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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the 55LCC ATPase complex | ||||||||||||
![]() | Sharpened lid and ATPase composite map (after local refinement) | ||||||||||||
![]() |
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![]() | DNA replication / AAA+ ATPases / proteostasis / DNA BINDING PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() preribosome binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / ribosomal large subunit biogenesis / brain development / spindle / spermatogenesis / DNA replication / cell differentiation / cell cycle / cell division ...preribosome binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / ribosomal large subunit biogenesis / brain development / spindle / spermatogenesis / DNA replication / cell differentiation / cell cycle / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||||||||
![]() | Foglizzo M / Degtjarik O / Zeqiraj E | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The SPATA5-SPATA5L1 ATPase complex directs replisome proteostasis to ensure genome integrity. 著者: Vidhya Krishnamoorthy / Martina Foglizzo / Robert L Dilley / Angela Wu / Arindam Datta / Parul Dutta / Lisa J Campbell / Oksana Degtjarik / Laura J Musgrove / Antonio N Calabrese / Elton ...著者: Vidhya Krishnamoorthy / Martina Foglizzo / Robert L Dilley / Angela Wu / Arindam Datta / Parul Dutta / Lisa J Campbell / Oksana Degtjarik / Laura J Musgrove / Antonio N Calabrese / Elton Zeqiraj / Roger A Greenberg / ![]() ![]() 要旨: Ubiquitin-dependent unfolding of the CMG helicase by VCP/p97 is required to terminate DNA replication. Other replisome components are not processed in the same fashion, suggesting that additional ...Ubiquitin-dependent unfolding of the CMG helicase by VCP/p97 is required to terminate DNA replication. Other replisome components are not processed in the same fashion, suggesting that additional mechanisms underlie replication protein turnover. Here, we identify replisome factor interactions with a protein complex composed of AAA+ ATPases SPATA5-SPATA5L1 together with heterodimeric partners C1orf109-CINP (55LCC). An integrative structural biology approach revealed a molecular architecture of SPATA5-SPATA5L1 N-terminal domains interacting with C1orf109-CINP to form a funnel-like structure above a cylindrically shaped ATPase motor. Deficiency in the 55LCC complex elicited ubiquitin-independent proteotoxicity, replication stress, and severe chromosome instability. 55LCC showed ATPase activity that was specifically enhanced by replication fork DNA and was coupled to cysteine protease-dependent cleavage of replisome substrates in response to replication fork damage. These findings define 55LCC-mediated proteostasis as critical for replication fork progression and genome stability and provide a rationale for pathogenic variants seen in associated human neurodevelopmental disorders. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 196.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 33.4 KB 33.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 122.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 209.3 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 8.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 100.7 MB 102 MB 197.1 MB 100.4 MB 194.1 MB 194.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8rhnMC ![]() 8cihC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened lid and ATPase composite map (after local refinement) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.74 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened ATPase map (after local refinement)
ファイル | emd_19177_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened ATPase map (after local refinement) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened lid map (after local refinement)
ファイル | emd_19177_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened lid map (after local refinement) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened full map (before local refinement)
ファイル | emd_19177_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened full map (before local refinement) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened full map (before local refinement)
ファイル | emd_19177_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened full map (before local refinement) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_19177_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_19177_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Structure of the 55LCC ATPase complex
全体 | 名称: Structure of the 55LCC ATPase complex |
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要素 |
|
-超分子 #1: Structure of the 55LCC ATPase complex
超分子 | 名称: Structure of the 55LCC ATPase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 649 KDa |
-分子 #1: ATPase family gene 2 protein homolog A
