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- EMDB-18825: Structure of C. thermophilum RNA exosome core -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18825
タイトルStructure of C. thermophilum RNA exosome core
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA exosome core (Exo9)
    • タンパク質・ペプチド: Rrp45
    • タンパク質・ペプチド: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Exoribonuclease-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component MTR3
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal RNA-processing protein 40
    • タンパク質・ペプチド: Putative exosome complex protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative exosome 3'->5 protein
キーワードnuclease / RNA degradation / RNA metabolism / RNA binding / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


CUT catabolic process / cytoplasmic exosome (RNase complex) / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...CUT catabolic process / cytoplasmic exosome (RNase complex) / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear mRNA surveillance / rRNA catabolic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / RNA processing / rRNA processing / nucleolus / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 ...Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / : / : / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / K Homology domain, type 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA-processing protein 42 / Ribosomal RNA-processing protein 40 / Ribosomal RNA-processing protein 43 / Exosome complex component RRP45 / Putative exosome complex protein / Uncharacterized protein / Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein / Putative exosome 3'->5 protein / Exosome complex component MTR3
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Lazzaretti D / Liebau J / Pilsl M / Sprangers R
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SP 1324/3-1 ドイツ
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: 4D structural biology-quantitative dynamics in the eukaryotic RNA exosome complex.
著者: Jobst Liebau / Daniela Lazzaretti / Torben Fürtges / Anna Bichler / Michael Pilsl / Till Rudack / Remco Sprangers /
要旨: Molecular machines play pivotal roles in all biological processes. Most structural methods, however, are unable to directly probe molecular motions. Here, we demonstrate that dedicated NMR ...Molecular machines play pivotal roles in all biological processes. Most structural methods, however, are unable to directly probe molecular motions. Here, we demonstrate that dedicated NMR experiments can provide quantitative insights into functionally important dynamic regions in very large asymmetric protein complexes. We establish this for the 410 kDa eukaryotic RNA exosome complex that contains ten distinct protein chains. Methyl-group and fluorine NMR experiments reveal site-specific interactions among subunits and with an RNA substrate. Furthermore, we extract quantitative insights into conformational changes within the complex in response to substrate and subunit binding for regions that are invisible in static cryo-EM and crystal structures. In particular, we identify a flexible plug region that can block an aberrant route for RNA towards the active site. Based on molecular dynamics simulations and NMR data, we provide a model that shows how the flexible plug is structured in the open and closed conformations. Our work thus demonstrates that a combination of state-of-the-art structural biology methods can provide quantitative insights into large molecular machines that go significantly beyond the well-resolved and static images of biomolecular complexes, thereby adding the time domain to structural biology.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Beyond static structures: quantitative dynamics in the eukaryotic RNA exosome complex
著者: Liebau J / Lazzaretti D / Bichler A / Pilsl M / Sprangers R
履歴
登録2023年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月17日-
マップ公開2024年7月17日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18825.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18825.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.77 Å/pix.
x 256 pix.
= 197.632 Å		0.77 Å/pix.
x 256 pix.
= 197.632 Å		0.77 Å/pix.
x 256 pix.
= 197.632 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.772 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.0075539066 - 0.019743063
平均 (標準偏差)0.000024314744 (±0.0010618538)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 197.632 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Post-processed map (deepEMhancer)

ファイルemd_18825_additional_1.map
注釈Post-processed map (deepEMhancer)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_18825_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18825_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA exosome core (Exo9)

全体名称: RNA exosome core (Exo9)
要素
  • 複合体: RNA exosome core (Exo9)
    • タンパク質・ペプチド: Rrp45
    • タンパク質・ペプチド: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Exoribonuclease-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component MTR3
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal RNA-processing protein 40
    • タンパク質・ペプチド: Putative exosome complex protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative exosome 3'->5 protein

+
超分子 #1: RNA exosome core (Exo9)

超分子名称: RNA exosome core (Exo9) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 294 KDa

