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- EMDB-18689: Maps of Collagen VI half- and full-beads -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18689
タイトルMaps of Collagen VI half- and full-beads
マップデータfull-bead map, with one of the half-beads not in focus
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Collagen VI bead
    • タンパク質・ペプチド: CO6A1_HUMAN; Collagen alpha-1(VI) chain
    • タンパク質・ペプチド: CO6A2_HUMAN; Collagen alpha-2(VI) chain
    • タンパク質・ペプチド: CO6A3_HUMAN; Collagen alpha-3(VI) chain
キーワードCollagen / Extracellular matrix / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to polyamine macromolecule / response to bleomycin / regulation of collagen fibril organization / muscle cell apoptotic process / collagen type VI trimer / multicellular organismal locomotion / muscle system process / apoptotic nuclear changes / caveola assembly / reduction of food intake in response to dietary excess ...response to polyamine macromolecule / response to bleomycin / regulation of collagen fibril organization / muscle cell apoptotic process / collagen type VI trimer / multicellular organismal locomotion / muscle system process / apoptotic nuclear changes / caveola assembly / reduction of food intake in response to dietary excess / limb joint morphogenesis / mitochondrial transmembrane transport / skeletal muscle tissue growth / fat cell proliferation / extracellular matrix assembly / Collagen chain trimerization / response to decreased oxygen levels / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / platelet-derived growth factor binding / response to peptide / tissue remodeling / skeletal muscle fiber differentiation / basement membrane organization / lung epithelial cell differentiation / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / sensory perception of mechanical stimulus / collagen metabolic process / Signaling by PDGF / mitochondrial depolarization / myelination in peripheral nervous system / 2-oxoglutarate metabolic process / respiratory system process / energy reserve metabolic process / collagen trimer / skeletal muscle tissue regeneration / NCAM1 interactions / collagen fibril organization / cartilage development / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / response to pain / muscle organ development / response to muscle activity / regulation of cell size / lung alveolus development / intracellular vesicle / bone mineralization / transmission of nerve impulse / endodermal cell differentiation / myofibril / uterus development / lung morphogenesis / Collagen degradation / basement membrane / homeostasis of number of cells / single fertilization / hair follicle development / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / canonical Wnt signaling pathway / adipose tissue development / response to glucose / response to UV / response to mechanical stimulus / skeletal muscle fiber development / collagen binding / tricarboxylic acid cycle / extracellular matrix / reactive oxygen species metabolic process / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / sarcoplasmic reticulum / response to reactive oxygen species / glycolytic process / mitochondrion organization / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein tetramerization / cellular response to amino acid stimulus / serine-type endopeptidase inhibitor activity / cell morphogenesis / sarcolemma / bone development / autophagy / response to wounding / response to toxic substance / circadian rhythm / osteoblast differentiation / insulin receptor signaling pathway / extracellular vesicle / heart development / : / neuron apoptotic process / gene expression / response to lipopolysaccharide / cell adhesion / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / response to xenobiotic stimulus / lysosomal membrane / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Collagen alpha-3(VI) chain, vWA domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain ...Collagen alpha-3(VI) chain, vWA domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen alpha-1(VI) chain / Collagen alpha-2(VI) chain / Collagen alpha-3(VI) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Schulte T / Speranzini V / Chaves-Sanjuan A / Ricagno S
資金援助 イタリア, 1件
OrganizationGrant number国
Italian Ministry of EducationPRIN 2020 (20207XLJB2) イタリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Helical superstructures between amyloid and collagen in cardiac fibrils from a patient with AL amyloidosis.
著者: Tim Schulte / Antonio Chaves-Sanjuan / Valentina Speranzini / Kevin Sicking / Melissa Milazzo / Giulia Mazzini / Paola Rognoni / Serena Caminito / Paolo Milani / Chiara Marabelli / Alessandro ...著者: Tim Schulte / Antonio Chaves-Sanjuan / Valentina Speranzini / Kevin Sicking / Melissa Milazzo / Giulia Mazzini / Paola Rognoni / Serena Caminito / Paolo Milani / Chiara Marabelli / Alessandro Corbelli / Luisa Diomede / Fabio Fiordaliso / Luigi Anastasia / Carlo Pappone / Giampaolo Merlini / Martino Bolognesi / Mario Nuvolone / Rubén Fernández-Busnadiego / Giovanni Palladini / Stefano Ricagno /
要旨: Systemic light chain (LC) amyloidosis (AL) is a disease where organs are damaged by an overload of a misfolded patient-specific antibody-derived LC, secreted by an abnormal B cell clone. The high LC ...Systemic light chain (LC) amyloidosis (AL) is a disease where organs are damaged by an overload of a misfolded patient-specific antibody-derived LC, secreted by an abnormal B cell clone. The high LC concentration in the blood leads to amyloid deposition at organ sites. Indeed, cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has revealed unique amyloid folds for heart-derived fibrils taken from different patients. Here, we present the cryo-EM structure of heart-derived AL amyloid (AL59) from another patient with severe cardiac involvement. The double-layered structure displays a u-shaped core that is closed by a β-arc lid and extended by a straight tail. Noteworthy, the fibril harbours an extended constant domain fragment, thus ruling out the variable domain as sole amyloid building block. Surprisingly, the fibrils were abundantly concatenated with a proteinaceous polymer, here identified as collagen VI (COLVI) by immuno-electron microscopy (IEM) and mass-spectrometry. Cryogenic electron tomography (cryo-ET) showed how COLVI wraps around the amyloid forming a helical superstructure, likely stabilizing and protecting the fibrils from clearance. Thus, here we report structural evidence of interactions between amyloid and collagen, potentially signifying a distinct pathophysiological mechanism of amyloid deposits.
履歴
登録2023年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月17日-
マップ公開2024年7月17日-
更新2024年8月7日-
現状2024年8月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18689.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18689.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full-bead map, with one of the half-beads not in focus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.61 Å/pix.
x 384 pix.
= 1001.088 Å		2.61 Å/pix.
x 384 pix.
= 1001.088 Å		2.61 Å/pix.
x 384 pix.
= 1001.088 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.607 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-3.5774019 - 7.747102
平均 (標準偏差)-0.0013334955 (±0.1818145)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 1001.088 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18689_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_18689_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: composite map obtained by fitting the focused half-bead...

