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- EMDB-19547: PAO1 wild-type ribosome, R, reference map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19547
タイトルPAO1 wild-type ribosome, R, reference map
マップデータPAO1 wild-type ribosome, R, reference map
試料
  • 複合体: PAO1 wild-type ribosome
    • タンパク質・ペプチド: x 48種
    • RNA: x 3種
  • リガンド: x 3種
キーワードRibosome / PAO1 / wild type / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit ...transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / : / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein S6 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS15 ...Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein bS21
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Mesa P / Montoya G
資金援助 デンマーク, European Union, 6件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF10CC1016517 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF0024386 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0030214 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0055061 デンマーク
European Research Council (ERC)ERC_AdG_101096548European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Detuning of the Ribosome Conformational Landscape Promotes Antibiotic Resistance and Collateral Sensitivity.
著者: Mesa P / Jimenez-Fernandez A / La Rosa R / Espinosa-Portero R / Johansen HK / Molin S / Montoya G
履歴
登録2024年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年2月12日-
現状2025年2月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19547.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PAO1 wild-type ribosome, R, reference map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.43531755 - 0.8698423
平均 (標準偏差)0.00024323947 (±0.027554397)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 282.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PAO1 wild-type ribosome

全体名称: PAO1 wild-type ribosome
要素
  • 複合体: PAO1 wild-type ribosome
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 16S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: PAO1 wild-type ribosome

超分子名称: PAO1 wild-type ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#51
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 9.01045 KDa
配列文字列:
MAHKKAGGST RNGRDSESKR LGVKLFGGQA VKAGNILVRQ RGTKFHAGYG VGLGKDHTLF AKVDGVVKFE TKGAFGRKYV SIVAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 9.087633 KDa
配列文字列:
MSRVCQVTGK GPVTGNNISH AHNKTRRRFL PNLQHHRFWV ESEKRFVRLR VSAKGMRIID KRGIEAVLAD LRARGEKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 7.213352 KDa
配列文字列:
MKANELREKS VEQLNEQLLG LLRDQFNLRM QKATGQLGQS HLLSQVKRDI ARVKTVLNQQ AGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 6.489644 KDa
配列文字列:
MATVKVTLVK SLNGRLANHK ACVKGLGLRR INHTVEVQDT PENRGMINKA YYLLRVEG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 6.807571 KDa
配列文字列:
MAVQQNKKSR SARDMRRSHD ALESNALSVE KSTGEVHLRH HVSPDGFYRG RKVVDKGSDE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #6: Large ribosomal subunit protein bL33

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 6.060142 KDa
配列文字列:
MRELIRLVSS AGTGHFYTTD KNKRTKPEKI EIKKYDPVVR QHVIYKEAKI K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 5.226309 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSTL KRARVHGFRA RMATKNGRQV LSRRRAKGRK RLTV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 7.387996 KDa
配列文字列:
MPKMKTKSGA AKRFKKTAGG LKHKHAFKSH ILTKMTTKRK RQLRGTSMLN KSDVARVERS LRLR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 4.447445 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKL CRNCKIIRRD GIVRVICSAE PRHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36A

