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- EMDB-1931: Map of the apoptosome-procaspase-9 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1931
タイトルMap of the apoptosome-procaspase-9 complex
マップデータMap of the apoptosome-procaspase-9 complex
試料
  • 試料: Human apoptosome-procaspase-9 complex
  • タンパク質・ペプチド: Apaf-1
  • タンパク質・ペプチド: Procaspase-9
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c
キーワードapoptosome / Apaf-1 / procaspase-9 activation
機能・相同性Apoptotic protease-activating factor 1
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.9 Å
データ登録者Yuan S / Ludtke SJ / Akey CW
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The holo-apoptosome: activation of procaspase-9 and interactions with caspase-3.
著者: Shujun Yuan / Xinchao Yu / John M Asara / John E Heuser / Steven J Ludtke / Christopher W Akey /
要旨: Activation of procaspase-9 on the apoptosome is a pivotal step in the intrinsic cell death pathway. We now provide further evidence that caspase recruitment domains of pc-9 and Apaf-1 form a CARD- ...Activation of procaspase-9 on the apoptosome is a pivotal step in the intrinsic cell death pathway. We now provide further evidence that caspase recruitment domains of pc-9 and Apaf-1 form a CARD-CARD disk that is flexibly tethered to the apoptosome. In addition, a 3D reconstruction of the pc-9 apoptosome was calculated without symmetry restraints. In this structure, p20 and p10 catalytic domains of a single pc-9 interact with nucleotide binding domains of adjacent Apaf-1 subunits. Together, disk assembly and pc-9 binding create an asymmetric proteolysis machine. We also show that CARD-p20 and p20-p10 linkers play important roles in pc-9 activation. Based on the data, we propose a proximity-induced association model for pc-9 activation on the apoptosome. We also show that pc-9 and caspase-3 have overlapping binding sites on the central hub. These binding sites may play a role in pc-3 activation and could allow the formation of hybrid apoptosomes with pc-9 and caspase-3 proteolytic activities.
履歴
登録2011年7月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年3月15日-
マップ公開2012年3月15日-
更新2012年3月15日-
現状2012年3月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_1931.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1931.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the apoptosome-procaspase-9 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.9 Å/pix.
x 192 pix.
= 556.8 Å		2.9 Å/pix.
x 192 pix.
= 556.8 Å		2.9 Å/pix.
x 192 pix.
= 556.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-0.67261672 - 2.2649889
平均 (標準偏差)0.01628205 (±0.14226763)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 556.80005 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.92.92.9
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z556.800556.800556.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.6732.2650.016

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human apoptosome-procaspase-9 complex

全体名称: Human apoptosome-procaspase-9 complex
要素
  • 試料: Human apoptosome-procaspase-9 complex
  • タンパク質・ペプチド: Apaf-1
  • タンパク質・ペプチド: Procaspase-9
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c

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超分子 #1000: Human apoptosome-procaspase-9 complex

超分子名称: Human apoptosome-procaspase-9 complex / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: A slight excess of procaspase-9 was added to ensure saturation of binding to sites on the apoptosome.
集合状態: 5-7 procaspase-9 molecules bound to the human apoptosome comprised of 7 Apaf-1 subunits
Number unique components: 3
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: Apaf-1

分子名称: Apaf-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Apaf-1
詳細: Apaf-1, cytochrome c and procaspase-9 were co-assembled in the presence of dATP to form the apoptosome-procaspase-9 complex
コピー数: 7 / 集合状態: Heptamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytosol
分子量理論値: 130 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFastBac1
配列InterPro: Apoptotic protease-activating factor 1

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分子 #2: Procaspase-9

分子名称: Procaspase-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Procaspase-9 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytosol
分子量理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET21

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分子 #3: Cytochrome c

分子名称: Cytochrome c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Cytochrome c / コピー数: 7 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow / 組織: heart / 細胞中の位置: Mitochondria
分子量理論値: 10 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES, 10 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM EDTA, 1 mM EGTA, 1 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil holey grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot Mark 3 (FEI) / 手法: Blot for 2-3 seconds before plunging at 20C

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 96 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification
詳細4k x 4k ccd used
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS / 実像数: 447 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 29000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Apaf-1 was co-assembled with bovine cytochrome c and pc-9
CTF補正詳細: Each image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2
詳細: 3D volume was calculated without imposing any symmetry (c1)
使用した粒子像数: 20000
最終 2次元分類クラス数: 1000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3iza
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: chimera
詳細Protocol: rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1jxq


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: chimera
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: rigid body. final fit was done manually taking into account the orientation of the p20-p10 loop.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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