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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease state with 1-bp DNA mismatch processivity factor focused refinement | |||||||||
![]() | Local refinement map from cryoSPARC | |||||||||
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![]() | DNA / Polymerase / Complex / TRANSFERASE | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å | |||||||||
![]() | Gustavsson E / Grunewald K / Elias P / Hallberg BM | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dynamics of the Herpes simplex virus DNA polymerase holoenzyme during DNA synthesis and proof-reading revealed by Cryo-EM. 著者: Emil Gustavsson / Kay Grünewald / Per Elias / B Martin Hällberg / ![]() ![]() 要旨: Herpes simplex virus 1 (HSV-1), a double-stranded DNA virus, replicates using seven essential proteins encoded by its genome. Among these, the UL30 DNA polymerase, complexed with the UL42 ...Herpes simplex virus 1 (HSV-1), a double-stranded DNA virus, replicates using seven essential proteins encoded by its genome. Among these, the UL30 DNA polymerase, complexed with the UL42 processivity factor, orchestrates leading and lagging strand replication of the 152 kb viral genome. UL30 polymerase is a prime target for antiviral therapy, and resistance to current drugs can arise in immunocompromised individuals. Using electron cryo-microscopy (cryo-EM), we unveil the dynamic changes of the UL30/UL42 complex with DNA in three distinct states. First, a pre-translocation state with an open fingers domain ready for nucleotide incorporation. Second, a halted elongation state where the fingers close, trapping dATP in the dNTP pocket. Third, a DNA-editing state involving significant conformational changes to allow DNA realignment for exonuclease activity. Additionally, the flexible UL30 C-terminal domain interacts with UL42, forming an extended positively charged surface binding to DNA, thereby enhancing processive synthesis. These findings highlight substantial structural shifts in the polymerase and its DNA interactions during replication, offering insights for future antiviral drug development. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 211 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 15.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 54.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 421.9 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 2 MB 391.3 MB 391.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Local refinement map from cryoSPARC | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Locally filtered local refinement map from cryoSPARC
ファイル | emd_19841_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Locally filtered local refinement map from cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap A of local refinement map from cryoSPARC
ファイル | emd_19841_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap A of local refinement map from cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap B of local refinement map from cryoSPARC
ファイル | emd_19841_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap B of local refinement map from cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease s...
全体 | 名称: HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease state with 1-bp DNA mismatch |
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要素 |
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-超分子 #1: HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease s...
超分子 | 名称: HSV-1 DNA polymerase-processivity factor complex in exonuclease state with 1-bp DNA mismatch タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: DNA polymerase-processivity factor
超分子 | 名称: DNA polymerase-processivity factor / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: DNA
超分子 | 名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: DNA polymerase processivity factor
分子 | 名称: DNA polymerase processivity factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTDSPGGVAP ASPVEDASDA SLGQPEEGAP CQVVLQGAEL NGILQAFAPL RTSLLDSLLV MGDRGILIHN TIFGEQVFLP LEHSQFSRY RWRGPTAAFL SLVDQKRSLL SVFRANQYPD LRRVELAITG QAPFRTLVQR IWTTTSDGEA VELASETLMK R ELTSFVVL ...文字列: MTDSPGGVAP ASPVEDASDA SLGQPEEGAP CQVVLQGAEL NGILQAFAPL RTSLLDSLLV MGDRGILIHN TIFGEQVFLP LEHSQFSRY RWRGPTAAFL SLVDQKRSLL SVFRANQYPD LRRVELAITG QAPFRTLVQR IWTTTSDGEA VELASETLMK R ELTSFVVL VPQGTPDVQL RLTRPQLTKV LNATGADSAT PTTFELGVNG KFSVFTTSTC VTFAAREEGV SSSTSTQVQI LS NALTKAG QAAANAKTVY GENTHRTFSV VVDDCSMRAV LRRLQVGGGT LKFFLTTPVP SLCVTATGPN AVSAVFLLKP QKI CLDWLG HSQGSPSAGS SASRASGSEP TDSQDSASDA VSHGDPEDLD GAARAGEAGA LHACPMPSST TRVTPTTKRG RSGG EDARA DTALKKPKTG SPTAPPPADP VPLDTEDDSD AADGTAARPA APDARSGSRY ACYFRDLPTG EASPGAFSAF RGGPQ TPYG FGFP |
-分子 #2: Primer DNA
分子 | 名称: Primer DNA / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
配列 | 文字列: GCCACTACGA CACCTTGATC GCCTCGCAGC CGTCCAACCA ACTC(DRG) |
-分子 #3: Template DNA
分子 | 名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
配列 | 文字列: ATTTGCTGAC CTTTGTTCTG GGTGAGTTGG TTGGACGGCT GCGAGGCGAT CAAGGTGTCG TAGTGGC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
詳細: 20mM HEPES pH7.8, 150mM NaCl, 5mM CaCl2, 2mM DTT | |||||||||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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