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- EMDB-19439: Composite map of bacteriophage JBD30 capsid - neck complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19439
タイトルComposite map of bacteriophage JBD30 capsid - neck complex
マップデータComposite map of bacteriophage JBD30 capsid-neck complex
試料
  • ウイルス: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Mu-like prophage FluMu N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Stopper protein
    • タンパク質・ペプチド: Virion structural protein
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: DUF1320 domain-containing protein
キーワードbacteriophage JBD30 / virion / capsid / connector / neck / portal / adaptor / stopper / tail / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Phage tail terminator protein / Protein of unknown function UCP028589 / Bacteriophage Mu, Gene product J / Bacteriophage Mu, Gp36 / Bacteriophage Mu, GpT / Mu-like prophage major head subunit gpT / Protein of unknown function DUF935 / Portal protein of Mu bacteriophage
類似検索 - ドメイン・相同性
Portal protein / Uncharacterized protein / Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein / Mu-like prophage FluMu N-terminal domain-containing protein / Virion structural protein / DUF1320 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Valentova L / Fuzik T / Plevka P
資金援助 チェコ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLX22NPO5103 チェコ
European Research Council (ERC)101043452European Union
引用
ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: Structure and replication of Pseudomonas aeruginosa phage JBD30.
著者: Lucie Valentová / Tibor Füzik / Jiří Nováček / Zuzana Hlavenková / Jakub Pospíšil / Pavel Plevka /
要旨: Bacteriophages are the most abundant biological entities on Earth, but our understanding of many aspects of their lifecycles is still incomplete. Here, we have structurally analysed the infection ...Bacteriophages are the most abundant biological entities on Earth, but our understanding of many aspects of their lifecycles is still incomplete. Here, we have structurally analysed the infection cycle of the siphophage Casadabanvirus JBD30. Using its baseplate, JBD30 attaches to Pseudomonas aeruginosa via the bacterial type IV pilus, whose subsequent retraction brings the phage to the bacterial cell surface. Cryo-electron microscopy structures of the baseplate-pilus complex show that the tripod of baseplate receptor-binding proteins attaches to the outer bacterial membrane. The tripod and baseplate then open to release three copies of the tape-measure protein, an event that is followed by DNA ejection. JBD30 major capsid proteins assemble into procapsids, which expand by 7% in diameter upon filling with phage dsDNA. The DNA-filled heads are finally joined with 180-nm-long tails, which bend easily because flexible loops mediate contacts between the successive discs of major tail proteins. It is likely that the structural features and replication mechanisms described here are conserved among siphophages that utilize the type IV pili for initial cell attachment.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Structure and replication of Pseudomonas aeruginosa phage JBD30
著者: Valentova L / Plevka P / Fuzik T / Novacek J / Pospisil J
履歴
登録2024年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19439.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of bacteriophage JBD30 capsid-neck complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 840 pix.
= 873.6 Å		1.04 Å/pix.
x 840 pix.
= 873.6 Å		1.04 Å/pix.
x 840 pix.
= 873.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.0126868775 - 0.04797755
平均 (標準偏差)0.00054501626 (±0.0022112497)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ840840840
Spacing840840840
セルA=B=C: 873.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas phage JBD30

全体名称: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Mu-like prophage FluMu N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Stopper protein
    • タンパク質・ペプチド: Virion structural protein
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: DUF1320 domain-containing protein

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超分子 #1: Pseudomonas phage JBD30

超分子名称: Pseudomonas phage JBD30 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Phage JBD30 was propagated in P. aeruginosa strain BAA-28 and purified using CsCl gradient.
NCBI-ID: 1223260 / 生物種: Pseudomonas phage JBD30 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: BAA-28
分子量理論値: 20.19 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: JBD30 capsid / 直径: 640.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: Mu-like prophage FluMu N-terminal domain-containing protein

分子名称: Mu-like prophage FluMu N-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Minor capsid protein gp39 / コピー数: 420 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
分子量理論値: 12.112113 KDa
配列文字列:
MARQNSAAKT TAKSKTDPAT EKPKDDTLPD STDDASPTAP ETPATKPDSA SDEVEGVFVR ATVERRCRAG FCFDKEGQGF ADGVLSDEQ LEALESDPLL KVERCTFSGN QEGE

UniProtKB: Mu-like prophage FluMu N-terminal domain-containing protein

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分子 #2: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein

分子名称: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: major capsid protein gp38 / コピー数: 415 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
分子量理論値: 33.69498 KDa
配列文字列: MAIITPALIS ALKTSFQKHF QDALATAPST YLQVATVIPS TTASNTYGWL GQFPKLREWI GQRVIKDMAA QGYQITNKLF ESTVGVKRT DIEDDNLGVY GPLMQEMGRA AGAHPDELVF ALLKAGNANL CYDGQNFFDT DHPVYPNVDG TGTATTVSNL F APAADPGA ...文字列:
MAIITPALIS ALKTSFQKHF QDALATAPST YLQVATVIPS TTASNTYGWL GQFPKLREWI GQRVIKDMAA QGYQITNKLF ESTVGVKRT DIEDDNLGVY GPLMQEMGRA AGAHPDELVF ALLKAGNANL CYDGQNFFDT DHPVYPNVDG TGTATTVSNL F APAADPGA AWYLLDTSRS LKPLIYQERM KPSFTSMTKE DDEQVFMADE YRYGVRSRCN VGFGFWQLAA MSTEELNQVN FE KVYDAMR NQKADGGRPL DIRPNLLVVP TTLRSKAKEV VGVQRLANGA DNPNFELVQV LDTAWLN

