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- EMDB-18877: Cryo EM structure of a stable LGL/aPKC Iota/Par-6 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18877
タイトルCryo EM structure of a stable LGL/aPKC Iota/Par-6 complex
マップデータUnfiltered map
試料
  • 複合体: aPKCiota-Par6-Llgl1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein kinase C iota type
    • タンパク質・ペプチド: Lethal(2) giant larvae protein homolog 1
    • タンパク質・ペプチド: Partitioning defective 6 homolog alpha
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードKinase / Polarity / Kinase substrate complex. / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi cis cisterna / regulation of cellular localization / establishment of spindle orientation / diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / Golgi vesicle budding / PAR polarity complex / Tight junction interactions / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / cell-cell junction maintenance / protein kinase C ...Golgi cis cisterna / regulation of cellular localization / establishment of spindle orientation / diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / Golgi vesicle budding / PAR polarity complex / Tight junction interactions / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / cell-cell junction maintenance / protein kinase C / establishment of apical/basal cell polarity / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / myosin II binding / regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of glial cell apoptotic process / eye photoreceptor cell development / positive regulation of protein localization to centrosome / Schmidt-Lanterman incisure / GTP-dependent protein binding / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / Golgi to plasma membrane transport / cellular response to chemical stress / membrane organization / cell-cell junction organization / centrosome cycle / cortical actin cytoskeleton organization / protein targeting to membrane / tight junction / RHOV GTPase cycle / cortical actin cytoskeleton / positive regulation of Notch signaling pathway / establishment of cell polarity / establishment or maintenance of cell polarity / cell leading edge / exocytosis / RHOU GTPase cycle / brush border / CDC42 GTPase cycle / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / viral process / bicellular tight junction / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / intercellular bridge / vesicle-mediated transport / ruffle / RAC1 GTPase cycle / cytoskeleton organization / p75NTR recruits signalling complexes / secretion / response to interleukin-1 / GTPase activator activity / axonogenesis / actin filament organization / trans-Golgi network membrane / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / positive regulation of protein secretion / positive regulation of D-glucose import / protein localization to plasma membrane / Asymmetric localization of PCP proteins / positive regulation of protein localization to plasma membrane / adherens junction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of neuron projection development / phospholipid binding / small GTPase binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / centriolar satellite / Schaffer collateral - CA1 synapse / cellular response to insulin stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / cell migration / microtubule cytoskeleton / protein-containing complex assembly / early endosome membrane / cell cortex / negative regulation of neuron apoptotic process / cytoskeleton / protein phosphorylation / protein kinase activity / endosome / intracellular signal transduction / cilium / apical plasma membrane / Golgi membrane / axon / cell division / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / structural molecule activity / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Partitioning defective protein 6, PB1 domain / : / Lethal(2) giant larvae protein / Lethal giant larvae homologue 2 / LLGL2 / Atypical protein kinase C iota type, catalytic domain / Protein kinase C / Protein kinase C, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain ...Partitioning defective protein 6, PB1 domain / : / Lethal(2) giant larvae protein / Lethal giant larvae homologue 2 / LLGL2 / Atypical protein kinase C iota type, catalytic domain / Protein kinase C / Protein kinase C, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase C iota type / Lethal(2) giant larvae protein homolog 1 / Partitioning defective 6 homolog alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Earl CP / Briggs DC / McDonald NQ
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome TrustCC2068 英国
Cancer Research UKCC2026 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)CC2068 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Capture, mutual inhibition and release mechanism for aPKC-Par6 and its multisite polarity substrate Lgl.
著者: Christopher P Earl / Mathias Cobbaut / André Barros-Carvalho / Marina E Ivanova / David C Briggs / Eurico Morais-de-Sá / Peter J Parker / Neil Q McDonald /
要旨: The mutually antagonistic relationship of atypical protein kinase C (aPKC) and partitioning-defective protein 6 (Par6) with the substrate lethal (2) giant larvae (Lgl) is essential for regulating ...The mutually antagonistic relationship of atypical protein kinase C (aPKC) and partitioning-defective protein 6 (Par6) with the substrate lethal (2) giant larvae (Lgl) is essential for regulating polarity across many cell types. Although aPKC-Par6 phosphorylates Lgl at three serine sites to exclude it from the apical domain, aPKC-Par6 and Lgl paradoxically form a stable kinase-substrate complex, with conflicting roles proposed for Par6. We report the structure of human aPKCι-Par6α bound to full-length Llgl1, captured through an aPKCι docking site and a Par6 contact. This complex traps a phospho-S663 Llgl1 intermediate bridging between aPKC and Par6, impeding phosphorylation progression. Thus, aPKCι is effectively inhibited by Llgl1 while Llgl1 is captured by aPKCι-Par6. Mutational disruption of the Lgl-aPKC interaction impedes complex assembly and Lgl phosphorylation, whereas disrupting the Lgl-Par6 contact promotes complex dissociation and Lgl phosphorylation. We demonstrate a Par6-regulated substrate capture-and-release model requiring binding by active Cdc42 and the apical partner Crumbs to drive complex disassembly. Our results suggest a mechanism for mutual regulation and spatial control of aPKC-Par6 and Lgl activities.
履歴
登録2023年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18877.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18877.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unfiltered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.82 Å/pix.
x 280 pix.
= 229.6 Å		0.82 Å/pix.
x 280 pix.
= 229.6 Å		0.82 Å/pix.
x 280 pix.
= 229.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.2979945 - 2.359292
平均 (標準偏差)0.0027597866 (±0.048550677)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 229.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Phenix Sharpened Map used for Model building

ファイルemd_18877_additional_1.map
注釈Phenix Sharpened Map used for Model building
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_18877_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_18877_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : aPKCiota-Par6-Llgl1 complex

全体名称: aPKCiota-Par6-Llgl1 complex
要素
  • 複合体: aPKCiota-Par6-Llgl1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein kinase C iota type
    • タンパク質・ペプチド: Lethal(2) giant larvae protein homolog 1
    • タンパク質・ペプチド: Partitioning defective 6 homolog alpha
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: aPKCiota-Par6-Llgl1 complex

超分子名称: aPKCiota-Par6-Llgl1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 220 KDa

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分子 #1: Protein kinase C iota type

分子名称: Protein kinase C iota type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein kinase C
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.146004 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SLGLQDFDLL RVIGRGSYAK VLLVRLKKTD RIYAMKVVKK ELVNDDEDID WVQTEKHVFE QASNHPFLVG LHSCFQTESR LFFVIEYVN GGDLMFHMQR QRKLPEEHAR FYSAEISLAL NYLHERGIIY RDLKLDNVLL DSEGHIKLTD YGMCKEGLRP G DTTS(TPO) ...文字列:
SLGLQDFDLL RVIGRGSYAK VLLVRLKKTD RIYAMKVVKK ELVNDDEDID WVQTEKHVFE QASNHPFLVG LHSCFQTESR LFFVIEYVN GGDLMFHMQR QRKLPEEHAR FYSAEISLAL NYLHERGIIY RDLKLDNVLL DSEGHIKLTD YGMCKEGLRP G DTTS(TPO)FCG TPNYIAPEIL RGEDYGFSVD WWALGVLMFE MMAGRSPFDI VGSSDNPDQN TEDYLFQVIL EKQIRIPR S LSVKAASVLK SFLNKDPKER LGCHPQTGFA DIQGHPFFRN VDWDMMEQKQ VVPPFKPNIS GEFGLDNFDS QFTNEPVQL (TPO)PDDDDIVRK IDQSEFEGFE YI

UniProtKB: Protein kinase C iota type

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分子 #2: Lethal(2) giant larvae protein homolog 1

分子名称: Lethal(2) giant larvae protein homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.889805 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: REKLKQELFA FNKTVEHGFP NQPSALAFDP ELRIMAIGTR SGAVKIYGAP GVEFTGLHRD AATVTQMHFL TGQGRLLSLL DDSSLHLWE IVHHNGCAHL EEALSFQLPS RPGFDGASAP LSLTRVTVVL LVAAGDIAAL GTEGSSVFFL DVTTLTLLEG Q TLAPGEVL ...文字列:
REKLKQELFA FNKTVEHGFP NQPSALAFDP ELRIMAIGTR SGAVKIYGAP GVEFTGLHRD AATVTQMHFL TGQGRLLSLL DDSSLHLWE IVHHNGCAHL EEALSFQLPS RPGFDGASAP LSLTRVTVVL LVAAGDIAAL GTEGSSVFFL DVTTLTLLEG Q TLAPGEVL RSVPDDYRCG KALGPVESLQ GHLRDPTKIL IGYSRGLLVI WNQASQCVDH IFLGNQQLES LCWGRDSSTV VS SHSDGSY AVWSVDAGSF PTLQPTVATT PYGPFPCKAI NKILWRNCES GGHFIIFSGG MPRASYGDRH CVSVLRAETL VTL DFTSRI IDFFTVHSTR PEDEFDDPQA LAVLLEEELV VLDLQTPGWP AVPAPYLAPL HSSAITCSAH VASVPAKLWA RIVS AGEQQ SPQPVSSALS WPITGGRNLA QEPSQRGLLL TGHEDGTVRF WDASGVALRP LYKLSTAGLF QTDCEHADSL AQAAE DDWP PFRKVGCFDP YSDDPRLGVQ KVALCKYTAQ MVVAGTAGQV LVLELSDVPV EQAVSVAIID LLQDREGFTW KGHERL SPR TGPLPWPAGF QPRVLVQCLP PAAVTAVTLH TEWSLVAFGT SHGFGLFDYQ RKSPVLARCT LHPNDSLAME GPLSRVK SL KKSLRQ(SEP)FRR IRKSRVSGKK RAANASSKLQ EANAQLAEQA CPHDVEMTPV QRRIEPRSAD DSLSGVVRCL YFAD TFLRD GAHHGPTMWA GTNSGSVFAY ALEVPAAAVG GEKRPEQAVE AVLGKEVQLM HRAPVVAIAV LDGRGRPLPE PYEAS RDLA QAPDMQGGHA VLIASEEQFK VFTLPKVSAK TKFKLTAHEG CRVRKVALAT FASVACEDYA ETCLACLTNL GDVHVF SVP GLRPQVHYSC IRKEDISGIA SCVFTRHGQG FYLISPSEFE RFSLSARNIT EPLCSLDI

UniProtKB: Lethal(2) giant larvae protein homolog 1

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分子 #3: Partitioning defective 6 homolog alpha

分子名称: Partitioning defective 6 homolog alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.856517 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
THRRVRLHKH GSDRPLGFYI RDGMSVRVAP QGLERVPGIF ISRLVRGGLA ESTGLLAVSD EILEVNGIEV AGKTLDQVTD MMVANSHNL IVTVKPANQR

UniProtKB: Partitioning defective 6 homolog alpha

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分子 #4: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES pH 7.5
150.0 mMSodium Chloride
0.5 mMTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 詳細: 45mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 4 ul of aPKCiota-Par6-Llgl1 complex at a concentration of 0.4 mg/ml was applied to R1.2/1.3 Quantifoil 300 mesh copper grids which had been glow-discharged for 45 s at 45 mA . Grids were ...詳細: 4 ul of aPKCiota-Par6-Llgl1 complex at a concentration of 0.4 mg/ml was applied to R1.2/1.3 Quantifoil 300 mesh copper grids which had been glow-discharged for 45 s at 45 mA . Grids were blotted for 2.5 s at 100% humidity using an FEI Vitrobot MK IV..
詳細Sample was double affinity purified and gel filtered. Sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 4002 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 48.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1069057
詳細: Semi-automated picking with Xmipp3 and particle extraction in Relion-3 yielded 47,516 particles from 1000 micrographs 38. After reference-free 2D classification in Relion-3, eight 2D classes ...詳細: Semi-automated picking with Xmipp3 and particle extraction in Relion-3 yielded 47,516 particles from 1000 micrographs 38. After reference-free 2D classification in Relion-3, eight 2D classes were selected and used as templates for reference-based particle picking in Gautomatch. A total of particles were extracted with 2-fold binning and submitted to 8 rounds of 2D classification in Relion-3.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 121194
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

8r3x

chain_id: I, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1nf3

chain_id: P, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6n8q

chain_id: L, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelCrystal structure of LGL2 was used to generate a model of LGL1
詳細Initial fitting was done in Chimera. Interactive Model building was done in COOT & Isolde Refinement was done using Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8r3y:
Cryo EM structure of a stable LGL/aPKC Iota/Par-6 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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