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- EMDB-1982: Symmetrized cryo-EM reconstruction of E. coli DegQ 12-mer in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1982
タイトルSymmetrized cryo-EM reconstruction of E. coli DegQ 12-mer in complex with lysozymes
マップデータSymmetrized cryo-EM map of Escherichia coli DegQ 12-mer in complex with lysozymes
試料
  • 試料: Escherichia coli DegQ 12-mer in complex with lysozyme substrates
  • タンパク質・ペプチド: DegQ
  • タンパク質・ペプチド: Lysozyme
キーワードChaperone / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase Do / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / proteolysis involved in protein catabolic process / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity ...peptidase Do / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / proteolysis involved in protein catabolic process / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / peptidase activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / periplasmic space / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / serine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 23 / Peptidase S1C, Do / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / Glycoside hydrolase family 22 domain ...Glycoside hydrolase, family 23 / Peptidase S1C, Do / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / PDZ superfamily / Lysozyme-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysozyme C / Periplasmic pH-dependent serine endoprotease DegQ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Malet H / Canellas F / Sawa J / Yan J / Thalassinos K / Ehrmann M / Clausen T / Saibil HR
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Newly folded substrates inside the molecular cage of the HtrA chaperone DegQ.
著者: Hélène Malet / Flavia Canellas / Justyna Sawa / Jun Yan / Konstantinos Thalassinos / Michael Ehrmann / Tim Clausen / Helen R Saibil /
要旨: The HtrA protein family combines chaperone and protease activities and is essential for protein quality control in many organisms. Whereas the mechanisms underlying the proteolytic function of HtrA ...The HtrA protein family combines chaperone and protease activities and is essential for protein quality control in many organisms. Whereas the mechanisms underlying the proteolytic function of HtrA proteins are well characterized, their chaperone activity remains poorly understood. Here we describe cryo-EM structures of Escherichia coli DegQ in its 12- and 24-mer states in complex with model substrates, providing a structural model of HtrA chaperone action. Up to six lysozyme substrates bind inside the DegQ 12-mer cage and are visualized in a close-to-native state. An asymmetric reconstruction reveals the binding of a well-ordered lysozyme to four DegQ protomers. DegQ PDZ domains are located adjacent to substrate density and their presence is required for chaperone activity. The substrate-interacting regions appear conserved in 12- and 24-mer cages, suggesting a common mechanism of chaperone function.
履歴
登録2011年11月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年12月7日-
マップ公開2011年12月21日-
更新2012年2月3日-
現状2012年2月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4a8b
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-1982.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1982.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Symmetrized cryo-EM map of Escherichia coli DegQ 12-mer in complex with lysozymes
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-5.81737 - 22.4941
平均 (標準偏差)-0.00000322143 (±1.00182)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-5.81722.494-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia coli DegQ 12-mer in complex with lysozyme substrates

全体名称: Escherichia coli DegQ 12-mer in complex with lysozyme substrates
要素
  • 試料: Escherichia coli DegQ 12-mer in complex with lysozyme substrates
  • タンパク質・ペプチド: DegQ
  • タンパク質・ペプチド: Lysozyme

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超分子 #1000: Escherichia coli DegQ 12-mer in complex with lysozyme substrates

超分子名称: Escherichia coli DegQ 12-mer in complex with lysozyme substrates
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: -
集合状態: Six lysozyme monomers bound to one DegQ 12-mer
Number unique components: 2
分子量実験値: 625 KDa / 理論値: 625 KDa
手法: Native mass spectrometry, size exclusion chromatography

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分子 #1: DegQ

分子名称: DegQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DegQ / コピー数: 12 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 細胞中の位置: Periplasm
分子量実験値: 45 KDa / 理論値: 45 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET26b

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分子 #2: Lysozyme

分子名称: Lysozyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Lysozyme / コピー数: 6 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: Chicken / 組織: Egg white
分子量実験値: 14.3 KDa / 理論値: 14.3 KDa
配列GO: lysozyme activity / InterPro: Glycoside hydrolase, family 23

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES/NaOH, 150 mM NaCl
グリッド詳細: C-flat grids (CF-2/2-4C-100 Protochips)
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Manual plunger / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 90 K / 最高: 92 K / 平均: 91 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: 0
詳細Low dose mode
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Single tilt cryo / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flipping
最終 再構成想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5, SPIDER / 使用した粒子像数: 13432

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3stj


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C
ソフトウェア名称: Chimera, Flex-EM
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body and flexible fitting. Protease and PDZ1 trimers extracted from pdb entry 3STJ.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation, energy
得られたモデル

PDB-4a8b:
Symmetrized cryo-EM reconstruction of E. coli DegQ 12-mer in complex with lysozymes

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3cs0

ソフトウェア名称: MODELLER, Chimera, Flex-EM
詳細Protocol: Rigid body fitting. PDZ2 domain modelled with MODELLER.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation, energy
得られたモデル

PDB-4a8b:
Symmetrized cryo-EM reconstruction of E. coli DegQ 12-mer in complex with lysozymes

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

1dpx


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Flex-EM
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation, energy
得られたモデル

PDB-4a8b:
Symmetrized cryo-EM reconstruction of E. coli DegQ 12-mer in complex with lysozymes

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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