[日本語] English
万見
- EMDB-19136: Thinner is not always better: Optimising cryo lamellae for subtom... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19136
タイトルThinner is not always better: Optimising cryo lamellae for subtomogram averaging
マップデータRibosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using cryo-ET and STA. "high-quality" particles, 23k particles.
試料
  • 複合体: Ribosome
キーワードIn-situ Dictyostelium discoideum ribosome / RIBOSOME
生物種Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Tuijtel MW / Cruz-Leon S / Kreysing JP / Welsch S / Hummer G / Beck M / Turonova B
資金援助 米国, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
Chan Zuckerberg Initiative2021-234666 米国
Max Planck Society ドイツ
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Thinner is not always better: Optimizing cryo-lamellae for subtomogram averaging.
著者: Maarten W Tuijtel / Sergio Cruz-León / Jan Philipp Kreysing / Sonja Welsch / Gerhard Hummer / Martin Beck / Beata Turoňová /
要旨: Cryo-electron tomography (cryo-ET) is a powerful method to elucidate subcellular architecture and to structurally analyze biomolecules in situ by subtomogram averaging, yet data quality critically ...Cryo-electron tomography (cryo-ET) is a powerful method to elucidate subcellular architecture and to structurally analyze biomolecules in situ by subtomogram averaging, yet data quality critically depends on specimen thickness. Cells that are too thick for transmission imaging can be thinned into lamellae by cryo-focused ion beam (cryo-FIB) milling. Despite being a crucial parameter directly affecting attainable resolution, optimal lamella thickness has not been systematically investigated nor the extent of structural damage caused by gallium ions used for FIB milling. We thus systematically determined how resolution is affected by these parameters. We find that ion-induced damage does not affect regions more than 30 nanometers from either lamella surface and that up to ~180-nanometer lamella thickness does not negatively affect resolution. This shows that there is no need to generate very thin lamellae and lamella thickness can be chosen such that it captures cellular features of interest, thereby opening cryo-ET also for studies of large complexes.
#1: ジャーナル: BiorXiv
タイトル: Thinner is not always better: Optimising cryo lamellae for subtomogram averaging
著者: Tuijtel MW / Cruz-Leon S / Kreysing JP / Welsch S / Hummer G / Beck M / Turonova B
履歴
登録2023年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_19136.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19136.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 87.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using cryo-ET and STA. "high-quality" particles, 23k particles.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.223 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00196
最小 - 最大-0.005388909 - 0.009880301
平均 (標準偏差)0.00008011366 (±0.00075962354)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ284284284
Spacing284284284
セルA=B=C: 347.332 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

+
追加マップ: Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using...

ファイルemd_19136_additional_1.map
注釈Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using cryo-ET and STA. "random" particles, 23k particles.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using...

ファイルemd_19136_additional_2.map
注釈Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using cryo-ET and STA. "random" particles, 23k particles. halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using...

ファイルemd_19136_additional_3.map
注釈Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using cryo-ET and STA. "random" particles, 23k particles. halfmap 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using...

ファイルemd_19136_additional_4.map
注釈Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using cryo-ET and STA. "high-quality" particles, 5k particles. Halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using...

ファイルemd_19136_additional_5.map
注釈Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using cryo-ET and STA. "high-quality" particles, 5k particles. Halfmap 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using...

ファイルemd_19136_additional_6.map
注釈Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using cryo-ET and STA. "high-quality" particles, 5k particles.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using...

ファイルemd_19136_additional_7.map
注釈Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using cryo-ET and STA. "random" particles, 5k particles. Halfmap 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using...

ファイルemd_19136_additional_8.map
注釈Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using cryo-ET and STA. "random" particles, 5k particles. Halfmap 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using...

ファイルemd_19136_additional_9.map
注釈Ribosome from Dictyostelium discoideum, from in-situ data using cryo-ET and STA. "random" particles, 5k particles.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: halfmap 1 "high-quality" particles, 23k particles.

ファイルemd_19136_half_map_1.map
注釈halfmap 1 "high-quality" particles, 23k particles.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: halfmap 2 "high-quality" particles, 23k particles.

ファイルemd_19136_half_map_2.map
注釈halfmap 2 "high-quality" particles, 23k particles.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Ribosome

全体名称: Ribosome
要素
  • 複合体: Ribosome

-
超分子 #1: Ribosome

超分子名称: Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Ribosome
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)
細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 4 MDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 2 / 平均露光時間: 0.24 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Warp / 使用したサブトモグラム数: 22586
抽出トモグラム数: 261 / 使用した粒子像数: 168000 / 手法: Template matching / ソフトウェア - 名称: Warp
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: Warp
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る