+
分子 #1: Rrp45

分子名称: Rrp45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 32.470098 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPREVEPSLS ERQFVLQALQ EGLRLDGRQL DQYRPLSLTF GDQYGVADVT FGKTRVLAKA SAEVTVPYAD RPLDGIFTIA TELSPMTSP TFEVNRPTET EVLLSRLLEK TIRRSGALDT ESLCLVAGQK CWSIRVDVHV MSHDGNLVDA ACIAVVAALR H FRKPDTSI ...文字列:
MPREVEPSLS ERQFVLQALQ EGLRLDGRQL DQYRPLSLTF GDQYGVADVT FGKTRVLAKA SAEVTVPYAD RPLDGIFTIA TELSPMTSP TFEVNRPTET EVLLSRLLEK TIRRSGALDT ESLCLVAGQK CWSIRVDVHV MSHDGNLVDA ACIAVVAALR H FRKPDTSI ESGVLTIYTP AEREPVPLSW LHTPFCVTWS FFGDEGEIAV LDATWLEEQV RVGSCTISMN KHGEICQIAK LG GTPVEAV SLLQCTSIAL TKVKEFSDLV DKKLAEDFKR RNPGGLLKEL KAENDR

UniProtKB: Exosome complex component RRP45

+
分子 #2: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein

分子名称: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 29.986879 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPLDTSTYKL ALLRVDGRRW NELRRVHAQI RTQAAADGSS YLEMGHTKVM CVVTGPSEPG PRRGTGAGTT GGGGAGGAGG GGSGGQGKE AEVVVSIVIA GFSSVDRKRH GRNDKRIIEM QSTVANALSA SLHTHLFPHS QITISLHVLS QDGSLLAALI N AATLACVD ...文字列:
MPLDTSTYKL ALLRVDGRRW NELRRVHAQI RTQAAADGSS YLEMGHTKVM CVVTGPSEPG PRRGTGAGTT GGGGAGGAGG GGSGGQGKE AEVVVSIVIA GFSSVDRKRH GRNDKRIIEM QSTVANALSA SLHTHLFPHS QITISLHVLS QDGSLLAALI N AATLACVD AGIPMTDYVV ACTAGSTSTY AANDENADPL LDLNHQEEQE LPWLTVATLG ESDKVAVLVC ESRVQVSRLE GM LAVGVDG CKQIRAILDH VVRQKGRRMI REGAVEKGVS LDDMDED

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #3: Exoribonuclease-like protein

分子名称: Exoribonuclease-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 39.553035 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MATDAASAPH SLTFPRGIFA KLSPHPYLLR TLCPDPSNSS STPQRTNGRR PNEARPFRVN LGSLSHAHGS ALVRAGDTTV LCGVRGEVL PVERIPLFRQ PDVNGSGIGA TVGRGELKEY DLLVPNIELA TGSAPQFLPG VPPTALAQTL STRVYSLLHS T RLVSAEEL ...文字列:
MATDAASAPH SLTFPRGIFA KLSPHPYLLR TLCPDPSNSS STPQRTNGRR PNEARPFRVN LGSLSHAHGS ALVRAGDTTV LCGVRGEVL PVERIPLFRQ PDVNGSGIGA TVGRGELKEY DLLVPNIELA TGSAPQFLPG VPPTALAQTL STRVYSLLHS T RLVSAEEL RIWYRPVATN RSKEGEDVEM EEECQEESGE EQDRVVAYWV LYIDLVFLSF DGNPFDVAWA AVVAALRDTK LP VARWDPD REMVVCSKTE TMKLTIKGLP IACSAAVFLE KEHGEVAVGE KNRHWILLDP DRLEESLCKE VITMVVDFSD GET RIRAIE KQGGTVFGRE LIRSFALVAE DRWKVVKEVM K