ファイルemd_18689_additional_2.map
注釈composite map obtained by fitting the focused half-bead map into the unfocused half-bead of the full map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map A associated with main map

ファイルemd_18689_half_map_1.map
注釈half-map A associated with main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map B associated with main map

ファイルemd_18689_half_map_2.map
注釈half-map B associated with main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Collagen VI bead

全体名称: Collagen VI bead
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Collagen VI bead
    • タンパク質・ペプチド: CO6A1_HUMAN; Collagen alpha-1(VI) chain
    • タンパク質・ペプチド: CO6A2_HUMAN; Collagen alpha-2(VI) chain
    • タンパク質・ペプチド: CO6A3_HUMAN; Collagen alpha-3(VI) chain

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超分子 #1: Collagen VI bead

超分子名称: Collagen VI bead / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Collagen VI co-extracted with light chain amyloid AL59
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: HEART

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分子 #1: CO6A1_HUMAN; Collagen alpha-1(VI) chain

分子名称: CO6A1_HUMAN; Collagen alpha-1(VI) chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: CO6A1_HUMAN; Collagen alpha-1(VI) chain; P12109 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: HEART
配列文字列: MRAARALLPL LLQACWTAAQ DEPETPRAVA FQDCPVDLFF VLDTSESVAL RLKPYGALVD KVKSFTKRFI DNLRDRYYRC DRNLVWNAGA LHYSDEVEII QGLTRMPGGR DALKSSVDAV KYFGKGTYTD CAIKKGLEQL LVGGSHLKEN KYLIVVTDGH PLEGYKEPCG ...文字列:
MRAARALLPL LLQACWTAAQ DEPETPRAVA FQDCPVDLFF VLDTSESVAL RLKPYGALVD KVKSFTKRFI DNLRDRYYRC DRNLVWNAGA LHYSDEVEII QGLTRMPGGR DALKSSVDAV KYFGKGTYTD CAIKKGLEQL LVGGSHLKEN KYLIVVTDGH PLEGYKEPCG GLEDAVNEAK HLGVKVFSVA ITPDHLEPRL SIIATDHTYR RNFTAADWGQ SRDAEEAISQ TIDTIVDMIK NNVEQVCCSF ECQPARGPPG LRGDPGFEGE RGKPGLPGEK GEAGDPGRPG DLGPVGYQGM KGEKGSRGE KGSRGPKGYK GEKGKRGIDG VDGVKGEMGY PGLPGCKGSP GFDGIQGPPG PKGDPGAFGL KGEKGEPGAD GEAGRPGSSG PSGDEGQPGE PGPPGEKGEA GDEGNPGPDG APGERGGPGE RGPRGTPGTR GPRGDPGEAG PQGDQGREGP VGVPGDPGEA GPIGPKGYRG DEGPPGSEGA RGAPGPAGPP GDPGLMGERG EDGPAGNGTE GFPGFPGYPG NRGAPGINGT KGYPGLKGDE GEAGDPGDDN NDIAPRGVKG AKGYRGPEGP QGPPGHQGPP GPDECEILDI IMKMCSCCEC KCGPIDLLFV LDSSESIGLQ NFEIAKDFVV KVIDRLSRDE LVKFEPGQSY AGVVQYSHSQ MQEHVSLRSP SIRNVQELKE AIKSLQWMAG GTFTGEALQY TRDQLLPPSP NNRIALVITD GRSDTQRDTT PLNVLCSPGI QVVSVGIKDV FDFIPGSDQL NVISCQGLAP SQGRPGLSLV KENYAELLED AFLKNVTAQI CIDKKCPDYT CPITFSSPAD ITILLDGSAS VGSHNFDTTK RFAKRLAERF LTAGRTDPAH DVRVAVVQYS GTGQQRPERA SLQFLQNYTA LASAVDAMDF INDATDVNDA LGYVTRFYRE ASSGAAKKRL LLFSDGNSQG ATPAAIEKAV Q EAQRAGIE IFVVVVGRQV NEPHIRVLVT GKTAEYDVAY GESHLFRVPS YQALLRGVFH QTVSRKVALG

