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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
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タイトル | Human mitochondrial RNase Z complex with ELAC2-D550N catalytic mutant and tRNA-Gln precursor (Composite model) | ||||||||||||||||||
![]() | Composite map of human mitochondrial RNase Z complex with mitochondrial tRNA-Gln precursor | ||||||||||||||||||
![]() |
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![]() | tRNA processing / RNase Z / endonuclease / mitochondrial / RNA BINDING PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() tRNase Z / brexanolone metabolic process / isoursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / ursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase activity / mitochondrial tRNA methylation / tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase / mitochondrial RNA 5'-end processing / mitochondrial tRNA processing ...tRNase Z / brexanolone metabolic process / isoursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / ursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase activity / mitochondrial tRNA methylation / tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase / mitochondrial RNA 5'-end processing / mitochondrial tRNA processing / tRNA (adenine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase / mitochondrial ribonuclease P complex / tRNA (guanosine(9)-N1)-methyltransferase activity / mitochondrial tRNA 5'-end processing / chenodeoxycholate 7-alpha-dehydrogenase (NAD+) activity / tRNA modification in the mitochondrion / rRNA processing in the mitochondrion / tRNA processing in the mitochondrion / mitochondrial tRNA 3'-end processing / 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / cholate 7-alpha-dehydrogenase (NAD+) activity / C21-steroid hormone metabolic process / 3'-tRNA processing endoribonuclease activity / tRNA methyltransferase complex / tRNA 3'-end processing / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / tRNA-specific ribonuclease activity / L-isoleucine catabolic process / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / tRNA decay / : / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / bile acid biosynthetic process / positive regulation of mitochondrial translation / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / Branched-chain amino acid catabolism / tRNA processing in the nucleus / estrogen metabolic process / fatty acid beta-oxidation / mitochondrial nucleoid / androgen metabolic process / Mitochondrial protein degradation / RNA endonuclease activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / fatty acid metabolic process / mitochondrion organization / lipid metabolic process / mRNA processing / protein homotetramerization / tRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Bhatta A / Yu RD / Kuhle B / Hillen HS | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of human nuclear and mitochondrial tRNA 3' processing. 著者: Arjun Bhatta / Bernhard Kuhle / Ryan D Yu / Lucas Spanaus / Katja Ditter / Katherine E Bohnsack / Hauke S Hillen / ![]() 要旨: Eukaryotic transfer RNA (tRNA) precursors undergo sequential processing steps to become mature tRNAs. In humans, ELAC2 carries out 3' end processing of both nucleus-encoded (nu-tRNAs) and ...Eukaryotic transfer RNA (tRNA) precursors undergo sequential processing steps to become mature tRNAs. In humans, ELAC2 carries out 3' end processing of both nucleus-encoded (nu-tRNAs) and mitochondria-encoded (mt-tRNAs) tRNAs. ELAC2 is self-sufficient for processing of nu-tRNAs but requires TRMT10C and SDR5C1 to process most mt-tRNAs. Here we show that TRMT10C and SDR5C1 specifically facilitate processing of structurally degenerate mt-tRNAs lacking the canonical elbow. Structures of ELAC2 in complex with TRMT10C, SDR5C1 and two divergent mt-tRNA substrates reveal two distinct mechanisms of pre-tRNA recognition. While canonical nu-tRNAs and mt-tRNAs are recognized by direct ELAC2-RNA interactions, processing of noncanonical mt-tRNAs depends on protein-protein interactions between ELAC2 and TRMT10C. These results provide the molecular basis for tRNA 3' processing in both the nucleus and the mitochondria and explain the organelle-specific requirement for additional factors. Moreover, they suggest that TRMT10C-SDR5C1 evolved as a mitochondrial tRNA maturation platform to compensate for the structural erosion of mt-tRNAs in bilaterian animals. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 120 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 31 KB 31 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() ![]() | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 53.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 8.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 228.9 MB 230.1 MB 3.7 MB 186.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 189.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 189.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 502 B | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 450 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8rr3MC ![]() 8rr1C ![]() 8rr4C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map of human mitochondrial RNase Z complex with mitochondrial tRNA-Gln precursor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Consensus refinement map of human mitochondrial RNase Z...
ファイル | emd_19455_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Consensus refinement map of human mitochondrial RNase Z complex with mitochondrial tRNA-Gln precursor - Sharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Focused refinement map centered around ELAC2 density
ファイル | emd_19455_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused refinement map centered around ELAC2 density | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local resolution filtered focused refinement map centered around...
