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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Procapsid of bacteriophage JBD30 computed in I4 symmetry | |||||||||
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![]() | bacteriophage / virion / procapsid / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Bacteriophage Mu, GpT / Mu-like prophage major head subunit gpT / Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.01 Å | |||||||||
![]() | Valentova L / Fuzik T / Plevka P | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and replication of Pseudomonas aeruginosa phage JBD30 著者: Valentova L / Plevka P / Fuzik T / Novacek J / Pospisil J | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.3 GB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 25.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 257 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 1.4 GB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 1.1 GB 1.1 GB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8rkxMC ![]() 19256 ![]() 19257 ![]() 19258 ![]() 19259 ![]() 19260 ![]() 19261 ![]() 19262 ![]() 19263 ![]() 19264 ![]() 19265 ![]() 19266 ![]() 19267 ![]() 19268 ![]() 19269 ![]() 19270 ![]() 19271 ![]() 19272 ![]() 19273 ![]() 19274 ![]() 19280 ![]() 19281 ![]() 19439 ![]() 19561 ![]() 8rk3C ![]() 8rk4C ![]() 8rk5C ![]() 8rk6C ![]() 8rk7C ![]() 8rk8C ![]() 8rk9C ![]() 8rkaC ![]() 8rkbC ![]() 8rkcC ![]() 8rknC ![]() 8rkoC ![]() 8rqeC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.057 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Pseudomonas phage JBD30
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Pseudomonas phage JBD30
超分子 | 名称: Pseudomonas phage JBD30 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Phage JBD30 was propagated in P. aeruginosa strain BAA-28 and purified using CsCl gradient. NCBI-ID: 1223260 / 生物種: Pseudomonas phage JBD30 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.971 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: JBD30 procapsid / 直径: 570.0 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-分子 #1: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein
分子 | 名称: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 33.492707 KDa |
配列 | 文字列: IITPALISAL KTSFQKHFQD ALATAPSTYL QVATVIPSTT ASNTYGWLGQ FPKLREWIGQ RVIKDMAAQG YQITNKLFES TVGVKRTDI EDDNLGVYGP LMQEMGRAAG AHPDELVFAL LKAGNANLCY DGQNFFDTDH PVYPNVDGTG TATTVSNLFA P AADPGAAW ...文字列: IITPALISAL KTSFQKHFQD ALATAPSTYL QVATVIPSTT ASNTYGWLGQ FPKLREWIGQ RVIKDMAAQG YQITNKLFES TVGVKRTDI EDDNLGVYGP LMQEMGRAAG AHPDELVFAL LKAGNANLCY DGQNFFDTDH PVYPNVDGTG TATTVSNLFA P AADPGAAW YLLDTSRSLK PLIYQERMKP SFTSMTKEDD EQVFMADEYR YGVRSRCNVG FGFWQLAAMS TEELNQVNFE KV YDAMRNQ KADGGRPLDI RPNLLVVPTT LRSKAKEVVG VQRLANGADN PNFELVQVLD TAWLN UniProtKB: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 10 mM MgSO4, 10 mM NaCl, 50 mM Tris pH 8 | ||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus II | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blotting force 0, blotting time 2 s, waiting time 15 s. | ||||||||||||
詳細 | phage titer 10^11 PFU |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13769 / 平均露光時間: 7.5 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | de novo model building |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | ![]() PDB-8rkx: |