[日本語] English
万見
- EMDB-19277: Cryo-EM of tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3 (cleav... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19277
タイトルCryo-EM of tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3 (cleaved xZP2-N2N3) (C2)
マップデータSharpened cryo-EM map of tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3 (cleaved xZP2-N2N3) (C2)
試料
  • 複合体: Tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3 (cleaved xZP2-N2N3)
    • タンパク質・ペプチド: Zona pellucida sperm-binding protein 2 (ZP2) / gp69/64
キーワードCell adhesion / fertilization / egg-sperm interaction / gamete recognition / sperm receptor / extracellular matrix / egg coat / zona pellucida / glycoprotein / N-glycan / structural protein / ZP-N domain / block to polyspermy / post-fertilization cleavage / ovastacin
機能・相同性: / Zona pellucida, ZP-C domain / Zona pellucida-like domain / Zona pellucida (ZP) domain / ZP domain profile. / Zona pellucida domain / membrane / Vitelline envelope 69/64 kDa glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Wiseman B / Nishio S / Jovine L
資金援助 スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2016-03999 スウェーデン
Swedish Research Council2020-04936 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0042 スウェーデン
引用ジャーナル: Int J Dev Biol / 年: 2008
タイトル: Anuran and pig egg zona pellucida glycoproteins in fertilization and early development.
著者: Jerry L Hedrick /
要旨: The envelope surrounding the eggs of all animals has many biological functions in fertilization and development. This review focuses on the anuran egg envelope in terms of its biochemistry, ...The envelope surrounding the eggs of all animals has many biological functions in fertilization and development. This review focuses on the anuran egg envelope in terms of its biochemistry, biophysics, structural biology and function in sperm-egg interactions and early development (embryo hatching). Egg envelopes from Xenopus laevis are among the most studied of the anurans, and are the central theme of this review. Comparisons of Xenopus laevis envelopes with those of other anurans and with pig egg envelopes are also included. This article presents historical as well as contemporary comparative perspectives on molecular and cellular mechanisms of sperm-egg envelope binding, block to polyspermy, envelope hardening, and hatching.
履歴
登録2023年12月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_19277.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19277.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened cryo-EM map of tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3 (cleaved xZP2-N2N3) (C2)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9459 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.48140696 - 0.7871531
平均 (標準偏差)0.00008090684 (±0.022077005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 189.18001 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: Unprocessed cryo-EM map of tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3...

ファイルemd_19277_additional_1.map
注釈Unprocessed cryo-EM map of tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3 (cleaved xZP2-N2N3) (C2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Cryo-EM half map 1 of tetrameric collagenase-cleaved Xenopus...

ファイルemd_19277_half_map_1.map
注釈Cryo-EM half map 1 of tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3 (cleaved xZP2-N2N3) (C2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Cryo-EM half map 2 of tetrameric collagenase-cleaved Xenopus...

ファイルemd_19277_half_map_2.map
注釈Cryo-EM half map 2 of tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3 (cleaved xZP2-N2N3) (C2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3 (cleaved xZP2-N2N3)

全体名称: Tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3 (cleaved xZP2-N2N3)
要素
  • 複合体: Tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3 (cleaved xZP2-N2N3)
    • タンパク質・ペプチド: Zona pellucida sperm-binding protein 2 (ZP2) / gp69/64

-
超分子 #1: Tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3 (cleaved xZP2-N2N3)

超分子名称: Tetrameric collagenase-cleaved Xenopus ZP2-N2N3 (cleaved xZP2-N2N3)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / 細胞中の位置: Egg vitelline envelope

-
分子 #1: Zona pellucida sperm-binding protein 2 (ZP2) / gp69/64

分子名称: Zona pellucida sperm-binding protein 2 (ZP2) / gp69/64
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The protein consists of two polypeptide fragments, generated by collagenase cleavage between P160 and V161, that remain covalently linked via a disulfide bond between C139 and C244
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DEPGSSVVTC TKDSMTVRIP RTLSGFDDEI PVAAPSFWDL EVKFTGQTSL LGMSEARQRG YQFSSDPYYL TVQASYSAFG LNVFNLENQR LYVADLRLVS QFGSPRISID TPMICARDSP SCNSTHATVL IPFFGGVLTG INVNSVNIQL SSYSLQQHGI TLDSRNGYRL ...文字列:
DEPGSSVVTC TKDSMTVRIP RTLSGFDDEI PVAAPSFWDL EVKFTGQTSL LGMSEARQRG YQFSSDPYYL TVQASYSAFG LNVFNLENQR LYVADLRLVS QFGSPRISID TPMICARDSP SCNSTHATVL IPFFGGVLTG INVNSVNIQL SSYSLQQHGI TLDSRNGYRL YIKRSTLKGD RNDVLVLTFI YYGKTVPMLI SLVCSGGSNL EHHHHHHHH

UniProtKB: Vitelline envelope 69/64 kDa glycoprotein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Incubate 30 seconds, blot for 3 seconds, force 0 before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1347 / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 15000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 867589
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 94899
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 86500 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る