[日本語] English
万見
- EMDB-19665: Fab4251-DS-SOSIP complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19665
タイトルFab4251-DS-SOSIP complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Envelope glycoprotein Human immunodeficiency virus 1 with Fab
    • タンパク質・ペプチド: variable heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: variable light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV / VIRAL PROTEIN
生物種HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Nortier P / Perez L
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Res Sq / 年: 2024
タイトル: RAIN: a Machine Learning-based identification for HIV-1 bNAbs.
著者: Laurent Perez / Mathilde Foglierini /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) are promising candidates for the treatment and prevention of HIV-1 infection. Despite their critical importance, automatic detection of HIV-1 bNAbs from immune ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) are promising candidates for the treatment and prevention of HIV-1 infection. Despite their critical importance, automatic detection of HIV-1 bNAbs from immune repertoire is still lacking. Here, we developed a straightforward computational method for apid utomatic dentification of bAbs ) based on Machine Learning methods. In contrast to other approaches using one-hot encoding amino acid sequences or structural alignment for prediction, RAIN uses a combination of selected sequence-based features for accurate prediction of HIV-1 bNAbs. We demonstrate the performance of our approach on non-biased, experimentally obtained sequenced BCR repertoires from HIV-1 immune donors. RAIN processing leads to the successful identification of novel HIV-1 bNAbs targeting the CD4-binding site of the envelope glycoprotein. In addition, we validate the identified bNAbs using neutralization assay and we solve the structure of one of them in complex with the soluble native-like heterotrimeric envelope glycoprotein by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). Overall, we propose a method to facilitate and accelerate HIV-1 bNAbs discovery from non-selected immune repertoires.
履歴
登録2024年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_19665.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19665.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 198.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73277 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.17637661 - 0.63862175
平均 (標準偏差)0.0035650155 (±0.016746514)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-12-7-13
サイズ374364382
Spacing364374382
セルA: 266.7283 Å / B: 274.056 Å / C: 279.91815 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19665_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_19665_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Envelope glycoprotein Human immunodeficiency virus 1 with Fab

全体名称: Envelope glycoprotein Human immunodeficiency virus 1 with Fab
要素
  • 複合体: Envelope glycoprotein Human immunodeficiency virus 1 with Fab
    • タンパク質・ペプチド: variable heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: variable light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: Envelope glycoprotein Human immunodeficiency virus 1 with Fab

超分子名称: Envelope glycoprotein Human immunodeficiency virus 1 with Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
分子量理論値: 400 kDa/nm

-
分子 #1: variable heavy chain

分子名称: variable heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.951986 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVHVMQSGDQ VKKPGASVQV SCTTSGSSFI EDSLHWIQQV PGQEPEWLGW VNPRHGAVNY SWKIRDRITM TRDISKSTMY VQMRGLQSD DTAMYYCAKS RRGANWALYW GWGTRITVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列:
QVHVMQSGDQ VKKPGASVQV SCTTSGSSFI EDSLHWIQQV PGQEPEWLGW VNPRHGAVNY SWKIRDRITM TRDISKSTMY VQMRGLQSD DTAMYYCAKS RRGANWALYW GWGTRITVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PK

-
分子 #2: variable light chain

分子名称: variable light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.257809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQLTQSPSY LAASVGDRVT ITCRESNDLN WYLQRPGKPP KLLISGASKL ERGVPSRFRG SSSGSLTISG LQPEDIGTYY CQVFEFFGG GTRVDIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD S TYSLSSTL ...文字列:
DIQLTQSPSY LAASVGDRVT ITCRESNDLN WYLQRPGKPP KLLISGASKL ERGVPSRFRG SSSGSLTISG LQPEDIGTYY CQVFEFFGG GTRVDIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD S TYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

-
分子 #3: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: Envelope glycoprotein gp120|Human immunodeficiency virus 1
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
分子量理論値: 49.558484 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDHNV WATHACVPTD PNPQEIHLEN VTEEFNMWKN NMVEQMHTDI ISLWDQSLKP CVKLTPLCV TLQCTNVTNN ITDDMRGELK NCSFNMTTEL RDKKQKVYSL FYRLDVVQIK EYRLINCNTS ACTQACPKVS F EPIPIHYC ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDHNV WATHACVPTD PNPQEIHLEN VTEEFNMWKN NMVEQMHTDI ISLWDQSLKP CVKLTPLCV TLQCTNVTNN ITDDMRGELK NCSFNMTTEL RDKKQKVYSL FYRLDVVQIK EYRLINCNTS ACTQACPKVS F EPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EVMIRSENIT NNAKNILVQF NT PVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRKHFGNNTI IRFANSSGGD LEV TTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQCMYAPP IQGVIRCVSN ITGLILTRDG GSTN STTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKR

-
分子 #4: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
分子量理論値: 14.561529 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSTVWGI KQLQARVLAV ERYLRDQQLL GIWGCSGKLI CCTNVPWNSS WSNRNLSEI WDNMTWLQWD KEISNYTQII YGLLEESQNQ QEKNEQDLLA L

-
分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 17 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 6
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 15163 / 平均電子線量: 39.89 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4tvp

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 72497
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8s2e:
Fab4251-DS-SOSIP complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る