使用した粒子像数: 389849
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / 詳細: heterogenous refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7zyv


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9es9:
Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with inhibitor DBMIB bound at plastoquinol oxidation site

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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