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 29.641256 KDa
配列文字列: MAIVKCKPTS AGRRFVVKVV NQELHKGAPY APLLEKKSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ HYRLVDFRRN KDGIPAIVER VEYDPNRTA HIALLKYADG ERRYIIAPKG VAAGDQLISG IGAPIKAGNS MPLRNIPVGS TVHGIELKPG KGAQIARSAG A SAQLVARE ...文字列:
MAIVKCKPTS AGRRFVVKVV NQELHKGAPY APLLEKKSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ HYRLVDFRRN KDGIPAIVER VEYDPNRTA HIALLKYADG ERRYIIAPKG VAAGDQLISG IGAPIKAGNS MPLRNIPVGS TVHGIELKPG KGAQIARSAG A SAQLVARE GAYVTLRLRS GEMRKVLAEC RATLGEVSNS EHSLRSLGKA GATRWRGVRP TVRGVAMNPV DHPHGGGEGR TS AGRHPVS PWGLQTKGKK TRSNKRTDNM IVRRRK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 22.625695 KDa
配列文字列: MTIGVVGRKC GMTRIFTEEG VSIPVTVIEV EPNRVTQFKT EETDGYRAVQ VTAGERRASR VTKAQAGHFA KANVAAGRGV WEFRLGEEQ YAAGDQITVD LFQAGQMVDV TGESKGKGFA GTIKRWNFRG QDNTHGNSVS HRVPGSIGQC QTPGRVFKGK K MSGHLGAE ...文字列:
MTIGVVGRKC GMTRIFTEEG VSIPVTVIEV EPNRVTQFKT EETDGYRAVQ VTAGERRASR VTKAQAGHFA KANVAAGRGV WEFRLGEEQ YAAGDQITVD LFQAGQMVDV TGESKGKGFA GTIKRWNFRG QDNTHGNSVS HRVPGSIGQC QTPGRVFKGK K MSGHLGAE RVTVQSLEIV RVDAERNLLL VKGAVPGATG GDVIVRPAAK ARG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 21.673939 KDa
配列文字列: MQLNVNGAQA IEVSERTFGG EFNETLVHQA VVAYMAGGRQ GSKAQKTRSE VSGGGKKPWR QKGTGRARAG TIRSPIWRGG GTTFAAKPR SHEQKLNKKM YRAALRSILA ELVRLDRLVV VADFAVDAPK TKGLVAKLDT LGLKDVLIVT DGVDENLYLA A RNLAHVDV ...文字列:
MQLNVNGAQA IEVSERTFGG EFNETLVHQA VVAYMAGGRQ GSKAQKTRSE VSGGGKKPWR QKGTGRARAG TIRSPIWRGG GTTFAAKPR SHEQKLNKKM YRAALRSILA ELVRLDRLVV VADFAVDAPK TKGLVAKLDT LGLKDVLIVT DGVDENLYLA A RNLAHVDV RDVQGSDPVS LIAYDKVLVT VSAVKKFEEL LG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 20.42483 KDa
配列文字列:
MARLKEIYRK EIAPKLKEEL QLANVMEVPR VTKITLNMGL GEAVGDKKII ENAVADLEKI TGQKPVVTYA RKSIAGFKIR EGWPIGVKV TLRSDRMYEF LDRLLSISLP RVRDFRGLNA KSFDGRGNYS MGVKEQIIFP EIDYDKIDAL RGLDITLTTT A RTDDEGRA LLRAFKFPFR N

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 19.129145 KDa
配列文字列:
MSRVAKNPVK LPAGVEIKLA GQQLSIKGAK GALELKVHPS VEVIQDSGEL RFAARNGDQQ TRAMAGTTRA LVNNMVVGVS QGFERKLQL VGVGYKAQAK GQVLSLSLGF SHPVDYELPA GIVAETPSQT DILIKGIDKQ LVGQVAAEIR DFRPPEPYKG K GVRYADEV VRRKEAKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 15.551678 KDa
配列文字列:
MEVILLEKVA NLGNLGDKVN IKGGYARNFL LPQGKATVAT AENVAAFEAR RAELEKAAAE KKAAAEARAA QLSELVVTLG AHAGDEGKL FGSIGTRDIA EAVSAAGYPL EKAEVRLPNG ALRNTGEFDV AVHLHTDVET TLKLIIVAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 16.058577 KDa
配列文字列:
MKTYTAKPET VQRDWFVVDA AGQTLGRLAT EIARRLRGKH KPEYTPHVDT GDYIVVINAE QVRVTGAKTT DKMYYHHSGF PGGIKSINF EKLIAKAPER VIETAVKGML PKNPLGRDMY RKLKVYKGAS HPHTAQQPQE LKI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 13.43591 KDa
配列文字列:
MIQTQSMLDV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGIGDIIK VTVKEAIPRG KVKKGQVMTA VVVRTKHGVR RTDGSIIRFD GNAAVLLNN KQEPIGTRIF GPVTRELRTE KFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 15.204488 KDa
配列文字列:
MQLNDLRSAP GARREKHRPG RGIGSGLGKT GGRGHKGLTS RSGGKVAPGF EGGQQPLHRR LPKFGFVSLK AMDRAEVRTS ELAKVEGDV VSLQTLKDAN LINQHVQRVK VMLSGEVGRA VTLKGIAATK GARAAIEAAG GKFED

