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万見
- EMDB-19401: FAdV-C4 AG234 Aviadenovirus structure, strain KR5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19401
タイトルFAdV-C4 AG234 Aviadenovirus structure, strain KR5
マップデータ
試料
  • ウイルス: Fowl aviadenovirus C (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: PIIIa
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
キーワードadenovirus / fowl / highly thermostable / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral capsid / host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain ...Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
PIIIa / Penton protein / Hexon protein / Pre-hexon-linking protein VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Fowl aviadenovirus C (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Perez-Illana MP / Schachnner A / Condezo GN / Hernando-Perez M / Martinez M / Marabini R / Hess M / San Martin C
資金援助2件
OrganizationGrant number国
Other privateLa Caixa Foundation (ID 100010434),La Caixa Foundation (ID 100010434),LCF/BQ/SO16/52270032)
Other governmentco-funded by the Spanish State Research Agency and the European Regional Development Fund, PID2022-136456NB-I00/ AEI/10.13039/501100011033/FEDER,UE
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: FAdV-C4 AG234 Aviadenovirus structure, strain KR5
著者: Perez-Illana MP / Schachnner A / Condezo GN / Hernando-Perez M / Martinez M / Marabini R / Hess M / San Martin C
履歴
登録2024年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19401.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 758 pix.
= 1042.25 Å		1.38 Å/pix.
x 758 pix.
= 1042.25 Å		1.38 Å/pix.
x 758 pix.
= 1042.25 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.10500151 - 0.16781294
平均 (標準偏差)0.0008913822 (±0.015192559)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-379-379-379
サイズ758758758
Spacing758758758
セルA=B=C: 1042.25 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19401_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19401_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Fowl aviadenovirus C

全体名称: Fowl aviadenovirus C (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Fowl aviadenovirus C (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: PIIIa
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII

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超分子 #1: Fowl aviadenovirus C

超分子名称: Fowl aviadenovirus C / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 190063 / 生物種: Fowl aviadenovirus C / Sci species strain: KR5 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

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分子 #1: Hexon protein

分子名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fowl aviadenovirus C (ウイルス)
分子量理論値: 106.129789 KDa
配列文字列: MAALTPDLTT ATPRLQYFHI AGPGTREYLS EDLQQFISAT GSYFDLKNKF RQTVVAPTRN VTTEKAQRLQ IRFYPIQTDD TSTGYRVRY NINVGDGWVL DMGSTYFDIK GILDRGPSFK PYCGTAYNPL APKESMFNNW SETAPGQNVS ASGQLSNVYT N TSTTKDTT ...文字列:
MAALTPDLTT ATPRLQYFHI AGPGTREYLS EDLQQFISAT GSYFDLKNKF RQTVVAPTRN VTTEKAQRLQ IRFYPIQTDD TSTGYRVRY NINVGDGWVL DMGSTYFDIK GILDRGPSFK PYCGTAYNPL APKESMFNNW SETAPGQNVS ASGQLSNVYT N TSTTKDTT AAQVTKISGV FPNPNQGPGI NPLRQVENAN TGVLGRFAKS QYNYAYGAYV KPVAADGSQS LTQTPYWIMN NA GTEYLGA VAVEDYTNSL SYPDTMIVPP PEDYDDYNIG TTRALRPNYI GFRDNFINLL YHDSGVCSGT LNSERSGMNV VVE LPDRNT ELSYQYMLAD MMSRHHYFAL WNQAVDQYDP EVRVFSNDGY EEGAPSYAFN PEAVGAGEGY GPDLSQIKLY TNNT AANDK NTAVTNATTN FYFGTVPSYE IDISATQRRN FIMANIAEYL PDRYKFSISG FDATSVAPTT YEYMNKRVPL TNVVD MFTN VGARWSIDQM DNVNPFNHHR NWGLKYRSQL LGNSRYVNFH IQVPQKFFAI KNLLLLSGSY TYEWVLRKDP NMILQS SLG NDLRADGASI IYNEVNLMAN FMPMDHNTSN QLELMLRNAT NDQTFVDYLG AKNALYSVPA GSTALTINIP ARTWEGM RG WSFTRIKAAE TPQLGAQYDV NFKYSGSIAY SDGGFYLSHT FRNMSILFDT SINWPGNDRL LTPNMFEIKR SVALDTEG F TMSQCDITKD WYLIQMATNY NFVYNGYRFW PDRQYFHYDF LRNFDPMTRQ GPNFALPGLF DLVSYTPTTD NSGEQPSQE AVRNNSGFIA PRSWPVWSAH QGESWPANWP YPLCGQQAIQ PGQVLSYKKF LCDNYLWTIP FSSDFMYMGE LTDLGQNPMY TNNSHSMVI NFELDPMDDP TYVYMLYGVF DTVRVNQPER NVLAMAYFRT PFATGNAV

UniProtKB: Hexon protein

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分子 #2: Penton protein

分子名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fowl aviadenovirus C (ウイルス)
分子量理論値: 57.448238 KDa
配列文字列: MWGLQPPTSI PPPPPPTELT PSTYPAMVNG YPPPAASAQS CSSSGGQSEL YMPLQRVMAP TGGRNSIKYR DYTPCRNTTK LFYVDNKAS DIDTYNKDAN HSNFRTTVIH NQDLDADTAA TESIQLDNRS CWGGDLKTAV RTNCPNVSSF FQSNSVRVRM M WKRDPPTS ...文字列:
MWGLQPPTSI PPPPPPTELT PSTYPAMVNG YPPPAASAQS CSSSGGQSEL YMPLQRVMAP TGGRNSIKYR DYTPCRNTTK LFYVDNKAS DIDTYNKDAN HSNFRTTVIH NQDLDADTAA TESIQLDNRS CWGGDLKTAV RTNCPNVSSF FQSNSVRVRM M WKRDPPTS TAPPSAVGSG YSVPGAQYKW YDLTVPEGNY ALCELIDLLN EGIVQLYLSE GRQNNVQKSD IGVKFDTRNF GL LRDPVTG LVTPGTYVYK GYHPDIVLLP GCAIDFTYSR LSLLLGIGKR EPYSKGFVIT YEDLQGGDIP ALLDLDSVDV NDA DGEVIE LDNAAPLLHD SAGVSYNVIY DQVTGKPVTA YRSWMLAYNV PNSQANQTTL LTVPDMAGGI GAMYTSLPDT FIAP TGFKE DNTTNLCPVV GMNLFPTYNK IYYQAASTYV QRLENSCQSA TAAFNRFPEN EILKQAPPMN VSSVCDNQPA VVQQG VLPV KSSLPGLQRV LITDDQRRPI PYVYKSIATV QPTVLSSATL Q

UniProtKB: Penton protein

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分子 #3: PIIIa

分子名称: PIIIa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fowl aviadenovirus C (ウイルス)
分子量理論値: 65.326297 KDa
配列文字列: MSSTEVFGAL APVGRTEVAD ALSSHANSKD ARSLRYEPYA NRLIKLQTAM VPPKVDGTSE RVAEVVKGLA EQGAIYPDQM GAIHSDLLN RVYTWNSMGV QESIQALVND VIHGQNKVLQ DELARTREIA NASMLTRFFD SLYKTVDRGQ RNFEGFKKLL R LFVNNVPN ...文字列:
MSSTEVFGAL APVGRTEVAD ALSSHANSKD ARSLRYEPYA NRLIKLQTAM VPPKVDGTSE RVAEVVKGLA EQGAIYPDQM GAIHSDLLN RVYTWNSMGV QESIQALVND VIHGQNKVLQ DELARTREIA NASMLTRFFD SLYKTVDRGQ RNFEGFKKLL R LFVNNVPN AEVYSSGGSF SLQINMGGQS QNINLTNAFD NLKDIWGARW DAVNNPRIGA LLTPNTRALL FFVSTFYDYG SM EPGSYLD NLMRLYKEAI RADTDAEGDA IMELGDAGAN LNLKFNQYKD TLNYLLQNKP SVPQTGPLEM SPEQESLFKY LMR QLRRAL KDGVNSDIAI STMAQYVDPR LYTSNKVFID KLQNYLLMAS ARNPYYYKTI VLDPHWVPPA GLYTDNFVIP EMMP NFSDF ASELEYGGPS RDEYFDDSPF RPPPQKKFTE KEQADYDSLI NFFDSTLGVQ SEAGWIADHR LPQAFDGALN VSERT PYNT PLPDDAPMRS RNASVSSATD ALGQLKLSGT GGAGFFDSLK PSVGTRRSTG LAKGLAGTGQ PPCPWPASVG YASAGY GPA RGIRGSGLAR RALAARGLRQ GKRLRFY

UniProtKB: PIIIa

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分子 #4: Pre-hexon-linking protein VIII

分子名称: Pre-hexon-linking protein VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fowl aviadenovirus C (ウイルス)
分子量理論値: 26.882158 KDa
配列文字列: MNLLNAAPTP YVWKYNPVTG KCAGAQQNYG ATIDWVLPGG NSFAYAADEI RRRFPEPAVT RAITARFEAE SDQQPYAGPH ETNIITADV VRSGPPPSAV YPFDPSGVQR VQLSGGMMGG RTEGRMQLSG GLTEGRMQLA GGAAGKLPTR ARPTLRPPRW C GTTLTGNG ...文字列:
MNLLNAAPTP YVWKYNPVTG KCAGAQQNYG ATIDWVLPGG NSFAYAADEI RRRFPEPAVT RAITARFEAE SDQQPYAGPH ETNIITADV VRSGPPPSAV YPFDPSGVQR VQLSGGMMGG RTEGRMQLSG GLTEGRMQLA GGAAGKLPTR ARPTLRPPRW C GTTLTGNG LPADYPEMTP DAFKYYLRVQ GPSQEVDEPG VMSQRQFMTT FLPAMVPHPF DSESPDAFPA YFSSVYKGTN AF EPVFWQG

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein VIII

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 40.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 95890 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9466
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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