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- EMDB-19285: Procapsid of bacteriophage JBD30 computed in I4 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19285
タイトルProcapsid of bacteriophage JBD30 computed in I4 symmetry
マップデータ
試料
  • ウイルス: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein
キーワードbacteriophage / virion / procapsid / VIRUS
機能・相同性Bacteriophage Mu, GpT / Mu-like prophage major head subunit gpT / Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.01 Å
データ登録者Valentova L / Fuzik T / Plevka P
資金援助European Union, チェコ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101043452European Union
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLX22NPO5103 チェコ
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Structure and replication of Pseudomonas aeruginosa phage JBD30
著者: Valentova L / Plevka P / Fuzik T / Novacek J / Pospisil J
履歴
登録2023年12月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2024年8月14日-
現状2024年8月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19285.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19285.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.057 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0025
最小 - 最大-0.0064369454 - 0.011799221
平均 (標準偏差)0.00008998974 (±0.0006135618)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-360-360-360
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 761.04004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19285_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas phage JBD30

全体名称: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein

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超分子 #1: Pseudomonas phage JBD30

超分子名称: Pseudomonas phage JBD30 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Phage JBD30 was propagated in P. aeruginosa strain BAA-28 and purified using CsCl gradient.
NCBI-ID: 1223260 / 生物種: Pseudomonas phage JBD30 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: BAA-28
分子量理論値: 13.971 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: JBD30 procapsid / 直径: 570.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein

分子名称: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
分子量理論値: 33.492707 KDa
配列文字列: IITPALISAL KTSFQKHFQD ALATAPSTYL QVATVIPSTT ASNTYGWLGQ FPKLREWIGQ RVIKDMAAQG YQITNKLFES TVGVKRTDI EDDNLGVYGP LMQEMGRAAG AHPDELVFAL LKAGNANLCY DGQNFFDTDH PVYPNVDGTG TATTVSNLFA P AADPGAAW ...文字列:
IITPALISAL KTSFQKHFQD ALATAPSTYL QVATVIPSTT ASNTYGWLGQ FPKLREWIGQ RVIKDMAAQG YQITNKLFES TVGVKRTDI EDDNLGVYGP LMQEMGRAAG AHPDELVFAL LKAGNANLCY DGQNFFDTDH PVYPNVDGTG TATTVSNLFA P AADPGAAW YLLDTSRSLK PLIYQERMKP SFTSMTKEDD EQVFMADEYR YGVRSRCNVG FGFWQLAAMS TEELNQVNFE KV YDAMRNQ KADGGRPLDI RPNLLVVPTT LRSKAKEVVG VQRLANGADN PNFELVQVLD TAWLN

UniProtKB: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMMgSO4magnesium sulphate
50.0 mMTris-HClTris hydrochloride

詳細: 10 mM MgSO4, 10 mM NaCl, 50 mM Tris pH 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus II
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blotting force 0, blotting time 2 s, waiting time 15 s.
詳細phage titer 10^11 PFU

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13769 / 平均露光時間: 7.5 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 783
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Stochastic gradient descent
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 404
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細de novo model building
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8rkx:
Procapsid of bacteriophage JBD30 computed in I4 symmetry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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