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 15.434229 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KQMTGHNRGL AHRGSKVSFG EYALKATSRG RLTARQIESA RRALTRHVKR GGKIWIRVFP DKPVTKKPLE VRMGKGKGG VEYWVAQIQP GKVLYEIEGV SEELAREAFA LAAAKLPLAT SFVKRTVM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 14.5339 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRHL SRTSAHRKAM FQNMAVSLFE HELIKTTLPK AKELRRVAEP LITLAKEDSV ANRRLAFDRT RSKAAVGKLF NDLGKRYAN RPGGYLRILK CGFRAGDNAP MAYVELVDRP VGGEVVEAAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 12.687666 KDa
配列文字列:
MSVKKETRLR RARKARLKMR ELETVRLCVY RSSQHIYAQV IAADGGKVLA SASTLDKDLR EGATGNIDAA KKVGQLVAER AKAAGVTQV AFDRSGFKYH GRVKALADAA REGGLEF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 13.055227 KDa
配列文字列:
MTNKIIQQIE AEQMNKEIPA FAPGDTVIVQ VKVKEGDRQR LQAFEGVVIA KRNRGLNSAF TVRKISNGVG VERTFQTYSP IVDSLSVKR RGDVRKAKLY YLRALSGKAA RIKEKLV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 13.397972 KDa
配列文字列:
MARVKRGVIA RRRHKKILKL AKGYYGARSR VFRVAKQAVI KAGQYAYRDR RQRKRQFRAL WIARINAGAR QNGLSYSRLI AGLKKAAIE IDRKVLADLA VNEKAAFTAI VEKAKASLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 11.678621 KDa
配列文字列:
MYAVIVTGGK QHKVTEGEFL KVEKLDVATG EAIDFDRVLL VANGEDVKIG LPVVEGAKVT AEVVSHGRHD KVRIIKFRRR KHHMKRQGH RQWFTEIKIT GIQA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #28: Large ribosomal subunit protein uL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 11.935996 KDa
配列文字列:
MEVAAKLSGA RISAQKARLV ADQIRGKKVG EALNLLAFSS KKAAEIMKKV LESAVANAEH NEGADVDDLK VSTVFVNEGR SLKRIMPRA KGRADRIVKR SCHITVKVAD K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 10.969714 KDa
配列文字列:
MNQERVFKVL LGPHISEKAT GLADGKSQFV FKVATDATKL EIKKAVESLF SVKVQRVTTL NVKGKTKRTA RGLGKRNDWK KAYIALQPG QDLDFATSAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 11.494491 KDa
配列文字列:
MQKIRRDDEV IVIAGKDKGK RGKVLKVLAD DRLVVGGVNL IKRHTKPNPM LGQQGGIVEK EAPLHVSNVA IFNTETSKAD RVGFKVEDG KKIRVFKSTQ KPVQA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 21.994242 KDa
配列文字列: MVDFILNAQV RSDLGKGASR RLRRNAGLVP AVVYGGDKEP QSVTLELREI AKLLENEAAF SHVIALNVGG AKETVLIKAL QRHPAKGFV MHADFLRVVA DHKLTAHVPL HFINEEVAVG VKQAGGEISH TISEVEVSCL PKDLPEFIEV DMAKVELGQI V HLSDLKAP ...文字列:
MVDFILNAQV RSDLGKGASR RLRRNAGLVP AVVYGGDKEP QSVTLELREI AKLLENEAAF SHVIALNVGG AKETVLIKAL QRHPAKGFV MHADFLRVVA DHKLTAHVPL HFINEEVAVG VKQAGGEISH TISEVEVSCL PKDLPEFIEV DMAKVELGQI V HLSDLKAP KGVELVQLAH GNDLAVANIH ASRVVKEEGS EEGAAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #32: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 27.376475 KDa
