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- EMDB-18778: Structure of DNMT3A1 UDR region bound to H2AK119ub nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18778
タイトルStructure of DNMT3A1 UDR region bound to H2AK119ub nucleosome
マップデータcanonical DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub map
試料
  • 複合体: DNMT3A1-DNMT3L in complex with a human H2AKc119ub nucleosome wrapped with 195bp of Widom-601 positioning DNA
    • 複合体: H2AKc119ub Nucleosome wrapped with 195 bp Widom601 DNA
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3 (Fragment)
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
      • DNA: DNA (145-MER)
      • DNA: DNA (145-MER)
    • 複合体: DNMT3A1-DNMT3L complex
      • タンパク質・ペプチド: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
    • 複合体: Ubiquitin
キーワードChromatin / Nucleosome / methyltransferase / Ubiquitin / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / positive regulation of cellular response to hypoxia / protein-cysteine methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / SUMOylation of DNA methylation proteins ...transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / positive regulation of cellular response to hypoxia / protein-cysteine methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / SUMOylation of DNA methylation proteins / XY body / oocyte development / response to vitamin A / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / response to ionizing radiation / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / lncRNA binding / chromosome, centromeric region / cellular response to ethanol / catalytic complex / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / heterochromatin / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / RNA Polymerase I Promoter Opening / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / Inhibition of DNA recombination at telomere / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Meiotic synapsis / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / post-embryonic development / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / response to cocaine / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / cellular response to amino acid stimulus / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / euchromatin / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / G2/M DNA damage checkpoint / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / NoRC negatively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / response to lead ion / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Meiotic recombination / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / response to toxic substance / Metalloprotease DUBs / Transcriptional regulation of granulopoiesis / nuclear matrix / RMTs methylate histone arginines / neuron differentiation / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / transcription corepressor activity / response to estradiol / nucleosome / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heterochromatin formation / nucleosome assembly / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / antibacterial humoral response / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / chromatin organization / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / methylation / Oxidative Stress Induced Senescence / spermatogenesis
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / : ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / : / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3 / Histone H2A type 1 / Histone H4 / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wapenaar H / Wilson MD
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust210493/Z/18/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)T029471/1 英国
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2024
タイトル: The N-terminal region of DNMT3A engages the nucleosome surface to aid chromatin recruitment.
著者: Hannah Wapenaar / Gillian Clifford / Willow Rolls / Moira Pasquier / Hayden Burdett / Yujie Zhang / Gauri Deák / Juan Zou / Christos Spanos / Mark R D Taylor / Jacquie Mills / James A Watson ...著者: Hannah Wapenaar / Gillian Clifford / Willow Rolls / Moira Pasquier / Hayden Burdett / Yujie Zhang / Gauri Deák / Juan Zou / Christos Spanos / Mark R D Taylor / Jacquie Mills / James A Watson / Dhananjay Kumar / Richard Clark / Alakta Das / Devisree Valsakumar / Janice Bramham / Philipp Voigt / Duncan Sproul / Marcus D Wilson /
要旨: DNA methyltransferase 3A (DNMT3A) plays a critical role in establishing and maintaining DNA methylation patterns in vertebrates. Here we structurally and biochemically explore the interaction of ...DNA methyltransferase 3A (DNMT3A) plays a critical role in establishing and maintaining DNA methylation patterns in vertebrates. Here we structurally and biochemically explore the interaction of DNMT3A1 with diverse modified nucleosomes indicative of different chromatin environments. A cryo-EM structure of the full-length DNMT3A1-DNMT3L complex with a H2AK119ub nucleosome reveals that the DNMT3A1 ubiquitin-dependent recruitment (UDR) motif interacts specifically with H2AK119ub and makes extensive contacts with the core nucleosome histone surface. This interaction facilitates robust DNMT3A1 binding to nucleosomes, and previously unexplained DNMT3A disease-associated mutations disrupt this interface. Furthermore, the UDR-nucleosome interaction synergises with other DNMT3A chromatin reading elements in the absence of histone ubiquitylation. H2AK119ub does not stimulate DNMT3A DNA methylation activity, as observed for the previously described H3K36me2 mark, which may explain low levels of DNA methylation on H2AK119ub marked facultative heterochromatin. This study highlights the importance of multivalent binding of DNMT3A to histone modifications and the nucleosome surface and increases our understanding of how DNMT3A1 chromatin recruitment occurs.
履歴
登録2023年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月23日-
マップ公開2024年10月23日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18778.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈canonical DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub map
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.336 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.336 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.336 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
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表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.36610663 - 0.8900524
平均 (標準偏差)0.0004845655 (±0.023594815)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 318.336 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18778_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub processed in relion with circular mask...

ファイルemd_18778_additional_1.map
注釈DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub processed in relion with circular mask and offset applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: canonical DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub map sharpened with bfactor -50

ファイルemd_18778_additional_2.map
注釈canonical DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub map sharpened with bfactor -50
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub processed by homogenous refinement with wider...

ファイルemd_18778_additional_3.map
注釈DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub processed by homogenous refinement with wider mask (map 2)
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub processed by homogenous refinement with wider...

ファイルemd_18778_additional_4.map
注釈DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub processed by homogenous refinement with wider mask (map 2)
投影像・断面図
軸ZYX

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ハーフマップ: canonical DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub halfmap 1

ファイルemd_18778_half_map_1.map
注釈canonical DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub halfmap 1
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: canonical DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub halfmap 2

ファイルemd_18778_half_map_2.map
注釈canonical DNMT3A1-DNMt3L-NCP H2AK119ub halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : DNMT3A1-DNMT3L in complex with a human H2AKc119ub nucleosome wrap...

