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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19885 | |||||||||
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タイトル | Low-dose cryo-electron ptychographic reconstruction of TMV recorded with CSA of 6.1 mrad | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Capsid / Tobacco Mosaic Virus / VIRUS | |||||||||
生物種 | Tobacco mosaic virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Mohammed I / Stalhberg H / Kucukoglu B | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Low-dose cryo-electron ptychography of proteins at sub-nanometer resolution 著者: Mohammed I / Stalhberg H / Kucukoglu B | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19885.map.gz | 15.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19885-v30.xml emd-19885.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19885_fsc.xml | 12.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19885.png | 73 KB | ||
マスクデータ | emd_19885_msk_1.map | 149.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19885.cif.gz | 4 KB | ||
その他 | emd_19885_half_map_1.map.gz emd_19885_half_map_2.map.gz | 118.7 MB 118.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19885 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19885 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19885.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1659 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19885_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19885_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19885_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tobacco mosaic virus
全体 | 名称: Tobacco mosaic virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Tobacco mosaic virus
超分子 | 名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 12242 / 生物種: Tobacco mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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分子量 | 理論値: 40.0 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DECTRIS ELA (1k x 0.5k) 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |