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- EMDB-18911: 3DFlex refinement of wheat 40S ribosomal subunit cryo-EM reconstr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18911
タイトル3DFlex refinement of wheat 40S ribosomal subunit cryo-EM reconstruction
マップデータ
試料
  • 複合体: Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)
キーワードsmall ribosomal subunit / wheat / eukaryotes / 40S / RIBOSOME
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Baymukhametov TN / Kravchenko OV / Afonina ZA / Vasilenko KS
資金援助 ロシア, 1件
OrganizationGrant number国
Russian Science Foundation19-74-20186 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: High-Resolution Structure and Internal Mobility of a Plant 40S Ribosomal Subunit.
著者: Olesya V Kravchenko / Timur N Baymukhametov / Zhanna A Afonina / Konstantin S Vassilenko /
要旨: Ribosome is a major part of the protein synthesis machinery, and analysis of its structure is of paramount importance. However, the structure of ribosomes from only a limited number of organisms has ...Ribosome is a major part of the protein synthesis machinery, and analysis of its structure is of paramount importance. However, the structure of ribosomes from only a limited number of organisms has been resolved to date; it especially concerns plant ribosomes and ribosomal subunits. Here, we report a high-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of the small subunit of the (common wheat) cytoplasmic ribosome. A detailed atomic model was built that includes the majority of the rRNA and some of the protein modifications. The analysis of the obtained data revealed structural peculiarities of the 40S subunit in the monocot plant ribosome. We applied the 3D Flexible Refinement approach to analyze the internal mobility of the 40S subunit and succeeded in decomposing it into four major motions, describing rotations of the head domain and a shift in the massive rRNA expansion segment. It was shown that these motions are almost uncorrelated and that the 40S subunit is flexible enough to spontaneously adopt any conformation it takes as a part of a translating ribosome or ribosomal complex. Here, we introduce the first high-resolution structure of an isolated plant 40S subunit and the first quantitative analysis of the flexibility of small ribosomal subunits, hoping that it will help in studying various aspects of ribosome functioning.
履歴
登録2023年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年1月10日-
現状2024年1月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18911.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 440 pix.
= 413.6 Å		0.94 Å/pix.
x 440 pix.
= 413.6 Å		0.94 Å/pix.
x 440 pix.
= 413.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0017935634 - 2.1576426
平均 (標準偏差)0.0027168836 (±0.03952778)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 413.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18911_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18911_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18911_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)

全体名称: Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)
要素
  • 複合体: Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)

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超分子 #1: Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)

超分子名称: Small ribosomal subunit from Triticum aestivum (common wheat)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 株: Moskovskaya / 器官: seed / 組織: germ / 細胞中の位置: cytoplasm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6201 / 平均露光時間: 1.6 sec. / 平均電子線量: 84.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 982063
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 256000
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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