EMDB-19933: Apo human mitochondrial Hsp60

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-19933

タイトル

Apo human mitochondrial Hsp60

マップデータ

試料

複合体: Apo mitochondrial Hsp60 chaperonin complex
- タンパク質・ペプチド: 60 kDa heat shock protein, mitochondrial

キーワード

mitochondrial / D7-symmetry / CHAPERONE

機能・相同性

機能・相同性情報

coated vesicle / isotype switching to IgG isotypes / mitochondrial unfolded protein response / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / apolipoprotein A-I binding / lipopolysaccharide receptor complex / protein import into mitochondrial intermembrane space / high-density lipoprotein particle binding / migrasome / cysteine-type endopeptidase activator activity ...coated vesicle / isotype switching to IgG isotypes / mitochondrial unfolded protein response / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / apolipoprotein A-I binding / lipopolysaccharide receptor complex / protein import into mitochondrial intermembrane space / high-density lipoprotein particle binding / migrasome / cysteine-type endopeptidase activator activity / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / chaperonin ATPase / Mitochondrial protein import / positive regulation of macrophage activation / negative regulation of execution phase of apoptosis / cellular response to interleukin-7 / biological process involved in interaction with symbiont / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / 'de novo' protein folding / sperm plasma membrane / apoptotic mitochondrial changes / B cell activation / B cell proliferation / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of interleukin-10 production / DNA replication origin binding / apolipoprotein binding / positive regulation of execution phase of apoptosis / response to unfolded protein / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / chaperone-mediated protein complex assembly / isomerase activity / sperm midpiece / clathrin-coated pit / positive regulation of interleukin-12 production / Mitochondrial protein degradation / secretory granule / response to cold / T cell activation / protein maturation / lipopolysaccharide binding / ATP-dependent protein folding chaperone / positive regulation of T cell activation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / p53 binding / unfolded protein binding / protein folding / single-stranded DNA binding / double-stranded RNA binding / protein-folding chaperone binding / protein refolding / early endosome / mitochondrial inner membrane / protein stabilization / mitochondrial matrix / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å

データ登録者

Lopez-Alonso JP / Tascon I / Ubarretxena-Belandia I

資金援助

米国,

スペイン, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for ATP-triggered assembly of human mitochondrial Hsp60-Hsp10 chaperonin
著者: Tascon I / Lopez-Alonso JP / Ubarretxena-Belandia I / Vilchez J / Shkolnisky Y / Azem A / Hirsch J

履歴

登録	2024年3月25日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年4月9日	-
マップ公開	2025年4月9日	-
更新	2025年4月9日	-
現状	2025年4月9日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_19933.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_19933.map.gz	230.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-19933-v30.xml emd-19933.xml	20.1 KB 20.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_19933_fsc.xml	13.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_19933.png	106.4 KB
マスクデータ	emd_19933_msk_1.map	244.1 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-19933.cif.gz	6.2 KB
その他	emd_19933_half_map_1.map.gz emd_19933_half_map_2.map.gz	226.4 MB 226.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19933 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19933	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_19933_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_19933_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	emd_19933_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	emd_19933_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19933 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19933	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9es3MC 19930C 19931C 19932C 19934C 19935C 19936C 9es0C 9es1C 9es2C 9es4C 9es5C 9es6C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (9)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_19933.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.82 Å/pix. x 400 pix. = 329.52 Å	0.82 Å/pix. x 400 pix. = 329.52 Å	0.82 Å/pix. x 400 pix. = 329.52 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.8238 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.146
最小 - 最大	-0.32119727 - 0.6048456
平均 (標準偏差)	0.0016014096 (±0.017448803)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_19933_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_19933_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_19933_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Apo mitochondrial Hsp60 chaperonin complex

全体	名称: Apo mitochondrial Hsp60 chaperonin complex
要素	複合体: Apo mitochondrial Hsp60 chaperonin complex タンパク質・ペプチド: 60 kDa heat shock protein, mitochondrial

-
超分子 #1: Apo mitochondrial Hsp60 chaperonin complex

超分子	名称: Apo mitochondrial Hsp60 chaperonin complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: 60 kDa heat shock protein, mitochondrial

分子	名称: 60 kDa heat shock protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ec: 3.6.4.9
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 58.178844 KDa
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列	文字列: GSAKDVKFGA DARALMLQGV DLLADAVAVT MGPKGRTVII EQSWGSPKVT KDGVTVAKSI DLKDKYKNIG AKLVQDVANN TNEEAGDGT TTATVLARSI AKEGFEKISK GANPVEIRRG VMLAVDAVIA ELKKQSKPVT TPEEIAQVAT ISANGDKEIG N IISDAMKK ...文字列: GSAKDVKFGA DARALMLQGV DLLADAVAVT MGPKGRTVII EQSWGSPKVT KDGVTVAKSI DLKDKYKNIG AKLVQDVANN TNEEAGDGT TTATVLARSI AKEGFEKISK GANPVEIRRG VMLAVDAVIA ELKKQSKPVT TPEEIAQVAT ISANGDKEIG N IISDAMKK VGRKGVITVK DGKTLNDELE IIEGMKFDRG YISPYFINTS KGQKCEFQDA YVLLSEKKIS SIQSIVPALE IA NAHRKPL VIIAEDVDGE ALSTLVLNRL KVGLQVVAVK APGFGDNRKN QLKDMAIATG GAVFGEEGLT LNLEDVQPHD LGK VGEVIV TKDDAMLLKG KGDKAQIEKR IQEIIEQLDV TTSEYEKEKL NERLAKLSDG VAVLKVGGTS DVEVNEKKDR VTDA LNATR AAVEEGIVLG GGCALLRCIP ALDSLTPANE DQKIGIEIIK RTLKIPAMTI AKNAGVEGSL IVEKIMQSSS EVGYD AMAG DFVNMVEKGI IDPTKVVRTA LLDAAGVASL LTTAEVVVTE IPKEEKDPGM GAMGGMGGGM GGGMF UniProtKB: 60 kDa heat shock protein, mitochondrial

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液

pH: 7.7
構成要素:

濃度	式	名称
20.0 mM	(HOCH₂)₃CNH₃Cl	Tris-HCl
20.0 mM	KCl	potassium chloride
10.0 mM	MgCl₂	magnesium chloride

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13977 / 平均電子線量: 51.03 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 2142057
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: CryoSPARC ab initio
最終再構成	使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C₇ (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 51497
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	PDB ID: 6mrc Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化	空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル	PDB-9es3: Apo human mitochondrial Hsp60

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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