配列文字列: MSQVNMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMGKF IFGARNKIHI INLEKTLPMF NEALTFVERL AAGKNKILFV GTKRSAGKIV REEAARCGM PYVDHRWLGG MLTNYKTIRQ SIKRLRDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRSR DLEKLERSLG GIKDMGGLPD A LFVIDVDH ...文字列:
MSQVNMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMGKF IFGARNKIHI INLEKTLPMF NEALTFVERL AAGKNKILFV GTKRSAGKIV REEAARCGM PYVDHRWLGG MLTNYKTIRQ SIKRLRDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRSR DLEKLERSLG GIKDMGGLPD A LFVIDVDH ERIAITEANK LGIPVIGVVD TNSSPEGVDY VIPGNDDAIR AVQLYLNSMA EAVIRGKQGA ATSADEFVEE AP AESAEG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #33: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 25.887152 KDa
配列文字列: MGQKVHPNGI RLGIVKEHTS VWYADRKNYA DYLFADLKVR EYLQDKLKSA SVSRIDIHRP AQTARITIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRQ DLTKQMGVPV HINIEEIRKP ELDAMLVAQS VAQQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRIGAKGI KIQVSGRLGG A EIARTEWY ...文字列:
MGQKVHPNGI RLGIVKEHTS VWYADRKNYA DYLFADLKVR EYLQDKLKSA SVSRIDIHRP AQTARITIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRQ DLTKQMGVPV HINIEEIRKP ELDAMLVAQS VAQQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRIGAKGI KIQVSGRLGG A EIARTEWY REGRVPLHTL RADIDYATYE AHTTYGVIGV KVWIFKGEVI GGRQEELKPV APAPRKKAAR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 23.31867 KDa
配列文字列: MARYIGPKCK LSRREGTDLF LKSGARALDS KCKAENVPGQ HGQRRGRLSD YGLQLREKQK VRRIYGVLER QFRGYYQEAS RRKGSTGEN LLQLLECRLD NVVYRMGFGS TRSESRQLVS HKAITVNGQT VNIPSYQVKA GDVVAVREKS KNQLRIAQAL E LCGQRGRV ...文字列:
MARYIGPKCK LSRREGTDLF LKSGARALDS KCKAENVPGQ HGQRRGRLSD YGLQLREKQK VRRIYGVLER QFRGYYQEAS RRKGSTGEN LLQLLECRLD NVVYRMGFGS TRSESRQLVS HKAITVNGQT VNIPSYQVKA GDVVAVREKS KNQLRIAQAL E LCGQRGRV EWVEVDLDKK AGTFKSAPAR SDLSADINEN LIVELYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 17.650391 KDa
配列文字列:
MANNEQKRDE GYIEKLVQVN RVAKTVKGGR IFAFTALTVV GDGKGRVGFG RGKAREVPAA IQKAMEAARR NMIQVDLNGT TLQYPTKSA HGASKVYMQP ASEGTGIIAG GAMRAVLEVA GVQNVLAKCY GSTNPVNVVY ATFKGLKNMQ APEAVAAKRG K SVEEIL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 16.189689 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFLV HPDQSEQVGG MVERYTKAIE EDGGKIHRLE DWGRRQLAYA INNVHKAHYV LMNVECSAKA LAELEDNFRY NDAVIRNLV MRRDEAVTEQ SEMLKAEESR NERRERRERP NDNAEGADGD DNSDSDNADE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 17.541514 KDa
配列文字列:
MPRRRVAAKR EVLADPKYGS QILAKFMNHV MESGKKAVAE RIVYGALDKV KERGKADPLE TFEKALDAIA PLVEVKSRRV GGATYQVPV EVRPSRRNAL AMRWLVDFAR KRGEKSMALR LAGELLDAAE GKGAAVKKRE DVHRMAEANK AFSHYRF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 14.190609 KDa
配列文字列:
MSMQDPLADM LTRIRNAQMA EKTVVSMPSS KLKAAVAKVL KDEGYIADFQ ISSEVKPQLS IELKYFEGKP VIEEVKRISR PGLRQYKSV EQLPKVRGGL GVSIVSTNKG VMTDRAARAA GVGGEVLCTV F

