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- EMDB-19659: Human RNF213: focused refinement of E3-RING domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19659
タイトルHuman RNF213: focused refinement of E3-RING domain
マップデータUnsharpened map of RNF213 E3-RING domain after focused refinement
試料
  • 複合体: Human RNF213
キーワードE3 ubiquitin ligase / ANTIMICROBIAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Naydenova K / Randow F
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)U105170648 英国
Wellcome Trust222503/Z/21/Z 英国
引用
ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2024
タイトル: Recognition of phylogenetically diverse pathogens through enzymatically amplified recruitment of RNF213.
著者: Ana Crespillo-Casado / Prathyush Pothukuchi / Katerina Naydenova / Matthew C J Yip / Janet M Young / Jerome Boulanger / Vimisha Dharamdasani / Ceara Harper / Pierre-Mehdi Hammoudi / Elsje G ...著者: Ana Crespillo-Casado / Prathyush Pothukuchi / Katerina Naydenova / Matthew C J Yip / Janet M Young / Jerome Boulanger / Vimisha Dharamdasani / Ceara Harper / Pierre-Mehdi Hammoudi / Elsje G Otten / Keith Boyle / Mayuri Gogoi / Harmit S Malik / Felix Randow /
要旨: Innate immunity senses microbial ligands known as pathogen-associated molecular patterns (PAMPs). Except for nucleic acids, PAMPs are exceedingly taxa-specific, thus enabling pattern recognition ...Innate immunity senses microbial ligands known as pathogen-associated molecular patterns (PAMPs). Except for nucleic acids, PAMPs are exceedingly taxa-specific, thus enabling pattern recognition receptors to detect cognate pathogens while ignoring others. How the E3 ubiquitin ligase RNF213 can respond to phylogenetically distant pathogens, including Gram-negative Salmonella, Gram-positive Listeria, and eukaryotic Toxoplasma, remains unknown. Here we report that the evolutionary history of RNF213 is indicative of repeated adaptation to diverse pathogen target structures, especially in and around its newly identified CBM20 carbohydrate-binding domain, which we have resolved by cryo-EM. We find that RNF213 forms coats on phylogenetically distant pathogens. ATP hydrolysis by RNF213's dynein-like domain is essential for coat formation on all three pathogens studied as is RZ finger-mediated E3 ligase activity for bacteria. Coat formation is not diffusion-limited but instead relies on rate-limiting initiation events and subsequent cooperative incorporation of further RNF213 molecules. We conclude that RNF213 responds to evolutionarily distant pathogens through enzymatically amplified cooperative recruitment.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Recognition of phylogenetically diverse pathogens through enzymatically amplified recruitment of RNF213
著者: Casado AC / Pothukuchi P / Naydenova K / Yip MCJ / Young JM / Boulanger J / Dharamdasani V / Harper C / Hammoudi PM / Otten EG / Boyle K / Gogoi M / Malik HS / Randow F
履歴
登録2024年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19659.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19659.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map of RNF213 E3-RING domain after focused refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 512 pix.
= 471.552 Å		0.92 Å/pix.
x 512 pix.
= 471.552 Å		0.92 Å/pix.
x 512 pix.
= 471.552 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.921 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.021386413 - 0.048687425
平均 (標準偏差)-0.00001287838 (±0.00061951106)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 471.552 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19659_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map (2) of RNF213 E3-RING domain focused refinement

ファイルemd_19659_half_map_1.map
注釈Half-map (2) of RNF213 E3-RING domain focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map (1) of RNF213 E3-RING domain focused refinement

ファイルemd_19659_half_map_2.map
注釈Half-map (1) of RNF213 E3-RING domain focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human RNF213

全体名称: Human RNF213
要素
  • 複合体: Human RNF213

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超分子 #1: Human RNF213

超分子名称: Human RNF213 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: E3 ubiquitin ligase RNF213, human, N1045D natural variant
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 590 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 4.86 sec. / 平均電子線量: 29.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 143490
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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