UniProtKB: Collagen alpha-1(VI) chain

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分子 #2: CO6A2_HUMAN; Collagen alpha-2(VI) chain

分子名称: CO6A2_HUMAN; Collagen alpha-2(VI) chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: HEART
配列文字列: MLQGTCSVLL LWGILGAIQA QQQEVISPDT TERNNNCPEK TDCPIHVYFV LDTSESVTMQ SPTDILLFHM KQFVPQFISQ LQNEFYLDQV ALSWRYGGLH FSDQVEVFSP PGSDRASFIK NLQGISSFRR GTFTDCALAN MTEQIRQDRS KGTVHFAVVI TDGHVTGSPC ...文字列:
MLQGTCSVLL LWGILGAIQA QQQEVISPDT TERNNNCPEK TDCPIHVYFV LDTSESVTMQ SPTDILLFHM KQFVPQFISQ LQNEFYLDQV ALSWRYGGLH FSDQVEVFSP PGSDRASFIK NLQGISSFRR GTFTDCALAN MTEQIRQDRS KGTVHFAVVI TDGHVTGSPC GGIKLQAERA REEGIRLFAV APNQNLKEQG LRDIASTPHE LYRNDYATML PDSTEIDQDT INRIIKVMKH EAYGECYKVS CLEIPGPSGP KGYRGQKGAK GNMGEPGEPG QKGRQGDPGI EGPIGFPGPK GVPGFKGEKG EFGADGRKGA PGLAGKNGTD GQKGKLGRIG PPGCKGDPGN RGPDGYPGEA GSPGERGDQG GKGDPGRPGR RGPPGEIGAK GSKGYQGNSG APGSPGVKGA KGGPGPRGPK GEPGRRGDPG TKGSPGSDGP KGEKGDPGPE GPRGLAGEVG NKGAKGDRGL PGPRGPQGAL GEPGKQGSRG DPGDAGPRGD SGQPGPKGDP GRPGFSYPGP RGAPGEKGEP GPRGPEGGRG DFGLKGEPGR KGEKGEPADP GPPGEPGPRG PRGVPGPEGE PGPPGDPGLT ECDVMTYVRE TCGCCDCEKR CGALDVVFVI DSSESIGYTN FTLEKNFVIN VVNRLGAIAK DPKSETGTRV GVVQYSHEGT FEAIQLDDER IDSLSSFKEA VKNLEWIAGG TWTPSALKFA YDRLIKESRR QKTRVFAVVI TDGRHDPRDD DLNLRALCDR DVTVTAIGIG DMFHEKHESE NLYSIACDKP QQVRNMTLFS DLVAEKFIDD MEDVLCPDPQ IVCPDLPCQT ELSVAQCTQR PVDIVFLLDG SERLGEQNFH KARRFVEQVA RRLTLARRDD DPLNARVALL QFGGPGEQQV AFPLSHNLTA IHEALETTQY LNSFSHVGAG VVHAINAIVR SPRGGARRHA ELSFVFLTDG VTGNDSLHES AHSMRKQNVV PTVLALGSDV DMDVLTTLSL GDRAAVFHEK DYDSLAQPGF FDRFIRWIC

UniProtKB: Collagen alpha-2(VI) chain

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分子 #3: CO6A3_HUMAN; Collagen alpha-3(VI) chain