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 14.643844 KDa
配列文字列:
MSATQNYGTG RRKTATARVF LRPGTGKISI NNRGLDQFFG RETARMVVRQ PLELTETVEK FDIFVTVVGG GVSGQAGAIR HGITRALIE YDETLRSSLR KAGYVTRDAR EVERKKVGLR KARKRPQYSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 11.786605 KDa
配列文字列:
MQNQQIRIRL KAFDHRLIDQ STQEIVETAK RTGAQVRGPI PLPTRKERFT VLISPHVNKD ARDQYEIRTH KRVLDIVQPT DKTVDALMK LDLAAGVEVQ ISLG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 13.654687 KDa
配列文字列:
MAKPAARPRK KVKKTVVDGI AHIHASFNNT IVTITDRQGN ALSWATSGGS GFRGSRKSTP FAAQVAAERA GQAALEYGLK NLDVNVKGP GPGRESAVRA LNACGYKIAS ITDVTPIPHN GCRPPKKRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 13.830104 KDa
配列文字列:
MATINQLVRK PRKRMVDKSD VPALQNCPQR RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVCRVRLTNG FEVSSYIGGE GHNLQEHSVV LIRGGRVKD LPGVRYHTVR GSLDTSGVKD RKQGRSKYGA KRPK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 13.292486 KDa
配列文字列:
MARIAGVNIP DNKHTVISLT YIYGVGRTTA QSICAATGVN PAAKIKDLSD EQIDQLRNEV AKITTEGDLR REINMNIKRL MDLGCYRGL RHRRGLPVRG QRTKTNARTR KGPRKPIRK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 11.591508 KDa
配列文字列:
MAKESMKNRE LKRQLTVAKY AKKRAELKAI IANPNSSAEE RWNAQVALQK QPRDASASRL RNRCRLTGRP HGFYRKFGLS RNKLREAAM RGDVPGLVKA SW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 10.135661 KDa
配列文字列:
MALSVEEKAQ IVNEYKQAEG DTGSPEVQVA LLSANINKLQ DHFKANGKDH HSRRGLIRMV NQRRKLLDYL KGKDVSRYTA LIGRLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 9.219454 KDa
配列文字列:
MVTIRLARGG SKKRPFYHLT VTNSRNARDG RFVERIGFFN PVATGGEVRL SVDQERATYW LGQGAQPSER VAQLLKDAAK ANA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 10.10682 KDa
配列文字列:
MAEAQKTVRT LTGRVVSDKM DKTVTVLIER RVKHPIYGKY VKRSTKLHAH DESNQCRIGD LVTIRETRPL AKTKAWTLVD IVERAVEV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 8.892394 KDa
配列文字列:
MARFFRRRKF CRFTAEGVKE IDYKDLNTLK AYVSETGKIV PSRITGTKAK YQRQLATAIK RARYLALLPY TDSHGR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 10.382331 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF IDLHLLKKVE VAVEKNDRKP IKTWSRRSMI LPHMVGLTIA VHNGRQHVPV LVNEDMVGHK LGEFAATRTY RGHAADKKA KR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 9.942673 KDa
配列文字列:
MANTPSAKKR AKQAEKRRSH NASLRSMVRT YIKNVVKAID AKDLEKAQAA FTAAVPVIDR MADKGIIHKN KAARHKSRLS GHIKALSTA AA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 8.508979 KDa
配列文字列:
MPAVKVKENE PFDVALRRFK RSCEKAGVLA EVRSREFYEK PTAERKRKAA AAVKRHAKKV QREQRRRERL Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21

