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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19763 | |||||||||||||||
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タイトル | 4D_STEM cryo tomogram of t4 Phages produced by iDPC2 | |||||||||||||||
マップデータ | 4D_STEM cryo tomogram of t4 Phages produced by iDPC2 | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | 4D-STEM cryo tomography / Cryo-ET / CSTET / T4-Phage / iDPC / UNKNOWN FUNCTION | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia phage T4 (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||||||||
データ登録者 | Seifer S / Kirchweger P / Edel KM / Elbaum M | |||||||||||||||
資金援助 | オーストリア, イスラエル, European Union, 4件
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引用 | ジャーナル: Microsc Microanal / 年: 2024 タイトル: Optimizing Contrast in Automated 4D STEM Cryotomography. 著者: Shahar Seifer / Peter Kirchweger / Karlina Maria Edel / Michael Elbaum / 要旨: 4D STEM is an emerging approach to electron microscopy. While it was developed principally for high-resolution studies in materials science, the possibility to collect the entire transmitted flux ...4D STEM is an emerging approach to electron microscopy. While it was developed principally for high-resolution studies in materials science, the possibility to collect the entire transmitted flux makes it attractive for cryomicroscopy in application to life science and radiation-sensitive materials where dose efficiency is of utmost importance. We present a workflow to acquire tomographic tilt series of 4D STEM data sets using a segmented diode and an ultrafast pixelated detector, demonstrating the methods using a specimen of a T4 bacteriophage. Full integration with the SerialEM platform conveniently provides all the tools for grid navigation and automation of the data collection. Scripts are provided to convert the raw data to mrc format files and further to generate a variety of modes representing both scattering and phase contrasts, including incoherent and annular bright field, integrated center of mass, and parallax decomposition of a simulated integrated differential phase contrast. Principal component analysis of virtual annular detectors proves particularly useful, and axial contrast is improved by 3D deconvolution with an optimized point spread function. Contrast optimization enables visualization of irregular features such as DNA strands and thin filaments of the phage tails, which would be lost upon averaging or imposition of an inappropriate symmetry. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19763.map.gz | 790.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19763-v30.xml emd-19763.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_19763.png | 188.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-19763.cif.gz | 4.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19763 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19763 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19763_validation.pdf.gz | 461.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19763_full_validation.pdf.gz | 461.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19763_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19763_validation.cif.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19763 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19763 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19763.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 964 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 4D_STEM cryo tomogram of t4 Phages produced by iDPC2 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 15.58 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia phage T4
全体 | 名称: Escherichia phage T4 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Escherichia phage T4
超分子 | 名称: Escherichia phage T4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Isolated T4 Bacteriophage / NCBI-ID: 2681598 / 生物種: Escherichia phage T4 / ウイルスタイプ: VIROID / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 株: DH5a |
-超分子 #2: Escherichia phage T4
超分子 | 名称: Escherichia phage T4 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage T4 (ファージ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris pH 8 with 1 mM MgCl2 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 296.15 K / 装置: LEICA EM GP |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Home made / 直径: 15 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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詳細 | 200 kV with 30 um C2 aperture, for a semi-convergence angle of 0.8 mrad and typically 7-10 pA electron current |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DECTRIS ARINA (0.2k x 0.2k) デジタル化 - サイズ - 横: 1024 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1024 pixel / 平均電子線量: 3.0 e/Å2 詳細: Images were recorded on a Dectris ARINA 4D-STEM detector. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: 4D-STEM / 最大 デフォーカス(公称値): 0.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0 µm / 倍率(公称値): 41000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The tilt-images were generated from 4D-STEM data using the iDPC2 algorithm (Seifer et.al., 2024). | ||||||
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最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION ソフトウェア:
詳細: Reconstruction was performed using the simple back-projection from Astra-Toolbox, and then deconvolved using core2_decon from Priism 使用した粒子像数: 41 |