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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18945 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | 1918 H1N1 Viral polymerase heterotrimer in complex with 4 repeat serine-5 phosphorylated PolII peptide | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Unsharpened map | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | influenza / polymerase / PolII-CTD / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Keown JR / Carrique L / Fodor E / Grimes JM | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 7件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 1918 H1N1 Viral polymerase heterotrimer in complex with 4 repeat serine-5 phosphorylated PolII peptide 著者: Keown JR / Carrique L / Fodor E / Grimes JM | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18945.map.gz | 32.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18945-v30.xml emd-18945.xml | 27 KB 27 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18945_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18945.png | 60 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18945.cif.gz | 8 KB | ||
その他 | emd_18945_additional_1.map.gz emd_18945_additional_2.map.gz emd_18945_half_map_1.map.gz emd_18945_half_map_2.map.gz | 59.8 MB 59.5 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18945 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18945 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r60MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18945.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Sharpened primary map
ファイル | emd_18945_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened primary map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: deepEMhancer map produced with wideTarget and using the...
ファイル | emd_18945_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | deepEMhancer map produced with wideTarget and using the unsharpened map as the input (not half-maps) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map
ファイル | emd_18945_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map
ファイル | emd_18945_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 1918 H1N1 influenza virus heterotrimer in complex with a 4 repeat...
全体 | 名称: 1918 H1N1 influenza virus heterotrimer in complex with a 4 repeat serine 5 phosphorylated peptide from PolII CTD |
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要素 |
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-超分子 #1: 1918 H1N1 influenza virus heterotrimer in complex with a 4 repeat...
超分子 | 名称: 1918 H1N1 influenza virus heterotrimer in complex with a 4 repeat serine 5 phosphorylated peptide from PolII CTD タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) |
-分子 #1: Polymerase acidic protein
分子 | 名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 82.663383 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDLKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFINERGES IIVESGDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG AEKPKFLPAL YDYKENRFIE IGVTRREVHI YYLEKANKIK SEKTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ...文字列: MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDLKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFINERGES IIVESGDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG AEKPKFLPAL YDYKENRFIE IGVTRREVHI YYLEKANKIK SEKTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ARIKTRLFTI RQEMASRGLW DSFRQSERGE ETIEERFEIT GTMRRLADQS LPPNFSSLEN FRAYVDGFEP NG YIEGKLS QMSKEVNARI EPFLKTTPRP LRLPDGPPCS QRSKFLLMDA LKLSIEDPSH EGEGIPLYDA IKCMRTFFGW KEP NVVKPH EKGINPNYLL AWKQVLAELQ DIENEEKIPK TKNMKKTSQL KWALGENMAP EKVDFDDCKD VSDLKQYDSD EPEL RSLAS WIQSEFNKAC ELTDSSWIEL DEIGEDVAPI EHIASMRRNY FTAEVSHCRA TEYIMKGVYI NTALLNASCA AMDDF QLIP MISKCRTKEG RRKTNLYGFI IKGRSHLRND TDVVNFVSME FSLTDPRLEP HKWEKYCVLE IGDMLLRSAI GQVSRP MFL YVRTNGTSKI KMKWGMEMRR CLLQSLQQIE SMIEAESSVK EKDMTKEFFE NKSETWPIGE SPKGVEEGSI GKVCRTL LA KSVFNSLYAS PQLEGFSAES RKLLLIVQAL RDNLEPGTFD LGGLYEAIEE CLINDPWVLL NASWFNSFLT HALR UniProtKB: Polymerase acidic protein |
