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万見
- EMDB-19448: Alpha-synuclein amyloid fibrils with DNAJB1-Helix V mutant, HSC70... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19448
タイトルAlpha-synuclein amyloid fibrils with DNAJB1-Helix V mutant, HSC70, HSP110 and ATP
マップデータTomogram of alpha-synuclein amyloid fibrils incubated with a variant of DNAJB1 mutated in helix V, Hsc70, Hsp110 and ATP
試料
  • 複合体: Alpha-synuclein amyloid fibrils incubated with a helix V mutant of DNAJB1, HSC70, HSP110 and ATP
キーワードChaperones / amyloid fibril / disaggregation / PROTEIN FIBRIL
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Saibil HR / Monistrol J
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust106249/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Stepwise recruitment of Hsc70 by DNAJB1 produces ordered arrays primed for bursts of amyloid fibre disassembly
著者: Monistrol J / Beton JG / Johnston EC / Saibil HR
履歴
登録2024年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19448.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram of alpha-synuclein amyloid fibrils incubated with a variant of DNAJB1 mutated in helix V, Hsc70, Hsp110 and ATP
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.8 Å
密度
最小 - 最大-7589.160600000000159 - 3680.546600000000126
平均 (標準偏差)9.638588 (±313.08832000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin697479
サイズ19432079431
Spacing20791943431
セルA: 7900.1997 Å / B: 7383.4 Å / C: 1637.7999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Alpha-synuclein amyloid fibrils incubated with a helix V mutant o...

全体名称: Alpha-synuclein amyloid fibrils incubated with a helix V mutant of DNAJB1, HSC70, HSP110 and ATP
要素
  • 複合体: Alpha-synuclein amyloid fibrils incubated with a helix V mutant of DNAJB1, HSC70, HSP110 and ATP

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超分子 #1: Alpha-synuclein amyloid fibrils incubated with a helix V mutant o...

超分子名称: Alpha-synuclein amyloid fibrils incubated with a helix V mutant of DNAJB1, HSC70, HSP110 and ATP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPESHEPES
50.0 mMKClPotassium chloride
5.0 mMMgClMagnesium chloride
5.0 mMATPAdenosine triphosphate
2.0 mMDTTDL-1,4-Dithiothreitol
6.0 mMPEPPhosphoenolpyruvate
20.0 ng/uLpyruvate kinase
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: EMS / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 116.0 e/Å2
詳細: Note: the original pixel size for the tomogram recording was 1.94 A/pixel. This was subsequently rounded to 1.9 A/pixel and the 2x binned tomogram deposited here is listed as 3.8 A/pixel.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Note: the original tomogram was recorded at 1.94 A/pixel, but this was rounded to 1.9 A/pixel, so the 2x binned tomogram provided here is at 3.8 A/pixel
最終 再構成ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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