EMDB-19168: Oxiplasma meridianum archaellum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-19168

タイトル

Oxiplasma meridianum archaellum

マップデータ

試料

細胞器官・細胞要素: Oxiplasma meridianum archaellum
- タンパク質・ペプチド: Oxiplasma meridianum archaellum
リガンド: beta-D-galactopyranose

キーワード

cell surface appendage / N-glycosylation / PROTEIN FIBRIL

生物種

Oxyplasma meridianum (古細菌)

手法

らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Isupov MN / Gaines M / Daum B / McLaren M

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM of Oxiplasma meridianum archaellum
著者: Isupov MN / Gaines M / Daum B / Hanus C

履歴

登録	2023年12月14日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年1月1日	-
マップ公開	2025年1月1日	-
更新	2025年1月1日	-
現状	2025年1月1日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_19168.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_19168.map.gz	50.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-19168-v30.xml emd-19168.xml	12.8 KB 12.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_19168_fsc.xml	9.8 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_19168.png	93.9 KB
Filedesc metadata	emd-19168.cif.gz	5.4 KB
その他	emd_19168_half_map_1.map.gz emd_19168_half_map_2.map.gz	94.4 MB 94.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19168 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19168	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_19168_validation.pdf.gz	857.3 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_19168_full_validation.pdf.gz	856.9 KB	表示
XML形式データ	emd_19168_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_19168_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19168 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19168	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rh5MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_19168.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.05 Å/pix. x 300 pix. = 315. Å	1.05 Å/pix. x 300 pix. = 315. Å	1.05 Å/pix. x 300 pix. = 315. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.05 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.04
最小 - 最大	-0.043801133 - 0.16378058
平均 (標準偏差)	0.0013867731 (±0.010521071)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_19168_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_19168_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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全体 : Oxiplasma meridianum archaellum

全体	名称: Oxiplasma meridianum archaellum
要素	細胞器官・細胞要素: Oxiplasma meridianum archaellum タンパク質・ペプチド: Oxiplasma meridianum archaellum リガンド: beta-D-galactopyranose

-
超分子 #1: Oxiplasma meridianum archaellum

超分子	名称: Oxiplasma meridianum archaellum / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Oxyplasma meridianum (古細菌)

-
分子 #1: Oxiplasma meridianum archaellum

分子	名称: Oxiplasma meridianum archaellum / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 33 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Oxyplasma meridianum (古細菌)
分子量	理論値: 23.887668 KDa
配列	文字列: ETGIGTLIIF IAMVLVAAVA ATVLINTAGS LQQRATSTGS QTTNQVSTGL IVQSIYGMDN NRSNPESGSL NWTAIYVTLN TGSSPVDLS NVSLSLEYQG QLASLKYTPA TTNASFAVDT NGTSNVFSVL NAGVGYKNST ATFKNVELKN VTKSTNFAIV V IRDPSNSL ...文字列: ETGIGTLIIF IAMVLVAAVA ATVLINTAGS LQQRATSTGS QTTNQVSTGL IVQSIYGMDN NRSNPESGSL NWTAIYVTLN TGSSPVDLS NVSLSLEYQG QLASLKYTPA TTNASFAVDT NGTSNVFSVL NAGVGYKNST ATFKNVELKN VTKSTNFAIV V IRDPSNSL TSSHPVLTTG SEVVILVNTS AVFGGMKQGQ AVTGQINPSV GSPGIIQFTT PSAFTETVME LQ

-
分子 #5: beta-D-galactopyranose

分子	名称: beta-D-galactopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 64 / 式: GAL
分子量	理論値: 180.156 Da
Chemical component information	ChemComp-GAL: beta-D-galactopyranose / β-D-ガラクトピラノ-ス

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構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	らせん対称体再構成法
試料の集合状態	filament

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試料調製

緩衝液	pH: 1
凍結	凍結剤: ETHANE
詳細	Oxiplasma meridianum archaellum

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電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TALOS ARCTICA
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 51.45 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.641 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 107.922 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C₁ (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1374113
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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