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万見
- EMDB-19155: Composite structure of the Dictyostelium discoideum nuclear pore ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19155
タイトルComposite structure of the Dictyostelium discoideum nuclear pore complex in cells - hyperosmotic stress
マップデータComposite structure of the Dictyostelium discoideum nuclear pore complex in cells - hyperosmotic stress
試料
  • 複合体: Nuclear pore complex
キーワードnuclear pore complex / NUCLEAR PROTEIN
生物種Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 38.0 Å
データ登録者Hoffmann PC / Kim H / Obarska-Kosinska A / Kreysing JP / Andino-Frydman E / Cruz-Leon S / Cernikova L / Kosinski J / Turonova B / Hummer G / Beck M
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 33-2021European Union
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2025
タイトル: Nuclear pore permeability and fluid flow are modulated by its dilation state.
著者: Hoffmann PC / Kim H / Obarska-Kosinska A / Kreysing JP / Andino-Frydman E / Cruz-Leon S / Margiotta E / Cernikova L / Kosinski J / Turonova B / Hummer G / Beck M
履歴
登録2023年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19155.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite structure of the Dictyostelium discoideum nuclear pore complex in cells - hyperosmotic stress
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.704 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-7.64641 - 10.034821000000001
平均 (標準偏差)0.05492674 (±0.49286774)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-14-14-14
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 2088.9602 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nuclear pore complex

全体名称: Nuclear pore complex
要素
  • 複合体: Nuclear pore complex

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超分子 #1: Nuclear pore complex

超分子名称: Nuclear pore complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Hyperosmotic stress in HL5 + 0.4M sorbitol applied for approx. 1 min prior to plunge freezing

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 38.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用したサブトモグラム数: 1683
抽出トモグラム数: 103 / 使用した粒子像数: 1984
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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