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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18692 | |||||||||
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タイトル | Apo ReChb , Rec1 improved | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Cas / BIOSYNTHETIC PROTEIN / cryo-EM / ancestral sequence reconstruction / biotechnology | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Lopez-Alonso JP / Tascon I / Ubarretxena-Belandia I | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nature Biotechnology / 年: 2024 タイトル: A resurrected ancestor of Cas12a expands target access and substrate 2 recognition for nucleic-acid editing and detection 著者: Jabalera Y / Tascon I / Samperio S / Lopez-Alonso JP / Gonzalez-Lopez M / Aransay AM / Abascal-Palacios G / Beisel CL / Ubarretxena-Belandia I / Jimenez-Perez R | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18692.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18692-v30.xml emd-18692.xml | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18692_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18692.png | 125.1 KB | ||
マスクデータ | emd_18692_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18692.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_18692_half_map_1.map.gz emd_18692_half_map_2.map.gz | 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18692 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18692 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18692_validation.pdf.gz | 962.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18692_full_validation.pdf.gz | 962.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18692_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18692_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18692 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18692 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18692.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8238 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18692_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18692_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18692_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : apo ReChb
全体 | 名称: apo ReChb |
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要素 |
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-超分子 #1: apo ReChb
超分子 | 名称: apo ReChb / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: ReChb
分子 | 名称: ReChb / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPKMFSNFTN QYPLSKTLRF ELKPVGKTLE HIEKKGLLEQ DEKRAEDYKK VKKIIDEYHK DFIEEALNNV KLNGEGLEEY YELYFKKNKD DKDKKKKEFE KIQDNLRKQI VEAFKNHEKY KNLFKKELIK EDLPNWLKNS EDTGEEDKET VEKFKNFTTY FTGFHENRKN ...文字列: GPKMFSNFTN QYPLSKTLRF ELKPVGKTLE HIEKKGLLEQ DEKRAEDYKK VKKIIDEYHK DFIEEALNNV KLNGEGLEEY YELYFKKNKD DKDKKKKEFE KIQDNLRKQI VEAFKNHEKY KNLFKKELIK EDLPNWLKNS EDTGEEDKET VEKFKNFTTY FTGFHENRKN MYSDEEKSTA IAYRLIHENL PKFLDNMKVF EKIKEKHPEA EQLEKTLKDL GEEEVLGGNN VEDIFSLDYF NHTLTQSGID IYNTIIGGKT EEDGNKKIQG LNEYINLYRQ KNNEKNRKLP KLKPLYKQIL SDRESLSFIP EAFENDEELL EAIEEFYENL NFSNNNEATN VLEKLKELLS NLADYDLNKI YIRNDTSLTD ISQKIFGDWS VIKDALNAHY DQTYPKKKKK KSKEKLEEKR EKWLKKQKYF SIAELQEALD SYCKESDESK EQKENSIADY FKTLAQTKNE TDKKTDLIEN IKSKYQYPND KKLAQDKEFK DVEKIKAFLD SIMNLQHFVK PLHLVKGGSA GAEMEKDEAF YSEFEALYEE LSQVIPLYNK VRNYLTQKPY STEKIKLNFE NSTLLDGWDV NKETDNTSVL LRKDGLYYLG IMNKKHNKVF ENIPESNEND KCYEKMDYKL LPGANKMLPK VFFSNKNIDY FNPSAEILEI YENGTHKKSG DNFNLDDCHK LIDFFKESIN KHEDWKKFGF KFSPTSSYED ISGFYREVEQ QGYKISFKNI SESYIDELVD EGKLYLFQIY NKDFSPYSKG KPNLHTLYWK ALFDEENLKD VVYKLNGEAE VFYRKASINE TIVHKANEPI KNKNPLNPKK QSTFEYDIIK DRRYTVDKFQ FHVPITMNFK AEGNSNINDE VNEFLKGNAP DVNIIGIDRG ERHLLYLTLI DQKGKIVEQD SLNTITNEHN ETDYHALLDD KEKERDKARK SWGTIENIKE LKEGYLSQVV HKIAKLMVEH NAIVVMEDLN FGFKRGRFKV EKQVYQKFEK MLIDKLNYLV DKDKEPNEPG GLLNAYQLTN KFESFQKMGK QSGFLFYVPA WNTSKIDPTT GFVNLFHPRY ENVEKAKEFF NKFDSIRYNS EKDYFEFAFD YNNFTEKAEG TKWTVCTYGE RIKTYRNADK NNQWDSKEVN VTEEFKNLFD EYNIDYKNGN DLKEAILSQD DADFFKSLLH LLRLTLQMRN SITGTEIDYI ISPVANENGE FFDSRKADES LPKDADANGA YHIARKGLWV LEQIKQTDDL KKVNLAISNK EWLEFVQERK N |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 14874 / 平均露光時間: 2.1 sec. / 平均電子線量: 49.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |