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万見
- EMDB-18744: Stimulated rat synaptosome. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18744
タイトルStimulated rat synaptosome.
マップデータstimulated rat synaptosome
試料
  • 細胞: Stimulated rat synaptosome
キーワードsynapse / neurotransmission / EXOCYTOSIS
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Radecke J / Seeger R / Zuber B
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A_179520 スイス
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2023
タイトル: Morphofunctional changes at the active zone during synaptic vesicle exocytosis.
著者: Julika Radecke / Raphaela Seeger / Anna Kádková / Ulrike Laugks / Amin Khosrozadeh / Kenneth N Goldie / Vladan Lučić / Jakob B Sørensen / Benoît Zuber /
要旨: Synaptic vesicle (SV) fusion with the plasma membrane (PM) proceeds through intermediate steps that remain poorly resolved. The effect of persistent high or low exocytosis activity on intermediate ...Synaptic vesicle (SV) fusion with the plasma membrane (PM) proceeds through intermediate steps that remain poorly resolved. The effect of persistent high or low exocytosis activity on intermediate steps remains unknown. Using spray-mixing plunge-freezing cryo-electron tomography we observe events following synaptic stimulation at nanometer resolution in near-native samples. Our data suggest that during the stage that immediately follows stimulation, termed early fusion, PM and SV membrane curvature changes to establish a point contact. The next stage-late fusion-shows fusion pore opening and SV collapse. During early fusion, proximal tethered SVs form additional tethers with the PM and increase the inter-SV connector number. In the late-fusion stage, PM-proximal SVs lose their interconnections, allowing them to move toward the PM. Two SNAP-25 mutations, one arresting and one disinhibiting spontaneous release, cause connector loss. The disinhibiting mutation causes loss of membrane-proximal multiple-tethered SVs. Overall, tether formation and connector dissolution are triggered by stimulation and respond to spontaneous fusion rate manipulation. These morphological observations likely correspond to SV transition from one functional pool to another.
履歴
登録2023年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2023年11月8日-
現状2023年11月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18744.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18744.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 126.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈stimulated rat synaptosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 22.4 Å
密度
最小 - 最大-11278.0 - 5441.0
平均 (標準偏差)209.149020000000007 (±220.108630000000005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-153-15188
サイズ656576176
Spacing576656176
セルA: 12902.399 Å / B: 14694.399 Å / C: 3942.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Stimulated rat synaptosome

全体名称: Stimulated rat synaptosome
要素
  • 細胞: Stimulated rat synaptosome

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超分子 #1: Stimulated rat synaptosome

超分子名称: Stimulated rat synaptosome / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: sprayed with KCl milliseconds before freezing in order to stimulate exocytosis.
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: Brain / 組織: Cortex

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
140.0 mMNaClsodium chloride
52.0 mMKClpotassium chloride
5.0 mMNaHCO3sodium bicarbonate
1.2 mMNa2HPO4disodium hydrogen phosphate
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
10.0 mMC6H12O6glucose
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
1.0 mMCaCl2calcium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: AURION Immuno Gold Reagents & Accessories / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 1.96 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 12.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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