分子 | 名称: ATPase family gene 2 protein homolog A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-chaperonin molecular chaperone ATPase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 101.307883 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGMSS KKNRKRLNQS AENGSSLPSA ASSCAEARAP SAGSDFAATS GTLTVTNLLE KVDDKIPKT FQNSLIHLGL NTMKSANICI GRPVLLTSLN GKQEVYTAWP MAGFPGGKVG LSEMAQKNVG VRPGDAIQVQ P LVGAVLQA ...文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGMSS KKNRKRLNQS AENGSSLPSA ASSCAEARAP SAGSDFAATS GTLTVTNLLE KVDDKIPKT FQNSLIHLGL NTMKSANICI GRPVLLTSLN GKQEVYTAWP MAGFPGGKVG LSEMAQKNVG VRPGDAIQVQ P LVGAVLQA EEMDVALSDK DMEINEEELT GCILRKLDGK IVLPGNFLYC TFYGRPYKLQ VLRVKGADGM ILGGPQSDSD TD AQRMAFE QSSMETSSLE LSLQLSQLDL EDTQIPTSRS TPYKPIDDRI TNKASDVLLD VTQSPGDGSG LMLEEVTGLK CNF ESAREG NEQLTEEERL LKFSIGAKCN TDTFYFISST TRVNFTEIDK NSKEQDNQFK VTYDMIGGLS SQLKAIREII ELPL KQPEL FKSYGIPAPR GVLLYGPPGT GKTMIARAVA NEVGAYVSVI NGPEIISKFY GETEAKLRQI FAEATLRHPS IIFID ELDA LCPKREGAQN EVEKRVVASL LTLMDGIGSE VSEGQVLVLG ATNRPHALDA ALRRPGRFDK EIEIGVPNAQ DRLDIL QKL LRRVPHLLTE AELLQLANSA HGYVGADLKV LCNEAGLCAL RRILKKQPNL PDVKVAGLVK ITLKDFLQAM NDIRPSA MR EIAIDVPNVS WSDIGGLESI KLKLEQAVEW PLKHPESFIR MGIQPPKGVL LYGPPGCSKT MIAKALANES GLNFLAIK G PELMNKYVGE SERAVRETFR KARAVAPSII FFDELDALAV ERGSSLGAGN VADRVLAQLL TEMDGIEQLK DVTILAATN RPDRIDKALM RPGRIDRIIY VPLPDAATRR EIFKLQFHSM PVSNEVDLDE LILQTDAYSG AEIVAVCREA ALLALEEDIQ ANLIMKRHF TQALSTVTPR IPESLRRFYE DYQEKSGLHT L UniProtKB: ATPase family gene 2 protein homolog A |
-分子 #2: ATPase family gene 2 protein homolog B
分子 | 名称: ATPase family gene 2 protein homolog B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-chaperonin molecular chaperone ATPase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 83.362836 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKG GGSENLYFQG AGSTMAPDSD PFPEGPLLKL LPLDARDRGT QRCRLGPAAL HALGARLGSA VKISLPDGGS CLCTAWPRR DGADGFVQLD PLCASPGAAV GASRSRRSLS LNRLLLVPCP PLRRVAVWPV LRERAGAPGA RNTAAVLEAA Q ELLRNRPI ...文字列: MDYKDDDDKG GGSENLYFQG AGSTMAPDSD PFPEGPLLKL LPLDARDRGT QRCRLGPAAL HALGARLGSA VKISLPDGGS CLCTAWPRR DGADGFVQLD PLCASPGAAV GASRSRRSLS LNRLLLVPCP PLRRVAVWPV LRERAGAPGA RNTAAVLEAA Q ELLRNRPI SLGHVVVAPP GAPGLVAALH IVGGTPSPDP AGLVTPRTRV SLGGEPPSEA QPQPEVPLGG LSEAADSLRE LL RLPLRYP RALTALGLAV PRGVLLAGPP GVGKTQLVRA VAREAGAELL AVSAPALQGS RPGETEENVR RVFQRARELA SRG PSLLFL DEMDALCPQR GSRAPESRVV AQVLTLLDGA SGDREVVVVG ATNRPDALDP ALRRPGRFDR EVVIGTPTLK QRKE ILQVI TSKMPISSHV DLGLLAEMTV GYVGADLTAL CREAAMHALL HSEKNQDNPV IDEIDFLEAF KNIQPSSFRS VIGLM DIKP VDWEEIGGLE DVKLKLKQSI EWPLKFPWEF VRMGLTQPKG VLLYGPPGCA KTTLVRALAT SCHCSFVSVS GADLFS PFV GDSEKVLSQI FRQARASTPA ILFLDEIDSI LGARSASKTG CDVQERVLSV LLNELDGVGL KTIERRGSKS SQQEFQE VF NRSVMIIAAT NRPDVLDTAL LRPGRLDKII YIPPPDHKGR LSILKVCTKT MPIGPDVSLE NLAAETCFFS GADLRNLC T EAALLALQEN GLDATTVKQE HFLKSLKTVK PSLSCKDLAL YENLFKKEGF SNVEGI UniProtKB: ATPase family gene 2 protein homolog B |
-分子 #3: cDNA FLJ55172
分子 | 名称: cDNA FLJ55172 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 29.439279 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGAGSENLYF QGAGSDSLEF IASKLAGGGS TMTQDRPLLA VQEALKKCFP VVEEQQGLW QSALRDCQPL LSSLSNLAEQ LQAAQNLRFE DVPALRAFPD LKERLRRKQL VAGDIVLDKL GERLAILLKV R DMVSSHVE ...文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGAGSENLYF QGAGSDSLEF IASKLAGGGS TMTQDRPLLA VQEALKKCFP VVEEQQGLW QSALRDCQPL LSSLSNLAEQ LQAAQNLRFE DVPALRAFPD LKERLRRKQL VAGDIVLDKL GERLAILLKV R DMVSSHVE RVFQIYEQHA DTVGIDAVLQ PSAVSPSVAD MLEWLQDIER HYRKSYLKRK YLLSSIQWGD LANIQALPKA WD RISKDEH QDLVQDILLN VSFFLEE UniProtKB: cDNA FLJ55172 |
-分子 #4: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
分子 | 名称: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 27.462139 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMEAKT LGTVTPRKPV LSVSARKIKD NAADWHNLIL KWETLNDAGF TTANNIANLK ISLLNKDKI ELDSSSPASK ENEEKVCLEY NEELEKLCEE LQATLDGLTK IQVKMEKLSS TTKGICELEN YHYGEESKRP P LFHTWPTT ...文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMEAKT LGTVTPRKPV LSVSARKIKD NAADWHNLIL KWETLNDAGF TTANNIANLK ISLLNKDKI ELDSSSPASK ENEEKVCLEY NEELEKLCEE LQATLDGLTK IQVKMEKLSS TTKGICELEN YHYGEESKRP P LFHTWPTT HFYEVSHKLL EMYRKELLLK RTVAKELAHT GDPDLTLSYL SMWLHQPYVE SDSRLHLESM LLETGHRAL UniProtKB: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 3.7 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 25 mM Tris pH 7.5, 400 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol, 1 mM EGTA, 2 mM ADP, 2 mM MgCl2 and 1 mM TCEP | |||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.00038 kPa 詳細: Quantifoil R3.5/1 200-mesh grids (Quantifoil Micro Tools GmbH) were glow-discharged for 30 s at 12 mA and 0.38 mBar pressure using a PELCO easiGlow system (Ted Pella). | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force = 0 N blot time = 8 s. |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 27595 / 平均露光時間: 2.99 sec. / 平均電子線量: 37.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 127.55 |
得られたモデル | ![]() PDB-8rhn: |