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- EMDB-18695: Cryo-ET of cryo-FIB milled Ebola virus-VP30-GFP infected Huh7 cel... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18695
タイトルCryo-ET of cryo-FIB milled Ebola virus-VP30-GFP infected Huh7 cells at 22 hours post infection
マップデータCryo-ET of cryo-FIB milled Ebola virus-VP30-GFP infected Huh7 cells at 22 hours post infection.
試料
  • ウイルス: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
キーワードEbola virus infected cell / VIRUS
生物種Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Vallbracht M / Chlanda P
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)469065579 ドイツ
Other privateChica and Heinz Schaller Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Nucleocapsid assembly drives Ebola viral factory maturation and dispersion.
著者: Melina Vallbracht / Bianca S Bodmer / Konstantin Fischer / Jana Makroczyova / Sophie L Winter / Lisa Wendt / Moritz Wachsmuth-Melm / Thomas Hoenen / Petr Chlanda /
要旨: Replication and genome encapsidation of many negative-sense RNA viruses take place in virus-induced membraneless organelles termed viral factories (VFs). Although liquid properties of VFs are ...Replication and genome encapsidation of many negative-sense RNA viruses take place in virus-induced membraneless organelles termed viral factories (VFs). Although liquid properties of VFs are believed to control the transition from genome replication to nucleocapsid (NC) assembly, VF maturation and interactions with the cellular environment remain elusive. Here, we apply in situ cryo-correlative light and electron tomography to follow NC assembly and changes in VF morphology and their liquid properties during Ebola virus infection. We show that viral NCs transition from loosely packed helical assemblies in early VFs to compact cylinders that arrange into highly organized parallel bundles later in infection. Early VFs associate with intermediate filaments and are devoid of other host material but become progressively accessible to cellular components. Our data suggest that this process is coupled to VF solidification, loss of sphericity, and dispersion and promotes cytoplasmic exposure of NCs to facilitate their transport to budding sites.
履歴
登録2023年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18695.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18695.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 555 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-ET of cryo-FIB milled Ebola virus-VP30-GFP infected Huh7 cells at 22 hours post infection.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.68 Å/pix.
x 106 pix.
= 1132.08 Å		10.68 Å/pix.
x 1343 pix.
= 14343.24 Å		10.68 Å/pix.
x 1022 pix.
= 10914.96 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-2.259643 - 1.0432419
平均 (標準偏差)-0.43568373 (±0.30490214)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin49148
サイズ13431022106
Spacing10221343106
セルA: 10914.96 Å / B: 14343.24 Å / C: 1132.0801 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976

全体名称: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
要素
  • ウイルス: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)

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超分子 #1: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976

超分子名称: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: EBOLA-VP30-GFP Viruses was obtained using Ebola virus reverse genetics system.
NCBI-ID: 128952 / 生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Leica GP2.
詳細Cryo-ET of cryo-FIB milled Ebola virus-VP30-GFP infected Huh7 cells at 22 hours post infection
Cryo protectant10% glycerol
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.003 / 集束イオンビーム - 時間: 360 / 集束イオンビーム - 温度: 90 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 41
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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