全体名称: DNMT3A1-DNMT3L in complex with a human H2AKc119ub nucleosome wrapped with 195bp of Widom-601 positioning DNA
要素
  • 複合体: DNMT3A1-DNMT3L in complex with a human H2AKc119ub nucleosome wrapped with 195bp of Widom-601 positioning DNA
    • 複合体: H2AKc119ub Nucleosome wrapped with 195 bp Widom601 DNA
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3 (Fragment)
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
      • DNA: DNA (145-MER)
      • DNA: DNA (145-MER)
    • 複合体: DNMT3A1-DNMT3L complex
      • タンパク質・ペプチド: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
    • 複合体: Ubiquitin

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超分子 #1: DNMT3A1-DNMT3L in complex with a human H2AKc119ub nucleosome wrap...

超分子名称: DNMT3A1-DNMT3L in complex with a human H2AKc119ub nucleosome wrapped with 195bp of Widom-601 positioning DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 147 KDa

+
超分子 #2: H2AKc119ub Nucleosome wrapped with 195 bp Widom601 DNA

超分子名称: H2AKc119ub Nucleosome wrapped with 195 bp Widom601 DNA
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: DNMT3A1-DNMT3L complex

超分子名称: DNMT3A1-DNMT3L complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Ubiquitin

超分子名称: Ubiquitin / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Histone H3 (Fragment)

分子名称: Histone H3 (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.257838 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVGLFEDTNL AAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: H2A crosslinked at K119C with acetone linker to ubiquitin G76C
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.964305 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKA RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLGK VTIAQGGVLP NIQAVLLPKC TESHHKAKGK

UniProtKB: Histone H2A type 1

+
分子 #4: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

分子名称: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.806018 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK AQKKDGKKRK RSRKESYSVY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSSK

UniProtKB: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

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分子 #7: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

分子名称: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: copurified with DNMT3L / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 102.269734 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMPAMPSS GPGDTSSSAA EREEDRKDGE EQEEPRGKEE RQEPSTTARK VGRPGRKRKH PPVESGDTPK DPAVISKSPS MAQDSGASE LLPNGDLEKR SEPQPEEGSP AGGQKGGAPA EGEGAAETLP EASRAVENGC CTPKEGRGAP AEAGKEQKET N IESMKMEG ...文字列:
SNAMPAMPSS GPGDTSSSAA EREEDRKDGE EQEEPRGKEE RQEPSTTARK VGRPGRKRKH PPVESGDTPK DPAVISKSPS MAQDSGASE LLPNGDLEKR SEPQPEEGSP AGGQKGGAPA EGEGAAETLP EASRAVENGC CTPKEGRGAP AEAGKEQKET N IESMKMEG SRGRLRGGLG WESSLRQRPM PRLTFQAGDP YYISKRKRDE WLARWKREAE KKAKVIAGMN AVEENQGPGE SQ KVEEASP PAVQQPTDPA SPTVATTPEP VGSDAGDKNA TKAGDDEPEY EDGRGFGIGE LVWGKLRGFS WWPGRIVSWW MTG RSRAAE GTRWVMWFGD GKFSVVCVEK LMPLSSFCSA FHQATYNKQP MYRKAIYEVL QVASSRAGKL FPVCHDSDES DTAK AVEVQ NKPMIEWALG GFQPSGPKGL EPPEEEKNPY KEVYTDMWVE PEAAAYAPPP PAKKPRKSTA EKPKVKEIID ERTRE RLVY EVRQKCRNIE DICISCGSLN VTLEHPLFVG GMCQNCKNCF LECAYQYDDD GYQSYCTICC GGREVLMCGN NNCCRC FCV ECVDLLVGPG AAQAAIKEDP WNCYMCGHKG TYGLLRRRED WPSRLQMFFA NNHDQEFDPP KVYPPVPAEK RKPIRVL SL FDGIATGLLV LKDLGIQVDR YIASEVCEDS ITVGMVRHQG KIMYVGDVRS VTQKHIQEWG PFDLVIGGSP CNDLSIVN P ARKGLYEGTG RLFFEFYRLL HDARPKEGDD RPFFWLFENV VAMGVSDKRD ISRFLESNPV MIDAKEVSAA HRARYFWGN LPGMNRPLAS TVNDKLELQE CLEHGRIAKF SKVRTITTRS NSIKQGKDQH FPVFMNEKED ILWCTEMERV FGFPVHYTDV SNMSRLARQ RLLGRSWSVP VIRHLFAPLK EYFACV

UniProtKB: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

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分子 #5: DNA (145-MER)

分子名称: DNA (145-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 60.64259 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG) (DC)(DG)(DT)(DA)(DT) ...文字列:
(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG) (DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DA) (DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DG)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)

+
分子 #6: DNA (145-MER)

分子名称: DNA (145-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 59.771035 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA) (DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DA)(DT) (DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA) (DG) (DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC) (DC)(DA)(DC)(DC)

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.13 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
15.0 mMC8H18N2O4SHEPES
65.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
0.1 mMC15H22N6O5SS-Adenosyl methionine

詳細: 15 mM HEPES pH 7.5, 65 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.1 mM S-Adenosyl methionine
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 15491 / 平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 7826521
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 191397
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 191397 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細PDB ID
chain_id: K, source_name: Other, initial_model_type: in silico modelModel Angelo
source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7xd1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 50
得られたモデル

PDB-8qzm:
Structure of DNMT3A1 UDR region bound to H2AK119ub nucleosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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