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万見
- EMDB-1901: Insights into the structure of the CCR4-NOT Complex by electron m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1901
タイトルInsights into the structure of the CCR4-NOT Complex by electron microscopy
マップデータMap of the stained Ccr4Not core-complex.
試料
  • 試料: Ccr4Not core-complex
  • タンパク質・ペプチド: Ccr4Not complex
キーワードCcr4Not core-complex / regulation of gene-expression / deadenylation
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 33.0 Å
データ登録者Nasertorabi F / Batisse C / Diepholz M / Suck D / Bottcher B
引用ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2011
タイトル: Insights into the structure of the CCR4-NOT complex by electron microscopy.
著者: Fariborz Nasertorabi / Claire Batisse / Meikel Diepholz / Dietrich Suck / Bettina Böttcher /
要旨: The CCR4-NOT complex is a deadenylation complex, which plays a major role for mRNA stability. The complex is conserved from yeast to human and consists of nine proteins NOT1-NOT5, CCR4, CAF1, CAF40 ...The CCR4-NOT complex is a deadenylation complex, which plays a major role for mRNA stability. The complex is conserved from yeast to human and consists of nine proteins NOT1-NOT5, CCR4, CAF1, CAF40 and CAF130. We have successfully isolated the complex using a Protein A tag on NOT1, followed by cross-linking on a glycerol gradient. All components of the complex were identified by mass spectrometry. Electron microscopy of negatively stained particles followed by image reconstruction revealed an L-shaped complex with two arms of similar length. The arms form an accessible cavity, which we think could provide an extensive interface for RNA-deadenylation.
履歴
登録2011年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年6月10日-
マップ公開2011年6月10日-
更新2011年9月9日-
現状2011年9月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.46
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.46
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_1901.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1901.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the stained Ccr4Not core-complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.2 Å/pix.
x 80 pix.
= 416. Å		5.2 Å/pix.
x 80 pix.
= 416. Å		5.2 Å/pix.
x 80 pix.
= 416. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.46 / ムービー #1: 0.46
最小 - 最大-0.326318 - 2.22817
平均 (標準偏差)0.00062974 (±0.11313)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 416 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.25.25.2
M x/y/z808080
origin x/y/z-0.000-0.000-0.000
length x/y/z416.000416.000416.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.3262.2280.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ccr4Not core-complex

全体名称: Ccr4Not core-complex
要素
  • 試料: Ccr4Not core-complex
  • タンパク質・ペプチド: Ccr4Not complex

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超分子 #1000: Ccr4Not core-complex

超分子名称: Ccr4Not core-complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample was fixed (Grafix) / 集合状態: Heterononamer / Number unique components: 1
分子量理論値: 800 KDa

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分子 #1: Ccr4Not complex

分子名称: Ccr4Not complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Ccr4Not complex / 詳細: The sample was fixed (Grafix) / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Sandwich negative staining with 2% uranyl acetate
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度平均: 295 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Corrected at 200,000 times magnification
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.5 µm / 実像数: 312
詳細: Micrographs were taken in pairs for random-conical tilt reconstruction
ビット/ピクセル: 12
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -55

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画像解析

詳細Initial reconstruction from random conical tilt data
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider, imagic, xmipp / 使用した粒子像数: 7000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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