-分子 #2: Polymerase basic protein 2
分子 | 名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 102.377219 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIMEMIPER NEQGQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSAV HYPKIYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF ...文字列: MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIMEMIPER NEQGQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSAV HYPKIYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF PNEVGARILT SESQLTITKE KKEELQDCKI SPLMVAYMLE RELVRKTRFL PVAGGTSSVY IEVLHLTQGT CW EQMYTPG GEVRNDDVDQ SLIIAARNIV RRATVSADPL ASLLEMCHST QIGGIRMVDI LRQNPTEEQA VDICKAAMGL RIS SSFSFG GFTFKRTSGS SVKREEEVLT GNLQTLKIRV HEGYEEFTMV GRRATAILRK ATRRLIQLIV SGRDEQSIAE AIIV AMVFS QEDCMIKAVR GDLNFVNRAN QRLNPMHQLL RHFQKDAKVL FQNWGIEPID NVMGMIGILP DMTPSTEMSM RGVRV SKMG VDEYSSTERV VVSIDRFLRV RDQRGNVLLS PEEVSETQGT EKLTITYSSS MMWEVNGPES VLVNTYQWII RNWETV KIQ WSQNPTMLYN KMEFEPFQSL VPKAARGQYS GFVRTLFQQM RDVLGTFDTV QIIKLLPFAA APPKQSRMQF SSLTVNV RG SGMRILVRGN SPVFNYNKAT KRLTVLGKDA GALTEDPDEG TAGVESAVLR GFLILGKEDR RYGPALSINE LSNLAKGE K ANVLIGQGDV VLVMKRKRDS SILTDSQTAT KRIRMAINEN LYFQGELKTA ALAQHDEAVD NKFNKEQQNA FYEILHLPN LNEEQRNAFI QSLKDDPSQS ANLLAEAKKL NDAQAPKVDN KFNKEQQNAF YEILHLPNLN EEQRNAFIQS LKADPSQSAN LLAEAKKLN GAQAPKVDAN SAGKST UniProtKB: Polymerase basic protein 2 |
-分子 #5: RNA polymerase II 4 repeat peptide with serine5 phosphorylation
分子 | 名称: RNA polymerase II 4 repeat peptide with serine5 phosphorylation タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 3.216893 KDa |
配列 | 文字列: YSPT(SEP)PSYSP T(SEP)PSYSPT(SEP)P SYSPT(SEP)PS |
-分子 #6: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 86.625211 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGRWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK ...文字列: MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGRWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK DVMESMDKEE MEITTHFQRK RRVRDNMTKK MVTQRTIGKK KQRLNKRSYL IRALTLNTMT KDAERGKLKR RA IATPGMQ IRGFVYFVET LARSICEKLE QSGLPVGGNE KKAKLANVVR KMMTNSQDTE LSFTITGDNT KWNENQNPRM FLA MITYIT RNQPEWFRNV LSIAPIMFSN KMARLGKGYM FESKSMKLRT QIPAEMLASI DLKYFNDSTR KKIEKIRPLL IDGT ASLSP GMMMGMFNML STVLGVSILN LGQKRYTKTT YWWDGLQSSD DFALIVNAPN HEGIQAGVDR FYRTCKLLGI NMSKK KSYI NRTGTFEFTS FFYRYGFVAN FSMELPSFGV SGINESADMS IGVTVIKNNM INNDLGPATA QMALQLFIKD YRYTYR CHR GDTQIQTRRS FEIKKLWEQT RSKAGLLVSD GGPNLYNIRN LHIPEVCLKW ELMDEDYQGR LCNPLNPFVS HKEIESV NN AVMMPAHGPA KNMEYDAVAT THSWIPKRNR SILNTSQRGI LEDEQMYQKC CNLFEKFFPS SSYRRPVGIS SMVEAMVS R ARIDARIDFE SGRIKKEEFA EIMKICSTIE ELRRQK UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit |
-分子 #3: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3') タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 4.862017 KDa |
配列 | 文字列: AGUAGAAACA AGGCC |
-分子 #4: RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 5.335125 KDa |
配列 | 文字列: GGCCUGCUUU UGCUAUU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | Rigid body fit of the polymerase heterotrimer 7NHX followed by model building of the PolII peptide |
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-8r60: |