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- EMDB-19049: Cryo-EM structure of hexameric BTB domain of Drosophila CG6765 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19049
タイトルCryo-EM structure of hexameric BTB domain of Drosophila CG6765 protein
マップデータMain map with RELION Blush regularisation applied
試料
  • 細胞: Hexameric BTB domain of CG6765 protein
    • タンパク質・ペプチド: BTB domain of CG6765 protein
キーワードDNA-binding / transcription regulation / oligomerization / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


developmental process involved in reproduction / animal organ development / neuron development / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Bonchuk AN / Naschberger A / Baradaran R
資金援助 ロシア, 1件
OrganizationGrant number国
Russian Science Foundation19-74-10099 ロシア
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: The Arthropoda-specific Tramtrack group BTB protein domains use previously unknown interface to form hexamers.
著者: Artem N Bonchuk / Konstantin I Balagurov / Rozbeh Baradaran / Konstantin M Boyko / Nikolai N Sluchanko / Anastasia M Khrustaleva / Anna D Burtseva / Olga V Arkova / Karina K Khalisova / ...著者: Artem N Bonchuk / Konstantin I Balagurov / Rozbeh Baradaran / Konstantin M Boyko / Nikolai N Sluchanko / Anastasia M Khrustaleva / Anna D Burtseva / Olga V Arkova / Karina K Khalisova / Vladimir O Popov / Andreas Naschberger / Pavel G Georgiev /
要旨: BTB (bric-a-brack, Tramtrack, and broad complex) is a diverse group of protein-protein interaction domains found within metazoan proteins. Transcription factors contain a dimerizing BTB subtype with ...BTB (bric-a-brack, Tramtrack, and broad complex) is a diverse group of protein-protein interaction domains found within metazoan proteins. Transcription factors contain a dimerizing BTB subtype with a characteristic N-terminal extension. The Tramtrack group (TTK) is a distinct type of BTB domain, which can multimerize. Single-particle cryo-EM microscopy revealed that the TTK-type BTB domains assemble into a hexameric structure consisting of three canonical BTB dimers connected through a previously uncharacterized interface. We demonstrated that the TTK-type BTB domains are found only in Arthropods and have undergone lineage-specific expansion in modern insects. The genome encodes 24 transcription factors with TTK-type BTB domains, whereas only four have non-TTK-type BTB domains. Yeast two-hybrid analysis revealed that the TTK-type BTB domains have an unusually broad potential for heteromeric associations presumably through a dimer-dimer interaction interface. Thus, the TTK-type BTB domains are a structurally and functionally distinct group of protein domains specific to Arthropodan transcription factors.
履歴
登録2023年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年9月11日-
現状2024年9月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19049.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19049.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map with RELION Blush regularisation applied
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 448 pix.
= 326.592 Å		0.73 Å/pix.
x 448 pix.
= 326.592 Å		0.73 Å/pix.
x 448 pix.
= 326.592 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.729 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00349
最小 - 最大-0.0074587828 - 0.016640231
平均 (標準偏差)0.000007679063 (±0.00022136905)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 326.59198 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19049_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hexameric BTB domain of CG6765 protein

全体名称: Hexameric BTB domain of CG6765 protein
要素
  • 細胞: Hexameric BTB domain of CG6765 protein
    • タンパク質・ペプチド: BTB domain of CG6765 protein

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超分子 #1: Hexameric BTB domain of CG6765 protein

超分子名称: Hexameric BTB domain of CG6765 protein / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: BTB domain of CG6765 protein

分子名称: BTB domain of CG6765 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 14.543481 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
AENYHLKWDS HLTYLNSSIA TLYKNEKFAD VVLYSSYNSS GIPSDIPTVG ISAHKFILSA SSQFFATMFE TAPITNPNGV LYVVLPPDL SHRAIQILVQ YMYSGEATVS NDILNEVLRG GEILKIRGLC RT

UniProtKB: Uncharacterized protein, isoform A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM Tris, pH 7.4, 50mM NaCl, 1mM DTT
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 9757 / 平均露光時間: 4.1 sec. / 平均電子線量: 40.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 480721
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用した粒子像数: 197562
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 190 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8rc6:
Cryo-EM structure of hexameric BTB domain of Drosophila CG6765 protein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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