+
分子 #10: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 10 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 936.932 KDa
配列文字列: GUCAAGUGAA GAAGCGCAUA CGGUGGAUGC CUUGGCAGUC AGAGGCGAUG AAAGACGUGG UAGCCUGCGA AAAGCUUCGG GGAGUCGGC AAACAGACUU UGAUCCGGAG AUCUCUGAAU GGGGGAACCC ACCUAGGAUA ACCUAGGUAU CUUGUACUGA A UCCAUAGG ...文字列:
GUCAAGUGAA GAAGCGCAUA CGGUGGAUGC CUUGGCAGUC AGAGGCGAUG AAAGACGUGG UAGCCUGCGA AAAGCUUCGG GGAGUCGGC AAACAGACUU UGAUCCGGAG AUCUCUGAAU GGGGGAACCC ACCUAGGAUA ACCUAGGUAU CUUGUACUGA A UCCAUAGG UGCAAGAGGC GAACCAGGGG AACUGAAACA UCUAAGUACC CUGAGGAAAA GAAAUCAACC GAGAUUCCCU UA GUAGUGG CGAGCGAACG GGGAUUAGCC CUUAAGCUUC AUUGAUUUUA GCGGAACGCU CUGGAAAGUG CGGCCAUAGU GGG UGAUAG CCCCGUACGC GAAAGGAUCU UUGAAGUGAA AUCGAGUAGG ACGGAGCACG AGAAACUUUG UCUGAACAUG GGGG GACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUA CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAAGAACC CCGGA GAGG GGAGUGAAAU AGAACCUGAA ACCGUAUGCG UACAAGCAGU GGGAGCCUAC UUGUUAGGUG ACUGCGUACC UUUUGU AUA AUGGGUCAGC GACUUAUAUU CAGUGGCAAG CUUAACCGUA UAGGGUAGGC GUAGCGAAAG CGAGUCUUAA UAGGGCG UU UAGUCGCUGG GUAUAGACCC GAAACCGGGC GAUCUAUCCA UGAGCAGGUU GAAGGUUAGG UAACACUGAC UGGAGGAC C GAACCCACUC CCGUUGAAAA GGUAGGGGAU GACUUGUGGA UCGGAGUGAA AGGCUAAUCA AGCUCGGAGA UAGCUGGUU CUCCUCGAAA GCUAUUUAGG UAGCGCCUCA UGUAUCACUC UGGGGGGUAG AGCACUGUUU CGGCUAGGGG GUCAUCCCGA CUUACCAAA CCGAUGCAAA CUCCGAAUAC CCAGAAGUGC CGAGCAUGGG AGACACACGG CGGGUGCUAA CGUCCGUCGU G AAAAGGGA AACAACCCAG ACCGCCAGCU AAGGUCCCAA AGUUGUGGUU AAGUGGUAAA CGAUGUGGGA AGGCUUAGAC AG CUAGGAG GUUGGCUUAG AAGCAGCCAC CCUUUAAAGA AAGCGUAAUA GCUCACUAGU CGAGUCGGCC UGCGCGGAAG AUG UAACGG GGCUCAAACC ACACACCGAA GCUGCGGGUG UCACGUAAGU GACGCGGUAG AGGAGCGUUC UGUAAGCCUG UGAA GGUGA GUUGAGAAGC UUGCUGGAGG UAUCAGAAGU GCGAAUGCUG ACAUGAGUAA CGACAAUGGG UGUGAAAAAC ACCCA CGCC GAAAGACCAA GGGUUCCUGC GCAACGUUAA UCGACGCAGG GUUAGUCGGU UCCUAAGGCG AGGCUGAAAA GCGUAG UCG AUGGGAAACA GGUUAAUAUU CCUGUACUUC UGGUUACUGC GAUGGAGGGA CGGAGAAGGC UAGGCCAGCU UGGCGUU GG UUGUCCAAGU UUAAGGUGGU AGGCUGAAAU CUUAGGUAAA UCCGGGGUUU CAAGGCCGAG AGCUGAUGAC GAGUCGUC U UUUAGAUGAC GAAGUGGUUG AUGCCAUGCU UCCAAGAAAA GCUUCUAAGC UUCAGGUAAC CAGGAACCGU ACCCCAAAC CGACACAGGU GGUCGGGUAG AGAAUACCAA GGCGCUUGAG AGAACUCGGG UGAAGGAACU AGGCAAAAUG GCACCGUAAC UUCGGGAGA AGGUGCGCCG GCUAGGGUGA AGGAUUUACU CCGUAAGCUC UGGCUGGUCG AAGAUACCAG GCCGCUGCGA C UGUUUAUU AAAAACACAG CACUCUGCAA ACACGAAAGU GGACGUAUAG GGUGUGACGC CUGCCCGGUG CCGGAAGGUU AA UUGAUGG GGUUAGCGCA AGCGAAGCUC UUGAUCGAAG CCCCGGUAAA CGGCGGCCGU AACUAUAACG GUCCUAAGGU AGC GAAAUU CCUUGUCGGG UAAGUUCCGA CCUGCACGAA UGGCGUAACG AUGGCGGCGC UGUCUCCACC CGAGACUCAG UGAA AUUGA AAUCGCUGUG AAGAUGCAGU GUAUCCGCGG CUAGACGGAA AGACCCCGUG AACCUUUACU GUAGCUUUGC ACUGG ACUU UGAGCCUGCU UGUGUAGGAU AGGUGGGAGG CUUUGAAGCG UGGACGCCAG UUCGCGUGGA GCCAUCCUUG AAAUAC CAC CCUGGCAUGC UUGAGGUUCU AACUCUGGUC CGUAAUCCGG AUCGAGGACA GUGUAUGGUG GGCAGUUUGA CUGGGGC GG UCUCCUCCUA AAGAGUAACG GAGGAGUACG AAGGUGCGCU CAGACCGGUC GGAAAUCGGU CGCAGAGUAU AAAGGCAA A AGCGCGCUUG ACUGCGAGAC AGACACGUCG AGCAGGUACG AAAGUAGGUC UUAGUGAUCC GGUGGUUCUG UAUGGAAGG GCCAUCGCUC AACGGAUAAA AGGUACUCCG GGGAUAACAG GCUGAUACCG CCCAAGAGUU CAUAUCGACG GCGGUGUUUG GCACCUCGA UGUCGGCUCA UCACAUCCUG GGGCUGAAGC CGGUCCCAAG GGUAUGGCUG UUCGCCAUUU AAAGUGGUAC G CGAGCUGG GUUUAGAACG UCGUGAGACA GUUCGGUCCC UAUCUGCCGU GGACGUUUGA GAUUUGAGAG GGGCUGCUCC UA GUACGAG AGGACCGGAG UGGACGAACC UCUGGUGUUC CGGUUGUCAC GCCAGUGGCA UUGCCGGGUA GCUAUGUUCG GAA AAGAUA ACCGCUGAAA GCAUCUAAGC GGGAAACUUG CCUCAAGAUG AGAUCUCACU GGGAACUUGA UUCCCCUGAA GGGC CGUCG AAGACUACGA CGUUGAUAGG CUGGGUGUGU AAGCGUUGUG AGGCGUUGAG CUAACCAGUA CUAAUUGCCC GUGAG GCUU GACCAUA

