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万見
- EMDB-19580: ComM helicase dodecamers from Legionella maltophila -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19580
タイトルComM helicase dodecamers from Legionella maltophila
マップデータ
試料
  • 複合体: ComM
    • タンパク質・ペプチド: ComM
キーワードHelicase / Translocase / natural transformation / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mg chelatase-related protein / Mg chelatase-related protein, C-terminal domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI C-terminal / Subunit ChlI of Mg-chelatase / Magnesium-chelatase subunit ChlI-like / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities ...Mg chelatase-related protein / Mg chelatase-related protein, C-terminal domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI C-terminal / Subunit ChlI of Mg-chelatase / Magnesium-chelatase subunit ChlI-like / Magnesium chelatase ChlI-like, catalytic domain / Magnesium chelatase, subunit ChlI / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Competence related protein ComM
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.01 Å
データ登録者Talachia Rosa L / Fronzes R
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the mechanism of DNA branch migration during homologous recombination in bacteria.
著者: Rosa LT / Vernhes E / Soulet AL / Polard P / Fronzes R
履歴
登録2024年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19580.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.645 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.040797573 - 0.14306757
平均 (標準偏差)0.00078593486 (±0.007817776)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 322.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ComM

全体名称: ComM
要素
  • 複合体: ComM
    • タンパク質・ペプチド: ComM

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超分子 #1: ComM

超分子名称: ComM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)

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分子 #1: ComM

分子名称: ComM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSLAFTKTRS TIGIVAQPVS VEVHLSNGLP SFTMVGLAET AVKESKDRVR SAIINSQFEF PCRKITVNLG PANLPKTGSG FDLPIALGIL AASEQIPLTN LANHEFIGEL ALSGELRGVS AIIPAVLAAH KDNQHLIIAN ANAAEASLTG HQKVFTANNL REVCDYLCQG ...文字列:
MSLAFTKTRS TIGIVAQPVS VEVHLSNGLP SFTMVGLAET AVKESKDRVR SAIINSQFEF PCRKITVNLG PANLPKTGSG FDLPIALGIL AASEQIPLTN LANHEFIGEL ALSGELRGVS AIIPAVLAAH KDNQHLIIAN ANAAEASLTG HQKVFTANNL REVCDYLCQG TSLQSLPPKP DLLLNNYELD WSDIKGQQHA KNAMVIAACG GHSILLSGAP GSGKTMMAKR FSTLLPELSE TQALECAAIN SIRGKLPDFR EWRLPPFRAP HHTASPVALV GGGNPPKPGE ISLAHHGVLF LDELPEFNRQ VLETLREPLE SGHICISRAA AQIEFPAKFQ LIAAMNPCPC GQWGNSQANC MCTPDRISRY LAKLSAPLLD RIDMQVTIHA LSQEELIKPN THLEKQSLAI REKVTKMHEI QMARQDSLNA NLNSKTCEMV CELGSEEQLF LREVMSKLKL SARGYHRLLK VSRTIADMNS SKKVLLNHLQ QALSYKQNLH LPK

UniProtKB: Competence related protein ComM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.61 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69029
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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