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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19270 | |||||||||
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タイトル | Capsid of bacteriophage JBD30 decorated with minor capsid protein trimers computed in I4 symmetry | |||||||||
マップデータ | main map | |||||||||
試料 |
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キーワード | bacteriophage JBD30 / virion / capsid / minor capsid protein / major capsid protein / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Bacteriophage Mu, GpT / Mu-like prophage major head subunit gpT / Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein / Mu-like prophage FluMu N-terminal domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Valentova L / Fuzik T / Plevka P | |||||||||
資金援助 | チェコ, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2024 タイトル: Structure and replication of Pseudomonas aeruginosa phage JBD30 著者: Valentova L / Plevka P / Fuzik T / Novacek J / Pospisil J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19270.map.gz | 2.1 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19270-v30.xml emd-19270.xml | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19270_fsc.xml | 29.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19270.png | 273.2 KB | ||
マスクデータ | emd_19270_msk_1.map | 2.2 GB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19270.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_19270_half_map_1.map.gz emd_19270_half_map_2.map.gz | 1.8 GB 1.8 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19270 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19270 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rkcMC 19256 19257 19258 19259 19260 19261 19262 19263 19264 19265 19266 19267 19268 19269 19271 19272 19273 19274 19280 19281 19285 19439 19561 8rk3C 8rk4C 8rk5C 8rk6C 8rk7C 8rk8C 8rk9C 8rkaC 8rkbC 8rknC 8rkoC 8rkxC 8rqeC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19270.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | main map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19270_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pseudomonas phage JBD30
全体 | 名称: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Pseudomonas phage JBD30
超分子 | 名称: Pseudomonas phage JBD30 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Phage JBD30 was propagated in P. aeruginosa strain BAA-28 and purified using CsCl gradient. NCBI-ID: 1223260 / 生物種: Pseudomonas phage JBD30 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: BAA-28 |
分子量 | 理論値: 19.052 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: JBD30 capsid / 直径: 640.0 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-分子 #1: Mu-like prophage FluMu N-terminal domain-containing protein
分子 | 名称: Mu-like prophage FluMu N-terminal domain-containing protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 12.112113 KDa |
配列 | 文字列: MARQNSAAKT TAKSKTDPAT EKPKDDTLPD STDDASPTAP ETPATKPDSA SDEVEGVFVR ATVERRCRAG FCFDKEGQGF ADGVLSDEQ LEALESDPLL KVERCTFSGN QEGE UniProtKB: Mu-like prophage FluMu N-terminal domain-containing protein |
-分子 #2: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein
分子 | 名称: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 33.69498 KDa |
配列 | 文字列: MAIITPALIS ALKTSFQKHF QDALATAPST YLQVATVIPS TTASNTYGWL GQFPKLREWI GQRVIKDMAA QGYQITNKLF ESTVGVKRT DIEDDNLGVY GPLMQEMGRA AGAHPDELVF ALLKAGNANL CYDGQNFFDT DHPVYPNVDG TGTATTVSNL F APAADPGA ...文字列: MAIITPALIS ALKTSFQKHF QDALATAPST YLQVATVIPS TTASNTYGWL GQFPKLREWI GQRVIKDMAA QGYQITNKLF ESTVGVKRT DIEDDNLGVY GPLMQEMGRA AGAHPDELVF ALLKAGNANL CYDGQNFFDT DHPVYPNVDG TGTATTVSNL F APAADPGA AWYLLDTSRS LKPLIYQERM KPSFTSMTKE DDEQVFMADE YRYGVRSRCN VGFGFWQLAA MSTEELNQVN FE KVYDAMR NQKADGGRPL DIRPNLLVVP TTLRSKAKEV VGVQRLANGA DNPNFELVQV LDTAWLN UniProtKB: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 10 mM MgSO4, 10 mM NaCl, 50 mM Tris pH 8 | ||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus II | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | phage titer 10^11 PFU |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-25 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11300 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-8rkc: |