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万見
- EMDB-1884: RsgA-30S ribosomal subunit-GMPPNP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1884
タイトルRsgA-30S ribosomal subunit-GMPPNP complex
マップデータThis is the map of RsgA-30S-GMPPNP complex
試料
  • 試料: RsgA-30S ribosome-GMPPNP complex
  • 複合体: 30S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: RsgA
  • リガンド: Guanylyl Imidodiphosphate
キーワードribosome biogenesis / RsgA / yjeq / circularly permutated GTPase / 30S subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability ...guanosine tetraphosphate binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / GDP binding / regulation of translation / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily ...Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 2. / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein bS21 / : / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS20 ...Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein bS21 / : / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA / 30S ribosomal protein S18 / 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Guo Q / Yuan Y / Xu Y / Feng B / Liu L / Chen K / Lei J / Gao N
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the function of a small GTPase RsgA on the 30S ribosomal subunit maturation revealed by cryoelectron microscopy.
著者: Qiang Guo / Yi Yuan / Yanji Xu / Boya Feng / Liang Liu / Kai Chen / Ming Sun / Zhixiu Yang / Jianlin Lei / Ning Gao /
要旨: The bacterial RsgA, a circularly permutated GTPase, whose GTPase activity is dependent on the 30S ribosomal subunit, is a late-stage ribosome biogenesis factor involved in the 30S subunit maturation. ...The bacterial RsgA, a circularly permutated GTPase, whose GTPase activity is dependent on the 30S ribosomal subunit, is a late-stage ribosome biogenesis factor involved in the 30S subunit maturation. The role of RsgA is to release another 30S biogenesis factor, RbfA, from the mature 30S subunit in a GTP-dependent manner. Using cryoelectron microscopy, we have determined the structure of the 30S subunit bound with RsgA in the presence of GMPPNP at subnanometer resolution. In the structure, RsgA binds to the central part of the 30S subunit, close to the decoding center, in a position that is incompatible with multiple biogenesis factors, all three translation initiation factors, as well as A-, P-site tRNAs and the 50S subunit. Further structural analysis not only provides a structural model for the RsgA-dependent release of RbfA from the nascent 30S subunit, but also indicates RsgA's role in the ribosomal protein assembly, to promote some tertiary binding protein incorporation. Moreover, together with available biochemical and genetic data, our results suggest that RsgA might be a general checkpoint protein in the late stage of the 30S subunit biogenesis, whose function is not only to release biogenesis factors (e.g., RbfA) from the nascent 30S subunit, but also to block the association of initiation factors to the premature 30S subunit.
履歴
登録2011年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年11月17日-
マップ公開2011年11月17日-
更新2013年3月13日-
現状2013年3月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 3.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2ykr
  • 表面レベル: 3.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-1884.jpeg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1884.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the map of RsgA-30S-GMPPNP complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.9 Å/pix.
x 125 pix.
= 362.5 Å		2.9 Å/pix.
x 125 pix.
= 362.5 Å		2.9 Å/pix.
x 125 pix.
= 362.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.16 / ムービー #1: 3.16
最小 - 最大-6.45114 - 19.771000000000001
平均 (標準偏差)0.106065 (±1.37118)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-62-62-62
サイズ125125125
Spacing125125125
セルA=B=C: 362.5 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.92.92.9
M x/y/z125125125
origin x/y/z-0.000-0.000-0.000
length x/y/z362.500362.500362.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-62-62-62
NC/NR/NS125125125
D min/max/mean-6.45119.7710.106

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RsgA-30S ribosome-GMPPNP complex

全体名称: RsgA-30S ribosome-GMPPNP complex
要素
  • 試料: RsgA-30S ribosome-GMPPNP complex
  • 複合体: 30S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: RsgA
  • リガンド: Guanylyl Imidodiphosphate

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超分子 #1000: RsgA-30S ribosome-GMPPNP complex

超分子名称: RsgA-30S ribosome-GMPPNP complex / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One RsgA binds to one 30S ribosome in the presence of one GMPPNP
Number unique components: 3
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa / 手法: Sedimentation

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超分子 #1: 30S ribosome

超分子名称: 30S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 30S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S
由来(天然)生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)

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分子 #1: RsgA

分子名称: RsgA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RsgA / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5a / Organelle: cellular
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pET28b

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分子 #2: Guanylyl Imidodiphosphate

分子名称: Guanylyl Imidodiphosphate / タイプ: ligand / ID: 2 / Name.synonym: GMP-PNP / 組換発現: No
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 20 mM Tris-HCl,150 mM NH4Cl,10 mM Mg(OAc)2
グリッド詳細: 300 mesh Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 4 K / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot. Rapid-freezing in liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.85 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Maps from each defocus group
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: The final map is processed with an additional amplitude correction procedure.
使用した粒子像数: 77483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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