分子名称: CO6A3_HUMAN; Collagen alpha-3(VI) chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: HEART
配列文字列: MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA DVKNGAAADI IFLVDSSWTI GEEHFQLVRE FLYDVVKSLA VGENDFHFAL VQFNGNPHTE FLLNTYRTKQ EVLSHISNMS YIGGTNQTGK GLEYIMQSHL TKAAGSRAGD GVPQVIVVLT DGHSKDGLAL PSAELKSADV ...文字列:
MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA DVKNGAAADI IFLVDSSWTI GEEHFQLVRE FLYDVVKSLA VGENDFHFAL VQFNGNPHTE FLLNTYRTKQ EVLSHISNMS YIGGTNQTGK GLEYIMQSHL TKAAGSRAGD GVPQVIVVLT DGHSKDGLAL PSAELKSADV NVFAIGVEDA DEGALKEIAS EPLNMHMFNL ENFTSLHDIV GNLVSCVHSS VSPERAGDTE TLKDITAQDS ADIIFLIDGS NNTGSVNFAV ILDFLVNLLE KLPIGTQQIR VGVVQFSDEP RTMFSLDTYS TKAQVLGAVK ALGFAGGELA NIGLALDFVV ENHFTRAGGS RVEEGVPQVL VLISAGPSSD EIRYGVVALK QASVFSFGLG AQAASRAELQ HIATDDNLVF TVPEFRSFGD LQEKLLPYIV GVAQRHIVLK PPTIVTQVIE VNKRDIVFLV DGSSALGLAN FNAIRDFIAK VIQRLEIGQD LIQVAVAQYA DTVRPEFYFN THPTKREVIT AVRKMKPLDG SALYTGSALD FVRNNLFTSS AGYRAAEGIP KLLVLITGGK SLDEISQPAQ ELKRSSIMAF AIGNKGADQA ELEEIAFDSS LVFIPAEFRA APLQGMLPGL LAPLRTLSGT PEVHSNKRDI IFLLDGSANV GKTNFPYVRD FVMNLVNSLD IGNDNIRVGL VQFSDTPVTE FSLNTYQTKS DILGHLRQLQ LQGGSGLNTG SALSYVYANH FTEAGGSRIR EHVPQLLLLL TAGQSEDSYL QAANALTRAG ILTFCVGASQ ANKAELEQIA FNPSLVYLMD DFSSLPALPQ QLIQPLTTYV SGGVEEVPLA QPESKRDILF LFDGSANLVG QFPVVRDFLY KIIDELNVKP EGTRIAVAQY SDDVKVESRF DEHQSKPEIL NLVKRMKIKT GKALNLGYAL DYAQRYIFVK SAGSRIEDGV LQFLVLLVAG RSSDRVDGPA SNLKQSGVVP FIFQAKNADP AELEQIVLSP AFILAAESLP KIGDLHPQIV NLLKSVHNGA PAPVSGEKDV VFLLDGSEGV RSGFPLLKEF VQRVVESLDV GQDRVRVAVV QYSDRTRPEF YLNSYMNKQD VVNAVRQLTL LGGPTPNTGA ALEFVLRNIL VSSAGSRITE GVPQLLIVLT ADRSGDDVRN PSVVVKRGGA VPIGIGIGNA DITEMQTISF IPDFAVAIPT FRQLGTVQQV ISERVTQLTR EELSRLQPVL QPLPSPGVGG KRDVVFLIDG SQSAGPEFQY VRTLIERLVD YLDVGFDTTR VAVIQFSDDP KVEFLLNAHS SKDEVQNAVQ RLRPKGGRQI NVGNALEYVS RNIFKRPLGS RIEEGVPQFL VLISSGKSDD EVDDPAVELK QFGVAPFTIA RNADQEELVK ISLSPEYVFS VSTFRELPSL EQKLLTPITT LTSEQIQKLL ASTRYPPPAV ESDAADIVFL IDSSEGVRPD GFAHIRDFVS RIVRRLNIGP SKVRVGVVQF SNDVFPEFYL KTYRSQAPVL DAIRRLRLRG GSPLNTGKAL EFVARNLFVK SAGSRIEDGV PQHLVLVLGG KSQDDVSRFA QVIRSSGIVS LGVGDRNIDR TELQTITNDP RLVFTVREFR ELPNIEERIM NSFGPSAATP APPGVDTPPP SRPEKKKADI VFLLDGSINF RRDSFQEVLR FVSEIVDTVY EDGDSIQVGL VQYNSDPTDE FFLKDFSTKR QIIDAINKVV YKGGRHANTK VGLEHLRVNH FVPEAGSRLD QRVPQIAFVI TGGKSVEDAQ DVSLALTQRG VKVFAVGVRN IDSEEVGKIA SNSATAFRVG NVQELSELSE QVLETLHDAM HETLCPGVTD AAKACNLDVI LGFDGSRDQN VFVAQKGFES KVDAILNRIS QMHRVSCSGG RSPTVRVSVV ANTPSGPVEA FDFDEYQPEM LEKFRNMRSQ HPYVLTEDTL KVYLNKFRQS SPDSVKVVIH FTDGADGDLA DLHRASENLR QEGVRALILV GLERVVNLER LMHLEFGRGF MYDRPLRLNL LDLDYELAEQ LDNIAEKACC GVPCKCSGQR GDRGPIGSIG PKGIPGEDGY RGYPGDEGGP GERGPPGVNG TQGFQGCPGQ RGVKGSRGFP GEKGEVGEIG LDGLDGEDGD KGLPGSSGEK GNPGRRGDKG PRGEKGERGD VGIRGDPGNP GQDSQERGPK GETGDLGPMG VPGRDGVPGG PGETGKNGGF GRRGPPGAKG NKGGPGQPGF EGEQGTRGAQ GPAGPAGPPG LIGEQGISGP