ファイル | emd_19455_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Local resolution filtered focused refinement map centered around ELAC2 density | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local resolution filtered consensus refinement map centered
ファイル | emd_19455_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Local resolution filtered consensus refinement map centered | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human mitochondrial RNase Z complex with tRNA-Gln precursor
全体 | 名称: Human mitochondrial RNase Z complex with tRNA-Gln precursor |
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要素 |
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-超分子 #1: Human mitochondrial RNase Z complex with tRNA-Gln precursor
超分子 | 名称: Human mitochondrial RNase Z complex with tRNA-Gln precursor タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2
分子 | 名称: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.947021 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAAACRSVKG LVAVITGGAS GLGLATAERL VGQGASAVLL DLPNSGGEAQ AKKLGNNCVF APADVTSEKD VQTALALAKG KFGRVDVAV NCAGIAVASK TYNLKKGQTH TLEDFQRVLD VNLMGTFNVI RLVAGEMGQN EPDQGGQRGV IINTASVAAF E GQVGQAAY ...文字列: MAAACRSVKG LVAVITGGAS GLGLATAERL VGQGASAVLL DLPNSGGEAQ AKKLGNNCVF APADVTSEKD VQTALALAKG KFGRVDVAV NCAGIAVASK TYNLKKGQTH TLEDFQRVLD VNLMGTFNVI RLVAGEMGQN EPDQGGQRGV IINTASVAAF E GQVGQAAY SASKGGIVGM TLPIARDLAP IGIRVMTIAP GLFGTPLLTS LPEKVCNFLA SQVPFPSRLG DPAEYAHLVQ AI IENPFLN GEVIRLDGAI RMQP UniProtKB: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2 |
-分子 #2: Zinc phosphodiesterase ELAC protein 2
分子 | 名称: Zinc phosphodiesterase ELAC protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNase Z |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 89.169336 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SNAPRKDPLR HLRTREKRGP SGCSGGPNTV YLQVVAAGSR DSGAALYVFS EFNRYLFNCG EGVQRLMQEH KLKVARLDNI FLTRMHWSN VGGLSGMILT LKETGLPKCV LSGPPQLEKY LEAIKIFSGP LKGIELAVRP HSAPEYEDET MTVYQIPIHS E QRRGKHQP ...文字列: SNAPRKDPLR HLRTREKRGP SGCSGGPNTV YLQVVAAGSR DSGAALYVFS EFNRYLFNCG EGVQRLMQEH KLKVARLDNI FLTRMHWSN VGGLSGMILT LKETGLPKCV LSGPPQLEKY LEAIKIFSGP LKGIELAVRP HSAPEYEDET MTVYQIPIHS E QRRGKHQP WQSPERPLSR LSPERSSDSE SNENEPHLPH GVSQRRGVRD SSLVVAFICK LHLKRGNFLV LKAKEMGLPV GT AAIAPII AAVKDGKSIT HEGREILAEE LCTPPDPGAA FVVVECPDES FIQPICENAT FQRYQGKADA PVALVVHMAP ASV LVDSRY QQWMERFGPD TQHLVLNENC ASVHNLRSHK IQTQLNLIHP DIFPLLTSFR CKKEGPTLSV PMVQGECLLK YQLR PRREW QRDAIITCNP EEFIVEALQL PNFQQSVQEY RRSAQDGPAP AEKRSQYPEI IFLGTGSAIP MKIRNVSATL VNISP DTSL LLDCGEGTFG QLCRHYGDQV DRVLGTLAAV FVSHLHANHH TGLPSILLQR ERALASLGKP LHPLLVVAPN QLKAWL QQY HNQCQEVLHH ISMIPAKCLQ EGAEISSPAV ERLISSLLRT CDLEEFQTCL VRHCKHAFGC ALVHTSGWKV VYSGDTM PC EALVRMGKDA TLLIHEATLE DGLEEEAVEK THSTTSQAIS VGMRMNAEFI MLNHFSQRYA KVPLFSPNFS EKVGVAFD H MKVCFGDFPT MPKLIPPLKA LFAGDIEEME ERREKRELRQ VRAALLSREL AGGLEDGEPQ QKRAHTEEPQ AKKVRAQ UniProtKB: Zinc phosphodiesterase ELAC protein 2 |
-分子 #3: tRNA methyltransferase 10 homolog C
分子 | 名称: tRNA methyltransferase 10 homolog C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 37.165094 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SNAAATREFI EMWRLLGREV PEHITEEELK TLMECVSNTA KKKYLKYLYT KEKVKKARQI KKEMKAAARE EAKNIKLLET TEEDKQKNF LFLRLWDRNM DIAMGWKGAQ AMQFGQPLVF DMAYENYMKR KELQNTVSQL LESEGWNRRN VDPFHIYFCN L KIDGALHR ...文字列: SNAAATREFI EMWRLLGREV PEHITEEELK TLMECVSNTA KKKYLKYLYT KEKVKKARQI KKEMKAAARE EAKNIKLLET TEEDKQKNF LFLRLWDRNM DIAMGWKGAQ AMQFGQPLVF DMAYENYMKR KELQNTVSQL LESEGWNRRN VDPFHIYFCN L KIDGALHR ELVKRYQEKW DKLLLTSTEK SHVDLFPKDS IIYLTADSPN VMTTFRHDKV YVIGSFVDKS MQPGTSLAKA KR LNLATEC LPLDKYLQWE IGNKNLTLDQ MIRILLCLKN NGNWQEALQF VPKRKHTGFL EISQHSQEFI NRLKKAKT UniProtKB: tRNA methyltransferase 10 homolog C |
-分子 #4: Human mitochondrial tRNA-Gln precursor with 3' trailer RNA
分子 | 名称: Human mitochondrial tRNA-Gln precursor with 3' trailer RNA タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 31.058283 KDa |
配列 | 文字列: UAGGAUGGGG UGUGAUAGGU GGCACGGAGA AUUUUGGAUU CUCAGGGAUG GGUUCGAUUC UCAUAGUCCU AGGCUCCGAG GUGAUUUUC AAGCUCG |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #6: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子 | 名称: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: SAH |
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分子量 | 理論値: 384.411 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-SAH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |