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万見- EMDB-18714: Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (most unwrapped) -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18714 | |||||||||
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タイトル | Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (most unwrapped) | |||||||||
マップデータ | Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (most unwrapped) | |||||||||
試料 |
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キーワード | Nucleosome / canonical / H3 / Histones / Human / DNA / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Ali-Ahmad A / Sekulic N | |||||||||
資金援助 | ノルウェー, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: CENP-A and CENP-B collaborate to create an open centromeric chromatin state. 著者: Harsh Nagpal / Ahmad Ali-Ahmad / Yasuhiro Hirano / Wei Cai / Mario Halic / Tatsuo Fukagawa / Nikolina Sekulić / Beat Fierz / 要旨: Centromeres are epigenetically defined via the presence of the histone H3 variant CENP-A. Contacting CENP-A nucleosomes, the constitutive centromere associated network (CCAN) and the kinetochore ...Centromeres are epigenetically defined via the presence of the histone H3 variant CENP-A. Contacting CENP-A nucleosomes, the constitutive centromere associated network (CCAN) and the kinetochore assemble, connecting the centromere to spindle microtubules during cell division. The DNA-binding centromeric protein CENP-B is involved in maintaining centromere stability and, together with CENP-A, shapes the centromeric chromatin state. The nanoscale organization of centromeric chromatin is not well understood. Here, we use single-molecule fluorescence and cryoelectron microscopy (cryoEM) to show that CENP-A incorporation establishes a dynamic and open chromatin state. The increased dynamics of CENP-A chromatin create an opening for CENP-B DNA access. In turn, bound CENP-B further opens the chromatin fiber structure and induces nucleosomal DNA unwrapping. Finally, removal of CENP-A increases CENP-B mobility in cells. Together, our studies show that the two centromere-specific proteins collaborate to reshape chromatin structure, enabling the binding of centromeric factors and establishing a centromeric chromatin state. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18714.map.gz | 8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18714-v30.xml emd-18714.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18714_fsc.xml | 7.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18714.png | 54.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18714.cif.gz | 5 KB | ||
その他 | emd_18714_half_map_1.map.gz emd_18714_half_map_2.map.gz | 14.5 MB 14.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18714 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18714 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18714_validation.pdf.gz | 851.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18714_full_validation.pdf.gz | 851.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18714_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18714_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18714 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18714 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18714.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (most unwrapped) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.584 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18714_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18714_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (most unwrapped)
全体 | 名称: Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (most unwrapped) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (most unwrapped)
超分子 | 名称: Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (most unwrapped) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Human histone H3
分子 | 名称: Human histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSMARTKQTA RKSTGGKAPR KQLATKAARK SAPSTGGVKK PHRYRPGTVA LREIRRYQKS TELLIRKLPF QRLVREIAQD FKTDLRFQSA AIGALQEASE AYLVGLFEDT NLCAIHAKRV TIMPKDIQLA RRIRGERA |
-分子 #2: Human H4 histone
分子 | 名称: Human H4 histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSMSGRGKGG KGLGKGGAKR HRKVLRDNIQ GITKPAIRRL ARRGGVKRIS GLIYEETRGV LKVFLENVIR DAVTYTEHAK RKTVTAMDVV YALKRQGRTL YGFGG |
-分子 #3: Human histone H2A
分子 | 名称: Human histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPLGMSGRGK QGGKARAKAK SRSSRAGLQF PVGRVHRLLR KGNYAERVGA GAPVYMAAVL EYLTAEILEL AGNAARDNKK TRIIPRHLQL AIRNDEELNK LLGKVTIAQG GVLPNIQAVL LPKKTESHHK AKGK |
-分子 #4: Human histone H2B
分子 | 名称: Human histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSV YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSSK |
-分子 #5: human alpha-satellite DNA
分子 | 名称: human alpha-satellite DNA / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GGAGGATTTC GTTGGAAACG GGATCAACTT CCCATAACTG AACGGAAGCA AACTCAGAAC ATTCTTTGTG ATGTTTGTAT TCAACTCACA GAGTTGAACC TTCCTTTGAT AGTTCAGGTT TGCAACACCC TTGTAGTAGA ATCTGCAAGT GTATATTTTG ACCACTTTGG A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 6 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |