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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (Class1: most wrapped DNA) | |||||||||
![]() | Human H3 nucleosome assembled on aplha-satellite DNA | |||||||||
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![]() | Nucleosome / canonical / H3 / Histones / Human / DNA / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å | |||||||||
![]() | Ali-Ahmad A / Sekulic N | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CENP-A and CENP-B collaborate to create an open centromeric chromatin state. 著者: Harsh Nagpal / Ahmad Ali-Ahmad / Yasuhiro Hirano / Wei Cai / Mario Halic / Tatsuo Fukagawa / Nikolina Sekulić / Beat Fierz / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Centromeres are epigenetically defined via the presence of the histone H3 variant CENP-A. Contacting CENP-A nucleosomes, the constitutive centromere associated network (CCAN) and the kinetochore ...Centromeres are epigenetically defined via the presence of the histone H3 variant CENP-A. Contacting CENP-A nucleosomes, the constitutive centromere associated network (CCAN) and the kinetochore assemble, connecting the centromere to spindle microtubules during cell division. The DNA-binding centromeric protein CENP-B is involved in maintaining centromere stability and, together with CENP-A, shapes the centromeric chromatin state. The nanoscale organization of centromeric chromatin is not well understood. Here, we use single-molecule fluorescence and cryoelectron microscopy (cryoEM) to show that CENP-A incorporation establishes a dynamic and open chromatin state. The increased dynamics of CENP-A chromatin create an opening for CENP-B DNA access. In turn, bound CENP-B further opens the chromatin fiber structure and induces nucleosomal DNA unwrapping. Finally, removal of CENP-A increases CENP-B mobility in cells. Together, our studies show that the two centromere-specific proteins collaborate to reshape chromatin structure, enabling the binding of centromeric factors and establishing a centromeric chromatin state. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 88.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 68.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 178 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 165.1 MB 165.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Human H3 nucleosome assembled on aplha-satellite DNA | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.704 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18699_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18699_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA
全体 | 名称: Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA
超分子 | 名称: Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: H3 histone
分子 | 名称: H3 histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GSMARTKQTA RKSTGGKAPR KQLATKAARK SAPSTGGVKK PHRYRPGTVA LREIRRYQKS TELLIRKLPF QRLVREIAQD FKTDLRFQSA AIGALQEASE AYLVGLFEDT NLCAIHAKRV TIMPKDIQLA RRIRGERA |
-分子 #2: H4 histone
分子 | 名称: H4 histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GSMSGRGKGG KGLGKGGAKR HRKVLRDNIQ GITKPAIRRL ARRGGVKRIS GLIYEETRGV LKVFLENVIR DAVTYTEHAK RKTVTAMDVV YALKRQGRTL YGFGG |
-分子 #3: H2A histone
分子 | 名称: H2A histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SGMKETAAAK FERQHMDSPD LGTLEVLFQG PLGMSGRGKQ GGKARAKAKS RSSRAGLQFP VGRVHRLLRK GNYAERVGAG APVYMAAVLE YLTAEILELA GNAARDNKKT RIIPRHLQLA IRNDEELNKL LGKVTIAQGG VLPNIQAVLL PKKTESHHKA KGK |
-分子 #4: H2B histone
分子 | 名称: H2B histone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSV YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSSK |
-分子 #5: alpha-satellite DNA
分子 | 名称: alpha-satellite DNA / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GGAGGATTTC GTTGGAAACG GGATCAACTT CCCATAACTG AACGGAAGCA AACTCAGAAC ATTCTTTGTG ATGTTTGTAT TCAACTCACA GAGTTGAACC TTCCTTTGAT AGTTCAGGTT TGCAACACCC TTGTAGTAGA ATCTGCAAGT GTATATTTTG ACCACTTTGG A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 6 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |