[日本語] English
万見
- EMDB-19009: Cryo-EM structure of the inward-facing ethanolamine-bound FLVCR1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19009
タイトルCryo-EM structure of the inward-facing ethanolamine-bound FLVCR1
マップデータ
試料
  • 複合体: ethanolamine-bound FLVCR1 monomer
    • タンパク質・ペプチド: Heme transporter FLVCR1
  • リガンド: ETHANOLAMINE
キーワードMFS / ethanolamine transport / human transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


heme export / ethanolamine transmembrane transporter activity / choline transmembrane transporter activity / heme transport / heme transmembrane transporter activity / embryonic skeletal system morphogenesis / choline transport / phospholipid biosynthetic process / regulation of organ growth / head morphogenesis ...heme export / ethanolamine transmembrane transporter activity / choline transmembrane transporter activity / heme transport / heme transmembrane transporter activity / embryonic skeletal system morphogenesis / choline transport / phospholipid biosynthetic process / regulation of organ growth / head morphogenesis / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / embryonic digit morphogenesis / mitochondrial transport / blood vessel development / erythrocyte maturation / spleen development / erythrocyte differentiation / Iron uptake and transport / multicellular organism growth / in utero embryonic development / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Choline/ethanolamine transporter FLVCR1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Weng T-H / Wu D / Safarian S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of choline and ethanolamine transport in humans.
著者: Keiken Ri / Tsai-Hsuan Weng / Ainara Claveras Cabezudo / Wiebke Jösting / Yu Zhang / Andre Bazzone / Nancy C P Leong / Sonja Welsch / Raymond T Doty / Gonca Gursu / Tiffany Jia Ying Lim / ...著者: Keiken Ri / Tsai-Hsuan Weng / Ainara Claveras Cabezudo / Wiebke Jösting / Yu Zhang / Andre Bazzone / Nancy C P Leong / Sonja Welsch / Raymond T Doty / Gonca Gursu / Tiffany Jia Ying Lim / Sarah Luise Schmidt / Janis L Abkowitz / Gerhard Hummer / Di Wu / Long N Nguyen / Schara Safarian /
要旨: Human feline leukaemia virus subgroup C receptor-related proteins 1 and 2 (FLVCR1 and FLVCR2) are members of the major facilitator superfamily. Their dysfunction is linked to several clinical ...Human feline leukaemia virus subgroup C receptor-related proteins 1 and 2 (FLVCR1 and FLVCR2) are members of the major facilitator superfamily. Their dysfunction is linked to several clinical disorders, including PCARP, HSAN and Fowler syndrome. Earlier studies concluded that FLVCR1 may function as a haem exporter, whereas FLVCR2 was suggested to act as a haem importer, yet conclusive biochemical and detailed molecular evidence remained elusive for the function of both transporters. Here, we show that FLVCR1 and FLVCR2 facilitate the transport of choline and ethanolamine across the plasma membrane, using a concentration-driven substrate translocation process. Through structural and computational analyses, we have identified distinct conformational states of FLVCRs and unravelled the coordination chemistry underlying their substrate interactions. Fully conserved tryptophan and tyrosine residues form the binding pocket of both transporters and confer selectivity for choline and ethanolamine through cation-π interactions. Our findings clarify the mechanisms of choline and ethanolamine transport by FLVCR1 and FLVCR2, enhance our comprehension of disease-associated mutations that interfere with these vital processes and shed light on the conformational dynamics of these major facilitator superfamily proteins during the transport cycle.
履歴
登録2023年11月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_19009.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19009.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 150 pix.
= 171.9 Å		1.15 Å/pix.
x 150 pix.
= 171.9 Å		1.15 Å/pix.
x 150 pix.
= 171.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.146 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.09766663 - 0.14623883
平均 (標準偏差)0.00006340703 (±0.005719892)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 171.90001 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19009_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_19009_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : ethanolamine-bound FLVCR1 monomer

全体名称: ethanolamine-bound FLVCR1 monomer
要素
  • 複合体: ethanolamine-bound FLVCR1 monomer
    • タンパク質・ペプチド: Heme transporter FLVCR1
  • リガンド: ETHANOLAMINE

-
超分子 #1: ethanolamine-bound FLVCR1 monomer

超分子名称: ethanolamine-bound FLVCR1 monomer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60 KDa

-
分子 #1: Heme transporter FLVCR1

分子名称: Heme transporter FLVCR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.896316 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MARPDDEEGA AVAPGHPLAK GYLPLPRGAP VGKESVELQN GPKAGTFPVN GAPRDSLAAA SGVLGGPQTP LAPEEETQAR LLPAGAGAE TPGAESSPLP LTALSPRRFV VLLIFSLYSL VNAFQWIQYS IISNVFEGFY GVTLLHIDWL SMVYMLAYVP L IFPATWLL ...文字列:
MARPDDEEGA AVAPGHPLAK GYLPLPRGAP VGKESVELQN GPKAGTFPVN GAPRDSLAAA SGVLGGPQTP LAPEEETQAR LLPAGAGAE TPGAESSPLP LTALSPRRFV VLLIFSLYSL VNAFQWIQYS IISNVFEGFY GVTLLHIDWL SMVYMLAYVP L IFPATWLL DTRGLRLTAL LGSGLNCLGA WIKCGSVQQH LFWVTMLGQC LCSVAQVFIL GLPSRIASVW FGPKEVSTAC AT AVLGNQL GTAVGFLLPP VLVPNTQNDT NLLACNISTM FYGTSAVATL LFILTAIAFK EKPRYPPSQA QAALQDSPPE EYS YKKSIR NLFKNIPFVL LLITYGIMTG AFYSVSTLLN QMILTYYEGE EVNAGRIGLT LVVAGMVGSI LCGLWLDYTK TYKQ TTLIV YILSFIGMVI FTFTLDLRYI IIVFVTGGVL GFFMTGYLPL GFEFAVEITY PESEGTSSGL LNASAQIFGI LFTLA QGKL TSDYGPKAGN IFLCVWMFIG IILTALIKSD LRRHNINIGI TNVDVKAIPA DSPTDQEPKT VMLSKQSESA IDYKDD DDK

UniProtKB: Choline/ethanolamine transporter FLVCR1

-
分子 #2: ETHANOLAMINE

分子名称: ETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ETA
分子量理論値: 61.083 Da
Chemical component information

ChemComp-ETA:
ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 5185344
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 52147
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8qct


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8r8t:
Cryo-EM structure of the inward-facing ethanolamine-bound FLVCR1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る