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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18674 | |||||||||
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タイトル | Structure of nPBD of human SRP68/72 | |||||||||
マップデータ | Postprocessed EM map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Signal recognition particle / TPR / protein translocation / TRANSLATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / signal recognition particle / endoplasmic reticulum signal peptide binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 7S RNA binding / TPR domain binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / ribosome binding / ribosome ...signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / signal recognition particle / endoplasmic reticulum signal peptide binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 7S RNA binding / TPR domain binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / ribosome binding / ribosome / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / focal adhesion / nucleolus / endoplasmic reticulum / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhong Y / Feng J / Koh AF / Kotecha A / Greber BJ / Ataide SF | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of nPBD of human SRP68/72 著者: Zhong Y / Feng J / Koh AF / Kotecha A / Greber BJ / Ataide SF | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18674.map.gz | 20.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18674-v30.xml emd-18674.xml | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_18674.png | 68 KB | ||
マスクデータ | emd_18674_msk_1.map | 22.2 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18674.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_18674_half_map_1.map.gz emd_18674_half_map_2.map.gz | 17 MB 17 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18674 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18674 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18674_validation.pdf.gz | 848 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18674_full_validation.pdf.gz | 847.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18674_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18674_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18674 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18674 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qvwMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18674.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed EM map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18674_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half-map
ファイル | emd_18674_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half-map
ファイル | emd_18674_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SRP68/72
全体 | 名称: SRP68/72 |
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要素 |
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-超分子 #1: SRP68/72
超分子 | 名称: SRP68/72 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 140 KDa |
-分子 #1: Signal recognition particle subunit SRP68
分子 | 名称: Signal recognition particle subunit SRP68 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 66.617305 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKEFGDSLSL EILQIIKESQ QQHGLRHGDF QRYRGYCSRR QRRLRKTLNF KMGNRHKFTG KKVTEELLTD NRYLLLVLMD AERAWSYAM QLKQEANTEP RKRFHLLSRL RKAVKHAEEL ERLCESNRVD AKTKLEAQAY TAYLSGMLRF EHQEWKAAIE A FNKCKTIY ...文字列: MKEFGDSLSL EILQIIKESQ QQHGLRHGDF QRYRGYCSRR QRRLRKTLNF KMGNRHKFTG KKVTEELLTD NRYLLLVLMD AERAWSYAM QLKQEANTEP RKRFHLLSRL RKAVKHAEEL ERLCESNRVD AKTKLEAQAY TAYLSGMLRF EHQEWKAAIE A FNKCKTIY EKLASAFTEE QAVLYNQRVE EISPNIRYCA YNIGDQSAIN ELMQMRLRSG GTEGLLAEKL EALITQTRAK QA ATMSEVE WRGRTVPVKI DKVRIFLLGL ADNEAAIVQA ESEETKERLF ESMLSECRDA IQVVREELKP DQKQRDYILE GEP GKVSNL QYLHSYLTYI KLSTAIKRNE NMAKGLQRAL LQQQPEDDSK RSPRPQDLIR LYDIILQNLV ELLQLPGLEE DKAF QKEIG LKTLVFKAYR CFFIAQSYVL VKKWSEALVL YDRVLKYANE VNSDAGAFKN SLKDLPDVQE LITQVRSEKC SLQAA AILD ANDAHQTETS SSQVKDNKPL VERFETFCLD PSLVTKQANL VHFPPGFQPI PCKPLFFDLA LNHVAFPPLE DKLEQK TKS GLTGYIKGIF GFRS UniProtKB: Signal recognition particle subunit SRP68 |
-分子 #2: Signal recognition particle subunit SRP72
分子 | 名称: Signal recognition particle subunit SRP72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 74.992531 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SNAMASGGSG GVSVPALWSE VNRYGQNGDF TRALKTVNKI LQINKDDVTA LHCKVVCLIQ NGSFKEALNV INTHTKVLAN NSLSFEKAY CEYRLNRIEN ALKTIESANQ QTDKLKELYG QVLYRLERYD ECLAVYRDLV RNSQDDYDEE RKTNLSAVVA A QSNWEKVV ...文字列: SNAMASGGSG GVSVPALWSE VNRYGQNGDF TRALKTVNKI LQINKDDVTA LHCKVVCLIQ NGSFKEALNV INTHTKVLAN NSLSFEKAY CEYRLNRIEN ALKTIESANQ QTDKLKELYG QVLYRLERYD ECLAVYRDLV RNSQDDYDEE RKTNLSAVVA A QSNWEKVV PENLGLQEGT HELCYNTACA LIGQGQLNQA MKILQKAEDL CRRSLSEDTD GTEEDPQAEL AIIHGQMAYI LQ LQGRTEE ALQLYNQIIK LKPTDVGLLA VIANNIITIN KDQNVFDSKK KVKLTNAEGV EFKLSKKQLQ AIEFNKALLA MYT NQAEQC RKISASLQSQ SPEHLLPVLI QAAQLCREKQ HTKAIELLQE FSDQHPENAA EIKLTMAQLK ISQGNISKAC LILR SIEEL KHKPGMVSAL VTMYSHEEDI DSAIEVFTQA IQWYQNHQPK SPAHLSLIRE AANFKLKYGR KKEAISDLQQ LWKQN PKDI HTLAQLISAY SLVDPEKAKA LSKHLPSSDS MSLKVDVEAL ENSAGATYIR KKGGKVTGDS QPKEQGQGDL KKKKKK KKG KLPKNYDPKV TPDPERWLPM RERSYYRGRK KGKKKDQIGK GTQGATAGAS SELDASKTVS SPPTSPRPGS AATVSAS TS NIIPPRHQKP AGAPATKKKQ QQKKKKGGKG GW UniProtKB: Signal recognition particle subunit SRP72 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 50 sec. | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 18601 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 245614 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-8qvw: |