UniProtKB: Ribosomal RNA-processing protein 43

+
分子 #4: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein

分子名称: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 27.979668 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTTTTATTAP EAALGVLPRA DGSARYSHAG YTVTASVNGP IEAQRRDEHP YEAHVDVIVR PAAGVGGTRE RHLESILQSS FAQIILVKS FPRSLIQIVL QVEESPENEY VNTKLVQASL NFAVMPALFQ TAMLALLSAG VPMRATATAT AIALASENGA T KTLIDPSP ...文字列:
MTTTTATTAP EAALGVLPRA DGSARYSHAG YTVTASVNGP IEAQRRDEHP YEAHVDVIVR PAAGVGGTRE RHLESILQSS FAQIILVKS FPRSLIQIVL QVEESPENEY VNTKLVQASL NFAVMPALFQ TAMLALLSAG VPMRATATAT AIALASENGA T KTLIDPSP RQVELAQSVH VFAFTSQDEL LLAESEGDFT IKEWDAAYET AKNICCRPSP TMDGVQMMAI DDDRLVGPDL RH FIRSTME AKVATDLHWK S

UniProtKB: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein

+
分子 #5: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein

分子名称: Exoribonuclease phosphorolytic domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 43.949383 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSAASSQHVL LSPAELAYLH ASLSLTPPIR PDGRSPTQFR PLIAETGILP GANGSARVCF ADGTEAIVGV KAEVEKTVSR SKEDEEVGL LVASAGDMDV DDEEGYAKVG ADNRTGEASW VEITVEIPGV RDDDSGMVFL AQLLGEALLA DGEFVKKLWI N RRYHWKLY ...文字列:
MSAASSQHVL LSPAELAYLH ASLSLTPPIR PDGRSPTQFR PLIAETGILP GANGSARVCF ADGTEAIVGV KAEVEKTVSR SKEDEEVGL LVASAGDMDV DDEEGYAKVG ADNRTGEASW VEITVEIPGV RDDDSGMVFL AQLLGEALLA DGEFVKKLWI N RRYHWKLY IDILLISPPL SYPLPLLSLT THLALLSTRL PRLKSEGDED PYFDDDWAVA PYLFPRSSSA SKSSKSSPTQ PT TRPPITL LVMAVGNNIL FDPSKEELAV ADVALAVSVT ATDVDPDESD AQKETATATA GPDSADAAKR GRKLRLLSIR TID PPSRLT PPGVPNSTNP AAIYGTTSSS GTNGNGQPQQ KVESGKISEP IEPIEGVWRA PRGGAKRLVL GALVQKVLEK GGVV DEVLD ALEGVELT

UniProtKB: Ribosomal RNA-processing protein 42

+
分子 #6: Exosome complex component MTR3

分子名称: Exosome complex component MTR3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 30.541703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTDRRRINGP AGATIPPVYE DSGISEVKAL KIRSRPSNII RKIYLKTGVT PSASGSAYLE LETSANSGVS GLKLSCTVHG PRSLPRSSP FSPHMVVSTH VKYAPFATKQ RRGYLRDPTE RDLGIHLEAA LRGAIIADRW PKSGVDIIIS IIEGDQDREA S KTQGDEVW ...文字列:
MTDRRRINGP AGATIPPVYE DSGISEVKAL KIRSRPSNII RKIYLKTGVT PSASGSAYLE LETSANSGVS GLKLSCTVHG PRSLPRSSP FSPHMVVSTH VKYAPFATKQ RRGYLRDPTE RDLGIHLEAA LRGAIIADRW PKSGVDIIIS IIEGDQDREA S KTQGDEVW DMMNTLSGCI TVASAALADA GIDCVDTVAG GVAALVQDSD GSPEIVVDPI PSEHRKILAA CCVAYLPMRD EV TNLWFRG DLPASDMDLY TELVEKGIQA SRSANRVLVD CLTETVG

UniProtKB: Exosome complex component MTR3

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分子 #7: Ribosomal RNA-processing protein 40

分子名称: Ribosomal RNA-processing protein 40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 27.955145 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSTTTRPFVL PGETIDPSLV PTHPKHPLRL GPGLRHVPPS DIIPTVAGQL ITNLNKNSMW VEYNSQRYVP TQNDLVLAQV LRSTQDSYL CLITPHTPPA TLPHLAFESA TKKTRPQLQP GQLVYARVSL ANRHMDPELE CVNPSTGKAD GLGPITGPGC V FEVSLGFA ...文字列:
MSTTTRPFVL PGETIDPSLV PTHPKHPLRL GPGLRHVPPS DIIPTVAGQL ITNLNKNSMW VEYNSQRYVP TQNDLVLAQV LRSTQDSYL CLITPHTPPA TLPHLAFESA TKKTRPQLQP GQLVYARVSL ANRHMDPELE CVNPSTGKAD GLGPITGPGC V FEVSLGFA RRLLMAKSRE EGKVGVLEML AGEDPSIGEA GAGLAFETAV GRNGRVWVGS EDVKTVIIVG RALQETDRGN LT IEGQRKL VRRLLREMR

UniProtKB: Ribosomal RNA-processing protein 40

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分子 #8: Putative exosome complex protein

分子名称: Putative exosome complex protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 38.403348 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPITIHAPLP PPRLHDEDSD VDMSSDSDSS SEGGVPLTSN LPSRAKPKSS LFTTTKSSSD IVTPGELITT SPQFMRGHGT YIPPGTTSI ISSVAGTILR TNKLLSVRPL RARYTPEVGD LVVGRIIEVQ ARRWRVDVGS TQFASLPLSA INLPGGILRK R TETDELQM ...文字列:
MPITIHAPLP PPRLHDEDSD VDMSSDSDSS SEGGVPLTSN LPSRAKPKSS LFTTTKSSSD IVTPGELITT SPQFMRGHGT YIPPGTTSI ISSVAGTILR TNKLLSVRPL RARYTPEVGD LVVGRIIEVQ ARRWRVDVGS TQFASLPLSA INLPGGILRK R TETDELQM RSFFSEGDLL VAEVQGVYGD GGAVLHTRSL KYGKLRNGVF VAVSGMGGGG GVVRSRRQVW TLEGANGAGL ID VVLGVNG YVWIAKHTED GPGEDPNAST KQVGITNLEE GMSANMYSSQ NDRIEAETMR EIARLRGVVM ALVENGLRVD EDM VMRGYR EAVEMALVSP EGPEDVYLGG ERGRQLAAAL TA

UniProtKB: Putative exosome complex protein

+
分子 #9: Putative exosome 3'->5 protein

分子名称: Putative exosome 3'->5 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 23.886416 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTTTQPTLAL PGQLLGPISK YQPGPGTHVH ESNLYSSLLG TVHVTQPARA PGPVKRLNRI TPAPTPAELP TISVSAARPA GSAASGLVT GRKREILPEV GNIVLCRVIR ITPRQAVVTI LVCGDTVLDA EWQGLIRVQD IRATEKDRVK VYESFRPGDI V RAEVISLG ...文字列:
MTTTQPTLAL PGQLLGPISK YQPGPGTHVH ESNLYSSLLG TVHVTQPARA PGPVKRLNRI TPAPTPAELP TISVSAARPA GSAASGLVT GRKREILPEV GNIVLCRVIR ITPRQAVVTI LVCGDTVLDA EWQGLIRVQD IRATEKDRVK VYESFRPGDI V RAEVISLG DQANYYLSTA RNELGVILAT SEAGNTMYPV SWREYRDPIT GLTELRKVAK PY

UniProtKB: Putative exosome 3'->5 protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.53 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
4.0 mMNaH2PO4Sodium phosphate (monobasic)
16.0 mMNa2HPO4Sodium phosphate (dibasic)
300.0 mMNaClSodium chloride
1.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol

詳細: 20 mM Na-Phosphate buffer pH 7.5, 300 mM NaCl, 1 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 200 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
詳細: Grids were glow discharged twice at 15 mA, 0.39 mBar, for 100 seconds each time
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Sample volume 3 ul Wait time 5 s, Blot time 5 s, Delay time 0 s Force 12.
詳細Sample frozen directly after S200 size exclusion column

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 200
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6579 / 平均露光時間: 6.5 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2448810
CTF補正ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 4.0.1), CTFFIND (ver. 4.1))
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Initial model generated in RELION from 1541277 particles after 2D classes selection
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1) / 使用した粒子像数: 276958
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
詳細: Separated particles with missing subunits in cap or barrel
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細PDB ID
source_name: Modeller, initial_model_type: in silico modelmulti-template models built using structures of homolog proteins
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

3-f1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8r1o:
Structure of C. thermophilum RNA exosome core

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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