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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19001 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of coagulation factor beta-XIIa in complex with the garadacimab Fab fragment (monomer) | |||||||||
マップデータ | Local resolution filtered map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / coagulation / trypsin-like serine protease / hereditary angioedema (HAE) / BLOOD CLOTTING | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Drulyte I | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis for inhibition of beta-FXIIa by garadacimab 著者: Drulyte I / Ghai R / Ow SY / Kapp EA / Quek AJ / Panousis C / Wilson MJ / Nash AD / Pelzing M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19001.map.gz | 1.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19001-v30.xml emd-19001.xml | 19.9 KB 19.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19001_fsc.xml | 10 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19001.png | 51.7 KB | ||
マスクデータ | emd_19001_msk_1.map emd_19001_msk_2.map | 83.7 MB 83.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19001.cif.gz | 4.8 KB | ||
その他 | emd_19001_additional_1.map.gz emd_19001_additional_2.map.gz emd_19001_half_map_1.map.gz emd_19001_half_map_2.map.gz | 42.1 MB 79.1 MB 77.8 MB 77.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19001 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19001 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19001.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Local resolution filtered map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.095 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19001_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_19001_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_19001_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map
ファイル | emd_19001_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_19001_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_19001_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of coagulation factor beta-XIIa with garadacimab ...
全体 | 名称: Ternary complex of coagulation factor beta-XIIa with garadacimab Fab fragment and anti-LC-lambda VHH |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of coagulation factor beta-XIIa with garadacimab ...
超分子 | 名称: Ternary complex of coagulation factor beta-XIIa with garadacimab Fab fragment and anti-LC-lambda VHH タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 174 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 5.5 / 詳細: 10 mM Na Acetate, 100 mM NaCl pH 5.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Immediately before blotting and plunge freezing, fluorinated octyl maltoside (FOM) was added to the sample to the final concentration of 0.005%-0.01% (w/v) |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV 詳細: Electron source E-CFEG (cold-FEG), energy filter Selectris X |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4000 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: 2000 with 0.005% FOM and 2000 with 0.01% FOM |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |