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万見
- EMDB-19347: Cryo-EM structure of a Foamy Virus fusion glycoprotein stabilized... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19347
タイトルCryo-EM structure of a Foamy Virus fusion glycoprotein stabilized in the prefusion conformation
マップデータSharpened map of a stabilized Foamy Virus envelope glycoprotein ectodomain
試料
  • 複合体: Gorilla Foamy Virus Envelope glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp130
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードEnvelope / Fusion / Spumavirus / VIRUS
機能・相同性Foamy virus envelope protein / Foamy virus envelope protein / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral envelope / virion membrane / membrane / Envelope glycoprotein gp130
機能・相同性情報
生物種Spumavirus (ウイルス) / Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Fernandez I / Backovic M
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-LBX-62 IBEID フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structures of the Foamy virus fusion protein reveal an unexpected link with the F protein of paramyxo- and pneumoviruses.
著者: Ignacio Fernández / François Bontems / Delphine Brun / Youna Coquin / Casper A Goverde / Bruno E Correia / Antoine Gessain / Florence Buseyne / Felix A Rey / Marija Backovic /
要旨: Foamy viruses (FVs) constitute a subfamily of retroviruses. Their envelope (Env) glycoprotein drives the merger of viral and cellular membranes during entry into cells. The only available structures ...Foamy viruses (FVs) constitute a subfamily of retroviruses. Their envelope (Env) glycoprotein drives the merger of viral and cellular membranes during entry into cells. The only available structures of retroviral Envs are those from human and simian immunodeficiency viruses from the subfamily of orthoretroviruses, which are only distantly related to the FVs. We report the cryo-electron microscopy structures of the FV Env ectodomain in the pre- and post-fusion states, which unexpectedly demonstrate structural similarity with the fusion protein (F) of paramyxo- and pneumoviruses, implying an evolutionary link between the viral fusogens. We describe the structural features that are unique to the FV Env and propose a mechanistic model for its conformational change, highlighting how the interplay of its structural elements could drive membrane fusion and viral entry. The structural knowledge on the FV Env now provides a framework for functional investigations, which can benefit the design of FV Env variants with improved features for use as gene therapy vectors.
履歴
登録2024年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月23日-
マップ公開2024年10月23日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19347.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of a stabilized Foamy Virus envelope glycoprotein ectodomain
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 320 pix.
= 304. Å		0.95 Å/pix.
x 320 pix.
= 304. Å		0.95 Å/pix.
x 320 pix.
= 304. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0152
最小 - 最大-0.003213411 - 1.984
平均 (標準偏差)0.0018971637 (±0.031766556)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 304.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19347_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_19347_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_19347_half_map_1.map
注釈Half_map_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_19347_half_map_2.map
注釈Half_map_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Gorilla Foamy Virus Envelope glycoprotein

全体名称: Gorilla Foamy Virus Envelope glycoprotein
要素
  • 複合体: Gorilla Foamy Virus Envelope glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp130
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Gorilla Foamy Virus Envelope glycoprotein

超分子名称: Gorilla Foamy Virus Envelope glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Spumavirus (ウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp130

分子名称: Envelope glycoprotein gp130 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
分子量理論値: 101.784508 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: SRIQWNKDIQ VLGPVIDWNV TQRAVYQPLQ LRRIAAALRA QHPVPKYVEV NMTSIPQGVF YQPHPEPIIH TERVLGLSQV LMINSENVA NSANLSQETK ALLTEMVNEE MQGLSDVMID FEIPLGDPRD QEQYIHRKCY QEFAHCYLVK YKTPQPWPNE G LIADQCPL ...文字列:
SRIQWNKDIQ VLGPVIDWNV TQRAVYQPLQ LRRIAAALRA QHPVPKYVEV NMTSIPQGVF YQPHPEPIIH TERVLGLSQV LMINSENVA NSANLSQETK ALLTEMVNEE MQGLSDVMID FEIPLGDPRD QEQYIHRKCY QEFAHCYLVK YKTPQPWPNE G LIADQCPL PGLADVSFYP YQAIWDYYAK IENIRPANWT SSKLYGKARM GSYYIPKRLR NINNTHILFC SDVLYSKWYN LQ NSILQNE NELTKRLSNL TIGNKLKNRA LPYEWAKGGL NRLFRNISVL DVCSRPEMVL LLNKTYYTFS LWEGDCNITR YNV NETVPE CKDFPHRRFN DHPYSCRLWR YREGKEEVKC LTSDHTRCLY YPEYSNPEAL FDFGFLSYMR NFPGPQCIES TSIR QQDYE VYSIYQECKL ASKTYGIDSV LFSLKNFLNY TGKPVNEMPN ARAFVGLIDP KFPPTYPNIT RDQYQGCNIN QGGGG SGGG GSEVNNNYSK LRSMGYALTG AVQTLAQISD INDQNLQQGI YLLRDHIVTL MEATLHDISI MPGMFAVQHV HTHLNH LRT MLMERRIDWT YMSSSWLQTQ LQKSDDEMKV IKRTARSLVY YVKQTYNSLT ATAWEIGLYY ELIIPRHIYL NNWQIVN IG HLIKSAGQLT HVTLSHPYEI INRECSNTLY LHLEECRRLD YVICDVVKIV QPCGNSSDSS DCPVWAEPVK EPHVQISP L KNGSYLVLAS STDCQIPPYV PSVVTVNETT QCFGVTFKKP LVAEEKTSLE PQLPHLQLRL PHLVGIIAKI KGIKIEVTS SGESIKDQLE RAKAELLRLD IHESAIGGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVLL STFLGDDDDK AGWSHPQFEK GGGSGGGSGG GSWSHPQFE K

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp130, Envelope glycoprotein gp130

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 詳細: Performed twice
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab-initio generated model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15471
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8rm0:
Cryo-EM structure of a Foamy Virus fusion glycoprotein stabilized in the prefusion conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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