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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19799 | |||||||||
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タイトル | Flexible reconstruction of CBF1-CCAN bound to a centromeric CENP-A nucleosome (EMPIAR-11910) | |||||||||
マップデータ | local resolution filtered map obtained from the DynaMight half maps | |||||||||
試料 |
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キーワード | kinetochore / point centromere / CENP-A nucleosome / topological entrapment / centromeric DNA / CELL CYCLE | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Schwab J / Kimanius D / Burt A / Dendooven T / Scheres SHW | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the complete inner kinetochore of the budding yeast point centromere. 著者: Tom Dendooven / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / Johannes Schwab / Sjors H W Scheres / Stanislau Yatskevich / David Barford / 要旨: The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) ...The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) complex and the microtubule-binding outer kinetochore KNL1-MIS12-NDC80 (KMN) network. The budding yeast inner kinetochore also contains the DNA binding centromere-binding factor 1 (CBF1) and CBF3 complexes. We determined the cryo-electron microscopy structure of the yeast inner kinetochore assembled onto the centromere-specific centromere protein A nucleosomes (CENP-A). This revealed a central CENP-A with extensively unwrapped DNA ends. These free DNA duplexes bind two CCAN protomers, one of which entraps DNA topologically, positioned on the centromere DNA element I (CDEI) motif by CBF1. The two CCAN protomers are linked through CBF3 forming an arch-like configuration. With a structural mechanism for how CENP-A can also be linked to KMN involving only CENP-QU, we present a model for inner kinetochore assembly onto a point centromere and how it organizes the outer kinetochore for chromosome attachment to the mitotic spindle. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19799.map.gz | 107.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19799-v30.xml emd-19799.xml | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_19799.png | 84.4 KB | ||
マスクデータ | emd_19799_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19799.cif.gz | 4 KB | ||
その他 | emd_19799_half_map_1.map.gz emd_19799_half_map_2.map.gz | 165.5 MB 165.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19799 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19799 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19799_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19799_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19799_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19799_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19799 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19799 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | local resolution filtered map obtained from the DynaMight half maps | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.853 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19799_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unfiltered, unmasked half map reconstructed with DynaMight
ファイル | emd_19799_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unfiltered, unmasked half map reconstructed with DynaMight | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unfiltered, unmasked half map reconstructed with DynaMight
ファイル | emd_19799_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unfiltered, unmasked half map reconstructed with DynaMight | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA
全体 | 名称: A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA
超分子 | 名称: A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100311 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |