EMDB-18685: RNAPII elongation complex bound to RECQ5_delta626-825

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-18685

タイトル

RNAPII elongation complex bound to RECQ5_delta626-825

マップデータ

試料

複合体: RNAP II EC -- RECQ5(delta625-825)

キーワード

RNA polymerase II / transcription inhibition / electron cryomicroscopy / electron cryotomography / TRANSCRIPTION

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å

データ登録者

Skubnik K / Sebesta M / Stefl R

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Spatial organization of RNA polymerase II-RECQ5 transcriptional condensate
著者: Sebesta M / Skubnik K / Stefl R

履歴

登録	2023年10月19日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年4月30日	-
マップ公開	2025年4月30日	-
更新	2025年4月30日	-
現状	2025年4月30日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_18685.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_18685.map.gz	157.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-18685-v30.xml emd-18685.xml	16.4 KB 16.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_18685_fsc.xml	16.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_18685.png	132.9 KB
Filedesc metadata	emd-18685.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_18685_half_map_1.map.gz emd_18685_half_map_2.map.gz	154.4 MB 154.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18685 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18685	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_18685_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_18685_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	emd_18685_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	emd_18685_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18685 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18685	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	18573C 18681C 18682C 18683C 18684C 18888C 8qq2C 8qw8C 8qw9C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_18685.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.78 Å/pix. x 352 pix. = 275.616 Å	0.78 Å/pix. x 352 pix. = 275.616 Å	0.78 Å/pix. x 352 pix. = 275.616 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.783 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.0783
最小 - 最大	-0.22289549 - 0.43380547
平均 (標準偏差)	0.0025923038 (±0.017463984)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_18685_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_18685_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : RNAP II EC -- RECQ5(delta625-825)

全体	名称: RNAP II EC -- RECQ5(delta625-825)
要素	複合体: RNAP II EC -- RECQ5(delta625-825)

-
超分子 #1: RNAP II EC -- RECQ5(delta625-825)

超分子	名称: RNAP II EC -- RECQ5(delta625-825) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)	生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量	理論値: 500 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TALOS ARCTICA
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5724 / 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 223895
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 15168
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Ab initio model was generated in CryoSPARC
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類	クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 15000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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全体 : RNAP II EC -- RECQ5(delta625-825)

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超分子 #1: RNAP II EC -- RECQ5(delta625-825)

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