UniProtKB: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein

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分子 #3: Stopper protein

分子名称: Stopper protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: stopper protein gp42 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
分子量理論値: 16.990168 KDa
配列文字列:
MSDPFDYLFL EPLLIERIRS EVPGLAIVSG VPDLATLSEQ DQPAPSAYVV YLGDETGTGA DHQGGQRAIQ TVGQQWAVVL VVHYADSSN SGEGARREAG PLLGRLVKAL TGWAPAIDVA PLARSARQSP ATYASGYLYF PLVFTARFVY PRIKSWKP

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #4: Virion structural protein

分子名称: Virion structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: major tail protein gp44 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
分子量理論値: 26.983729 KDa
配列文字列: MAQETYFYGQ GEIDAAPIVN GVLGKWRWIQ DVSAMSIQLA VEKVEHKESY SGQKALVRSF PIGKTATVNI TLHSIGPDNL ALTLYGKVV AKAAGSVTGE VLPADLVAGD VIRLANFGVS ELVITDSASS PAPLDPQYYA LRADGAYGEV QLLGLPTPAP T QPFKAAYE ...文字列:
MAQETYFYGQ GEIDAAPIVN GVLGKWRWIQ DVSAMSIQLA VEKVEHKESY SGQKALVRSF PIGKTATVNI TLHSIGPDNL ALTLYGKVV AKAAGSVTGE VLPADLVAGD VIRLANFGVS ELVITDSASS PAPLDPQYYA LRADGAYGEV QLLGLPTPAP T QPFKAAYE YAATKQVGMF TAPQPTVALR YKGINLAEGG APVIVELYKV ATDPLQELAL ISDGNTVAGM QISGGILLDT SK PDTGDLG RFGRIIQLG

UniProtKB: Virion structural protein

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分子 #5: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: portal protein gp32 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
分子量理論値: 57.791332 KDa
配列文字列: MAQIVDVYGN PIRTQQLREP QTSRLAGLAK EFAQHPAKGL TPAKLARILV EAEQGNLQAQ AELFMDMEER DAHLFAEMSK RKRAILGLD WAVEPPRNAS AAEKADADYL HELLLDLEGL EDLLLDALDG IGHGYSCIEL EWALQGREWM PLAFHHRPQS W FQLNPEDQ ...文字列:
MAQIVDVYGN PIRTQQLREP QTSRLAGLAK EFAQHPAKGL TPAKLARILV EAEQGNLQAQ AELFMDMEER DAHLFAEMSK RKRAILGLD WAVEPPRNAS AAEKADADYL HELLLDLEGL EDLLLDALDG IGHGYSCIEL EWALQGREWM PLAFHHRPQS W FQLNPEDQ NELRLRDNSP AGEALQPFGW IIHRPRARSG YVARSGLFRV LAWPYLFRHY ATSDLAEMLE IYGLPIRLGK YP PGTADEE KATLLRAVTG LGHAAAGIIP ETMAIDFQQA AQGSSDPFLA MMRQSEDAIS KAVLGGTLTS TTSQSGGGAF ALG QVHNEV RHDLLASDAR QLAATLSRDL LWPLLVLNRP GSPDVRRAPR LVFDLREQAD ITSMAQSIPA LVNVGLEIPS AWVY DKLGI PQPAKNEPVL RSAAQPAILS RQHGQRVAAL ATIVGPRYGD QQALDKALAS LPAKDMQDQV NDLLAPLLEA VNRGD SETE LLGALAEAFP DMDDSALTDA LHRLLFAADT WGRLHGNLDR ID

UniProtKB: Portal protein

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分子 #6: DUF1320 domain-containing protein

分子名称: DUF1320 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: adaptor protein gp41 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
分子量理論値: 15.155176 KDa
配列文字列:
MSYCTLADLI EQYSEQKIRE VSDRVNKPAT TIDTVIVDRA IADADSEIDL HLHGRYQLPL ASVPTALKRI ACGLAYANLH IVLKEENPV YKTAEHLRKL LSGIANGKLS LALDADGKPA PVANTVQISE GRNDWGADW

UniProtKB: DUF1320 domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMMgSO4magnesium sulphate
50.0 mMTris-HClTris hydrochloride

詳細: 10 mM MgSO4, 10 mM NaCl, 50 mM Tris pH 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus II
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細phage titer 10^11 PFU

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-25 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11300 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 13129
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Stochastic gradient descent
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 2913
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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