RGSGGAAGAP GERGRTGPLG RKGEPGEPGP KGGIGNRGPR GETGDDGRDG VGSEGRRGKK GERGFPGYPG PKGNPGEPGL NGTTGPKGIR GRRGNSGPPG IVGQKGDPGY PGPAGPKGNR GDSIDQCALI QSIKDKCPCC YGPLECPVFP TELAFALDTS EGVNQDTFGR MRDVVLSIVN DLTIAESNCP RGARVAVVTY NNEVTTEIRF ADSKRKSVLL DKIKNLQVAL TSKQQSLETA MSFVARNTFK RVRNGFLMRK VAVFFSNTPT RASPQLREAV LKLSDAGITP LFLTRQEDRQ LINALQINNT AVGHALVLPA GRDLTDFLEN VLTCHVCLDI CNIDPSCGFG SWRPSFRDRR AAGSDVDIDM AFILDSAETT TLFQFNEMKK YIAYLVRQLD MSPDPKASQH FARVAVVQHA PSESVDNASM PPVKVEFSLT DYGSKEKLVD FLSRGMTQLQ GTRALGSAIE YTIENVFESA PNPRDLKIVV LMLTGEVPEQ QLEEAQRVIL QAKCKGYFFV VLGIGRKVNI KEVYTFASEP NDVFFKLVDK STELNEEPLM RFGRLLPSFV SSENAFYLSP DIRKQCDWFQ GDQPTKNLVK FGHKQVNVPN NVTSSPTSNP VTTTKPVTTT KPVTTTTKPV TTTTKPVTII NQPSVKPAAA KPAPAKPVAA KPVATKMATV RPPVAVKPAT AAKPVAAKPA AVRPPAAAAA KPVATKPEVP RPQAAKPAAT KPATTKPMVK MSREVQVFEI TENSAKLHWE RAEPPGPYFY DLTVTSAHDQ SLVLKQNLTV TDRVIGGLLA GQTYHVAVVC YLRSQVRATY HGSFSTKKSQ PPPPQPARSA SSSTINLMVS TEPLALTETD ICKLPKDEGT CRDFILKWYY DPNTKSCARF WYGGCGGNEN KFGSQKECEK VCAPVLAKPG VISVMGT

UniProtKB: Collagen alpha-3(VI) chain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影Image recording ID: 1
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 2049 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 120000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #1~

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影Image recording ID: 2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 2556 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 73000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
粒子像選択選択した数: 2772
詳細: 1,768 particles were picked manually in the micrographs of the main dataset with a pixel size of 0.889 Ang. The particles were extracted applying particle-box and diameter-background sizes of ...詳細: 1,768 particles were picked manually in the micrographs of the main dataset with a pixel size of 0.889 Ang. The particles were extracted applying particle-box and diameter-background sizes of 1,126 and 844 pixels, respectively. To increase the number of particles, additional 1,004 particles were picked manually from the second dataset with a pixel size of 1.43 Ang. These particles were extracted applying particle-box and diameter-background sizes of 700 and 525, respectively. To match box- and pixel-size, the larger box was scaled to match the smaller one. After import of the particles into cryoSPARC, the particle box was scaled to 384 pixels, yielding a pixel size of 2.607 Ang.
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: After map and particle re-orientation in ChimeraX, the number of particles was doubled by symmetry expansion and the map was subsequently refined locally to a resolution of 15 Ang.
使用した粒子像数: 4416
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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