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万見
- PDB-8roq: FAdV-C4 Aviadenovirus structure, strain KR5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8roq
タイトルFAdV-C4 Aviadenovirus structure, strain KR5
要素
  • Hexon protein
  • PIIIa
  • Penton protein
  • Pre-hexon-linking protein VIII
キーワードVIRUS / adenovirus / fowl / highly thermostable
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral capsid / host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain ...Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
PIIIa / Penton protein / Hexon protein / Pre-hexon-linking protein VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Fowl aviadenovirus C (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Perez-Illana, M.P. / Schachnner, A. / Condezo, G.N. / Hernando-Perez, M. / Martinez, M. / Marabini, R. / Hess, M. / San Martin, C.
資金援助2件
組織認可番号国
Other privateLa Caixa Foundation (ID 100010434),La Caixa Foundation (ID 100010434),LCF/BQ/SO16/52270032)
Other governmentco-funded by the Spanish State Research Agency and the European Regional Development Fund, PID2022-136456NB-I00/ AEI/10.13039/501100011033/FEDER,UE
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: FAdV-C4 AG234 Aviadenovirus structure, strain KR5
著者: Perez-Illana, M.P. / Schachnner, A. / Condezo, G.N. / Hernando-Perez, M. / Martinez, M. / Marabini, R. / Hess, M. / San Martin, C.
履歴
登録2024年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
M: Penton protein
N: PIIIa
O: Pre-hexon-linking protein VIII
P: Pre-hexon-linking protein VIII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,450,09616
ポリマ－1,450,09616
非ポリマー00
水00
1
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
M: Penton protein
N: PIIIa
O: Pre-hexon-linking protein VIII
P: Pre-hexon-linking protein VIII
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,005,779960
ポリマ－87,005,779960
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質
Hexon protein / CP-H / Protein II


分子量: 106129.789 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fowl aviadenovirus C (ウイルス) / 参照: UniProt: H8WQV9
#2: タンパク質 Penton protein / CP-P / Penton base protein / Protein III


分子量: 57448.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fowl aviadenovirus C (ウイルス) / 参照: UniProt: F2VJH0
#3: タンパク質 PIIIa / PIIIa protein


分子量: 65326.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fowl aviadenovirus C (ウイルス) / 参照: UniProt: F2VJG9
#4: タンパク質 Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-protein VIII / pVIII


分子量: 26882.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fowl aviadenovirus C (ウイルス) / 参照: UniProt: H8WQW6
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Fowl aviadenovirus C / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Fowl aviadenovirus C (ウイルス) / 株: KR5
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Gallus gallus
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 95890 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9466 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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