GENBANK: GENBANK: AE004091.2

+
分子 #11: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 11 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 497.80275 KDa
配列文字列: GAACUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAGCGGA UGAAGGGAGC UUGCUCCUG GAUUCAGCGG CGGACGGGUG AGUAAUGCCU AGGAAUCUGC CUGGUAGUGG GGGAUAACGU CCGGAAACGG G CGCUAAUA ...文字列:
GAACUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAGCGGA UGAAGGGAGC UUGCUCCUG GAUUCAGCGG CGGACGGGUG AGUAAUGCCU AGGAAUCUGC CUGGUAGUGG GGGAUAACGU CCGGAAACGG G CGCUAAUA CCGCAUACGU CCUGAGGGAG AAAGUGGGGG AUCUUCGGAC CUCACGCUAU CAGAUGAGCC UAGGUCGGAU UA GCUAGUU GGUGGGGUAA AGGCCUACCA AGGCGACGAU CCGUAACUGG UCUGAGAGGA UGAUCAGUCA CACUGGAACU GAG ACACGG UCCAGACUCC UACGGGAGGC AGCAGUGGGG AAUAUUGGAC AAUGGGCGAA AGCCUGAUCC AGCCAUGCCG CGUG UGUGA AGAAGGUCUU CGGAUUGUAA AGCACUUUAA GUUGGGAGGA AGGGCAGUAA GUUAAUACCU UGCUGUUUUG ACGUU ACCA ACAGAAUAAG CACCGGCUAA CUUCGUGCCA GCAGCCGCGG UAAUACGAAG GGUGCAAGCG UUAAUCGGAA UUACUG GGC GUAAAGCGCG CGUAGGUGGU UCAGCAAGUU GGAUGUGAAA UCCCCGGGCU CAACCUGGGA ACUGCAUCCA AAACUAC UG AGCUAGAGUA CGGUAGAGGG UGGUGGAAUU UCCUGUGUAG CGGUGAAAUG CGUAGAUAUA GGAAGGAACA CCAGUGGC G AAGGCGACCA CCUGGACUGA UACUGACACU GAGGUGCGAA AGCGUGGGGA GCAAACAGGA UUAGAUACCC UGGUAGUCC ACGCCGUAAA CGAUGUCGAC UAGCCGUUGG GAUCCUUGAG AUCUUAGUGG CGCAGCUAAC GCGAUAAGUC GACCGCCUGG GGAGUACGG CCGCAAGGUU AAAACUCAAA UGAAUUGACG GGGGCCCGCA CAAGCGGUGG AGCAUGUGGU UUAAUUCGAA G CAACGCGA AGAACCUUAC CUGGCCUUGA CAUGCUGAGA ACUUUCCAGA GAUGGAUUGG UGCCUUCGGG AACUCAGACA CA GGUGCUG CAUGGCUGUC GUCAGCUCGU GUCGUGAGAU GUUGGGUUAA GUCCCGUAAC GAGCGCAACC CUUGUCCUUA GUU ACCAGC ACCUCGGGUG GGCACUCUAA GGAGACUGCC GGUGACAAAC CGGAGGAAGG UGGGGAUGAC GUCAAGUCAU CAUG GCCCU UACGGCCAGG GCUACACACG UGCUACAAUG GUCGGUACAA AGGGUUGCCA AGCCGCGAGG UGGAGCUAAU CCCAU AAAA CCGAUCGUAG UCCGGAUCGC AGUCUGCAAC UCGACUGCGU GAAGUCGGAA UCGCUAGUAA UCGUGAAUCA GAAUGU CAC GGUGAAUACG UUCCCGGGCC UUGUACACAC CGCCCGUCAC ACCAUGGGAG UGGGUUGCUC CAGAAGUAGC UAGUCUA AC CGCAAGGGGG ACGGUUACCA CGGAGUGAUU CAUGACUGGG GUGAAGUCGU AACAAGGUAG CCGUAGGGGA ACCUGCGG C UGGAUCACCU CCUUA

GENBANK: GENBANK: CP053028.1

+
分子 #12: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 12 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 38.902078 KDa
配列文字列:
UGCUUGACGA UCAUAGAGCG UUGGAACCAC CUGAUCCCUU CCCGAACUCA GAAGUGAAAC GACGCAUCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUCU CCCCAUGUGA GAGUAGGUCA UCGUCAAGCU CC

GENBANK: GENBANK: CP053028.1

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分子 #52: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #53: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 184 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #54: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 54 / コピー数: 395 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTrisHClTris buffer
10.0 mMMgCl2magnesium chloride
100.0 mMNH4Clammonium chloride
6.0 mMBMEbeta-mercaptoethanol
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3773 / 平均露光時間: 50.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction in RELION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 2.1.0-3.0), PHENIX (ver. 1.20.1))
使用した粒子像数: 166770
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.0-3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.0-3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.0-3.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4ybb


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8rwg:
PAO1 wild-type ribosome, R, reference map

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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