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- EMDB-18667: Structure of human SPNS2 in LMNG -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18667
タイトルStructure of human SPNS2 in LMNG
マップデータcryoSPARC autosharpened map from masked local refinement using for model refinement
試料
  • 複合体: Complex of SPNS2 with nanobody D12
    • タンパク質・ペプチド: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody D12
キーワードSLC TRANSPORTER / MEMBRANE PROTEIN / S1P / EXPORTER / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis ...regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis / B cell homeostasis / transmembrane transporter activity / lymph node development / sensory perception of sound / bone development / endosome membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein spinster-like / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.69 Å
データ登録者Li HZ / Pike ACW / McKinley G / Mukhopadhyay SMM / Moreau C / Scacioc A / Abrusci P / Borkowska O / Chalk R / Stefanic S ...Li HZ / Pike ACW / McKinley G / Mukhopadhyay SMM / Moreau C / Scacioc A / Abrusci P / Borkowska O / Chalk R / Stefanic S / Burgess-Brown N / Duerr KL / Sauer DB
資金援助 スイス, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Innovative Medicines Initiative777372 スイス
Wellcome Trust106169/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Transport and inhibition of the sphingosine-1-phosphate exporter SPNS2.
著者: Huanyu Z Li / Ashley C W Pike / Yung-Ning Chang / Dheeraj Prakaash / Zuzana Gelova / Josefina Stanka / Christophe Moreau / Hannah C Scott / Frank Wunder / Gernot Wolf / Andreea Scacioc / ...著者: Huanyu Z Li / Ashley C W Pike / Yung-Ning Chang / Dheeraj Prakaash / Zuzana Gelova / Josefina Stanka / Christophe Moreau / Hannah C Scott / Frank Wunder / Gernot Wolf / Andreea Scacioc / Gavin McKinley / Helena Batoulis / Shubhashish Mukhopadhyay / Andrea Garofoli / Adán Pinto-Fernández / Benedikt M Kessler / Nicola A Burgess-Brown / Saša Štefanić / Tabea Wiedmer / Katharina L Dürr / Vera Puetter / Alexander Ehrmann / Syma Khalid / Alvaro Ingles-Prieto / Giulio Superti-Furga / David B Sauer /
要旨: Sphingosine-1-phosphate (S1P) is a signaling lysolipid critical to heart development, immunity, and hearing. Accordingly, mutations in the S1P transporter SPNS2 are associated with reduced white cell ...Sphingosine-1-phosphate (S1P) is a signaling lysolipid critical to heart development, immunity, and hearing. Accordingly, mutations in the S1P transporter SPNS2 are associated with reduced white cell count and hearing defects. SPNS2 also exports the S1P-mimicking FTY720-P (Fingolimod) and thereby is central to the pharmacokinetics of this drug when treating multiple sclerosis. Here, we use a combination of cryo-electron microscopy, immunofluorescence, in vitro binding and in vivo S1P export assays, and molecular dynamics simulations to probe SPNS2's substrate binding and transport. These results reveal the transporter's binding mode to its native substrate S1P, the therapeutic FTY720-P, and the reported SPNS2-targeting inhibitor 33p. Further capturing an inward-facing apo state, our structures illuminate the protein's mechanism for exchange between inward-facing and outward-facing conformations. Finally, using these structural, localization, and S1P transport results, we identify how pathogenic mutations ablate the protein's export activity and thereby lead to hearing loss.
履歴
登録2023年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18667.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18667.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoSPARC autosharpened map from masked local refinement using for model refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.736 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.736 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.736 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.831 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.67923427 - 0.98010975
平均 (標準偏差)0.000008471919 (±0.023934484)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.736 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18667_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened fullmap from local refinement

ファイルemd_18667_additional_1.map
注釈Unsharpened fullmap from local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Final half-map 1

ファイルemd_18667_half_map_1.map
注釈Final half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Final half-map 2

ファイルemd_18667_half_map_2.map
注釈Final half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of SPNS2 with nanobody D12

全体名称: Complex of SPNS2 with nanobody D12
要素
  • 複合体: Complex of SPNS2 with nanobody D12
    • タンパク質・ペプチド: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody D12

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超分子 #1: Complex of SPNS2 with nanobody D12

超分子名称: Complex of SPNS2 with nanobody D12 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 74.53 KDa

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分子 #1: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2

分子名称: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.962211 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMCLECASAA AGGAEEEEAD AERRRRRRGA QRGAGGSGCC GARGAGGAGV SAAGDEVQTL SGSVRRAPTG PPGTPGTPGC AATAKGPGA QQPKPASLGR GRGAAAAILS LGNVLNYLDR YTVAGVLLDI QQHFGVKDRG AGLLQSVFIC SFMVAAPIFG Y LGDRFNRK ...文字列:
MMCLECASAA AGGAEEEEAD AERRRRRRGA QRGAGGSGCC GARGAGGAGV SAAGDEVQTL SGSVRRAPTG PPGTPGTPGC AATAKGPGA QQPKPASLGR GRGAAAAILS LGNVLNYLDR YTVAGVLLDI QQHFGVKDRG AGLLQSVFIC SFMVAAPIFG Y LGDRFNRK VILSCGIFFW SAVTFSSSFI PQQYFWLLVL SRGLVGIGEA SYSTIAPTII GDLFTKNTRT LMLSVFYFAI PL GSGLGYI TGSSVKQAAG DWHWALRVSP VLGMITGTLI LILVPATKRG HADQLGDQLK ARTSWLRDMK ALIRNRSYVF SSL ATSAVS FATGALGMWI PLYLHRAQVV QKTAETCNSP PCGAKDSLIF GAITCFTGFL GVVTGAGATR WCRLKTQRAD PLVC AVGML GSAIFICLIF VAAKSSIVGA YICIFVGETL LFSNWAITAD ILMYVVIPTR RATAVALQSF TSHLLGDAGS PYLIG FISD LIRQSTKDSP LWEFLSLGYA LMLCPFVVVL GGMFFLATAL FFVSDRARAE QQVNQLAMPP ASVKVAENLY FQ

UniProtKB: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2

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分子 #2: Nanobody D12

分子名称: Nanobody D12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 15.674475 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASGRLLS WYDMAWFRQA PGKEREFVAA VTSTGAGTHY VDSVKGRFTI SRVNAKNTMY LQMNSLKPE DTAVYYCAAA NTRLTALSLR TTTGSWAYWG KGTPVTVSSA DYKDDDDKHH HHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
150.0 mMSodium chloride
0.002 %Lauryl Maltose Neopentyl Glyco (LMNG)

詳細: 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 0.002% LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細SEC purified

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細eBIC Krios II
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8680 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 20.71 e/Å2 / 詳細: eBIC Diamond Krios II
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3376229
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC Ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 308935
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
詳細: Mulitple rounds of ab-intio (two classes) followed by heterogeneous refinement to converge on final set of particles
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8qv5:
Structure of human SPNS2 in LMNG

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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